| Latinsko ime |
Slovensko ime |
Dodatno slovensko ime |
|
| Abies alba | jelka | bela jelka | 12 |
| Abramis brama | ploščič | | 84 |
| Abramis brama x Rutilus rutilus | | | 12 |
| Abraxas grossulariata | kosmuljni pedic | šarec | 8 |
| Abraxas sylvata | | | 1 |
| Abutilon theophrasti | baržunasti oslez | baržunasti oslezovec | 26 |
| Acanthocephala | ježerilci | | 1 |
| Acari | pršice | | 1 |
| Acarina | pršice | | 2 |
| Acasis viretata | | | 3 |
| Accipiter gentilis | kragulj | kokošar, golobar, golobji jastreb, mršnjik, piščenik, veliki kragulj, golobji kragulj | 3 |
| Accipiter nisus | skobec | kragulj, mali kragulj, kraguljček, kraguljar, ptičar, šprincljar, kraguljč, skopec, jastreb, navadni skobec | 7 |
| Acer | javor | | 1 |
| Acer campestre | maklen | | 22 |
| Aceria macrochela | | | 2 |
| Acer monspessulanum | trokrpi javor | | 2 |
| Acer negundo | amerikanski javor | | 32 |
| Acer obtusatum | topokrpi javor | | 2 |
| Acer platanoides | ostrolistni javor | | 3 |
| Acer pseudoplatanus | beli javor | gorski javor | 16 |
| Acer tataricum | tatarski javor | | 1 |
| Acherontia atropos | smrtoglavec | | 9 |
| Achillea | rman | | 3 |
| Achillea clavenae | planinski pelin | | 2 |
| Achillea millefolium | navadni rman | | 2 |
| Achillea ptarmica | pehtranov rman | | 7 |
| Achillea roseoalba | rožnatobeli rman | | 1 |
| Acilius | | | 17 |
| Acilius canaliculatus | | | 1 |
| Acilius sulcatus | brazdasti plavač | | 2 |
| Acinos alpinus | alpski šetrajnik | | 8 |
| Acinos arvensis | njivski šetrajnik | | 1 |
| Acipenser baerii | sibirski jeseter | | 6 |
| Aconitum | preobjeda | | 6 |
| Aconitum angustifolium | ozkolistna preobjeda | | 1 |
| Aconitum lycoctonum subsp. ranunculifolium | | | 2 |
| Aconitum napellus subsp. napellus | repičasta preobjeda | | 4 |
| Aconitum variegatum | pisana preobjeda | | 2 |
| Acontia lucida | bleščeča kačarka | | 1 |
| Acontia trabealis | črtasta kačarka | | 15 |
| Acorus calamus | pravi kolmež | | 5 |
| Acrididae | ščebetulje | | 3 |
| Acrocephalus schoenobaenus | bičja trstnica | bičja penica | 1 |
| Acronicta | nočnica | | 5 |
| Acronicta aceris | javorjeva nočnica | javorova sovka | 3 |
| Acronicta alni | jelšina nočnica | | 9 |
| Acronicta auricoma | zlatolasa nočnica | | 3 |
| Acronicta euphorbiae | mlečkova nočnica | | 1 |
| Acronicta leporina | dvobarvna nočnica | | 1 |
| Acronicta psi | viličasta nočnica | | 2 |
| Acronicta rumicis | kisličina nočnica | kislična sovka | 18 |
| Acronicta tridens | trizoba nočnica | | 1 |
| Actaea spicata | navadna črnoga | | 7 |
| Actinotia polyodon | nazobčana grebenarka | | 1 |
| Actitis hypoleucos | mali martinec | brežnik | 9 |
| Aculepeira ceropegia | hrastolistni križevec | hrastolistni križevec | 3 |
| Adelidae | dolgotipalkarji | | 3 |
| Adenostyles | lepen | | 1 |
| Adenostyles alliariae | dlakavi lepen | | 4 |
| Adenostyles glabra | goli lepen | | 3 |
| Adiantum capillus-veneris | venerini laski | | 13 |
| Adoxa moschatellina | navadna pižmica | | 5 |
| Adscita | | | 3 |
| Aedes albopictus | tigrasti komar | | 3 |
| Aedes geniculatus | | | 1 |
| Aedia funesta | temna žalovalka | | 2 |
| Aedia leucomelas | beločrna žalovalka | | 2 |
| Aegithalos caudatus | dolgorepka | sinica dolgorepka, navadna dolgorepka, dolgorepka, beloglavka, mlinarček, gaugarica | 5 |
| Aegolius funereus | koconogi čuk | koconoga sova, koconogi skovik, kosmatonoga sova, kocasti skovik | 2 |
| Aegomorphus clavipes | | | 2 |
| Aegopodium podagraria | navadna regačica | | 7 |
| Aegosoma scabricorne | | | 1 |
| Aesculus hippocastanum | navadni divji kostanj | | 11 |
| Aeshna | deva | | 7 |
| Aeshna affinis | višnjeva deva | | 10 |
| Aeshna cyanea | zelenomodra deva | | 93 |
| Aeshna grandis | rjava deva | | 4 |
| Aeshna isoceles | deviški pastir | | 23 |
| Aeshna juncea | barjanska deva | | 28 |
| Aeshna mixta | bleda deva | | 4 |
| Aeshna viridis | zelena deva | | 4 |
| Aeshnidae | deve | | 11 |
| Aethalura punctulata | | | 6 |
| Aethionema saxatile | navadna kamnica | | 1 |
| Agabus undulatus | | | 1 |
| Agapanthia cardui | | | 1 |
| Agapanthia villosoviridescens | | | 7 |
| Agapeta zoegana | | | 1 |
| Agaricaceae | | | 3 |
| Agaricales | | | 1 |
| Agaricus arvensis | poljski kukmak | | 1 |
| Agaricus bitorquis | mestni kukmak | | 1 |
| Agaricus sylvicola | hostni kukmak | | 1 |
| Agelastica alni | | | 2 |
| Aglais io | dnevni pavlinček | | 77 |
| Aglais urticae | mali koprivar | | 50 |
| Aglia tau | beli t | | 37 |
| Agonopterix | | | 1 |
| Agonopterix arenella | | | 1 |
| Agonopterix heracliana | | | 1 |
| Agriades optilete | borovničeva bledica | | 4 |
| Agrimonia eupatoria | navadni repik | | 9 |
| Agriopis leucophaearia | | | 2 |
| Agriopis marginaria | | | 18 |
| Agrius convolvuli | slakov veščec, somračnik | | 23 |
| Agrochola circellaris | | | 1 |
| Agrochola macilenta | okrasta rjavica | | 1 |
| Agrochola nitida | sijajna rjavica | | 1 |
| Agrocybe firma | čvrsta njivnica | | 1 |
| Agrocybe pediades | polobla njivnica | | 1 |
| Agrocybe praecox | rana njivnica | | 1 |
| Agroeca | | | 1 |
| Agrostemma githago | navadni kokalj | | 20 |
| Agrostis | šopulja | | 3 |
| Agrostis canina | pasja šopulja | | 2 |
| Agrostis tenuis | lasasta šopulja | | 1 |
| Agrotis exclamationis | klicajska poljarka | sovka-klicajka, njivska sovka | 11 |
| Agrotis ipsilon | ipsilonska poljarka | | 2 |
| Agrotis vestigialis | | | 1 |
| Ailanthus altissima | veliki pajesen | visoki pajesen, visoki ajlant, božje drevo | 36 |
| Aiolopus strepens | | | 2 |
| Aiolopus thalassinus | | | 1 |
| Aix galericulata | mandarinka | | 10 |
| Ajuga | skrečnik | | 2 |
| Ajuga genevensis | dlakavi skrečnik | | 2 |
| Ajuga reptans | plazeči skrečnik | | 7 |
| Alauda arvensis | poljski škrjanec | škrlec, goliber | 1 |
| Albatrellus subrubescens | rumeneči mesnatovec | | 1 |
| Albulina orbitulus | gorska bledica | gorski modrin | 2 |
| Alburnoides bipunctatus | pisanka | | 44 |
| Alburnus alburnus | zelenika | | 52 |
| Alburnus arborella | primorska belica | | 18 |
| Alburnus sava | savska pegunica | | 2 |
| Alcedo atthis | vodomec | višnjevi vodomec, višnjevi kos, povodni kos, ribič | 17 |
| Alchemilla | plahtica | | 1 |
| Alcis repandata | | | 4 |
| Aleuria aurantia | oranžna latvica | | 7 |
| Algae | alge | | 58 |
| Algyroides nigropunctatus | črnopikčasta kuščarica | | 57 |
| Alisma | porečnik | | 94 |
| Alisma lanceolatum | suličastolistni porečnik | | 24 |
| Alisma plantago-aquatica | trpotčasti porečnik | | 37 |
| Alisma plantago-aquatica agg. | skupina trpotčastega porečnika | | 30 |
| Alliaria petiolata | česnovka | | 7 |
| Allium | luk | | 9 |
| Allium angulosum | robati luk | | 10 |
| Allium carinatum subsp. carinatum | gredljati luk | | 9 |
| Allium ericetorum | rumenkasti luk | | 3 |
| Allium kermesinum | škrlatni luk | | 1 |
| Allium neapolitanum | neapeljski luk | | 1 |
| Allium paniculatum subsp. fuscum | rjavkasti luk | | 2 |
| Allium schoenoprasum subsp. alpinum | gorski drobnjak | | 4 |
| Allium scorodoprasum | divji luk | | 7 |
| Allium scorodoprasum subsp. rotundum | okrogli luk | | 3 |
| Allium scorodoprasum subsp. scorodoprasum | divji luk | | 2 |
| Allium ursinum | čemaž | | 53 |
| Allium victorialis | vanež | | 5 |
| Allium vineale | vinograjski luk | | 1 |
| Allium vineale | vinograjski luk | | 2 |
| Allophyes oxyacanthae | spreminjava glogovka | glogova sovka | 5 |
| Alnus glutinosa | črna jelša | | 76 |
| Alnus incana | siva jelša | | 9 |
| Alnus viridis | zelena jelša | | 1 |
| Alopecurus aequalis | kratkoresi lisičji rep | | 15 |
| Alopecurus pratensis | travniški lisičji rep | | 21 |
| Alopochen aegyptiaca | nilska gos | egipčanska gos | 12 |
| Alsophila aescularia | kostanjev pedic | | 14 |
| Althaea officinalis | navadni slez | | 4 |
| Althaea taurinensis | torinski slez | | 1 |
| Alyssum alyssoides | navadni grobeljnik | | 2 |
| Amanita | mušnice, lupinarji | | 5 |
| Amanita citrina | citronasta mušnica | | 3 |
| Amanita excelsa var. spissa | podaljšana mušnica (čokata oblika) | | 1 |
| Amanita gemmata | medlorumena mušnica | | 1 |
| Amanita muscaria | rdeča mušnica | | 12 |
| Amanita phalloides | zelena mušnica | | 1 |
| Amanita rubescens | rdečkasta mušnica | | 4 |
| Amanita strobiliformis | velikoluska mušnica | | 2 |
| Amanita vaginata | sivi lupinar | | 2 |
| Amanita virosa | koničasta mušnica | | 2 |
| Amaranthus retroflexus | navadni ščir | | 1 |
| Amata | ptičica | | 2 |
| Amata phegea | gozdna ptičica | navadna ivanjska ptičica | 31 |
| Amaurobiidae | kodrači | temačniki | 2 |
| Amaurobius | | | 6 |
| Ambrosia | žvrklja | | 2 |
| Ambrosia artemisiifolia | pelinolistna žvrklja | | 21 |
| Ameiurus | somiči | ameriški somiči | 12 |
| Ameiurus melas | črni somič | pegasti somič, črni ameriški somič | 48 |
| Ameiurus nebulosus | rjavi somič | ameriški somič | 15 |
| Amelanchier ovalis | šmarna hrušica | | 12 |
| Amilenus aurantiacus | jamnik | | 2 |
| Ammoconia caecimacula | rjavkasta jesenka | | 1 |
| Amorpha fruticosa | amorfa | | 89 |
| Ampedus sanguineus | velika rdeča pokalica | | 1 |
| Amphibia | dvoživke | | 34 |
| Amphipyra | ognjenka | | 1 |
| Amphipyra berbera/pyramidea | | | 3 |
| Amphipyra pyramidea | piramidasta ognjenka | piramidna sovka | 2 |
| Amylostereum areolatum | smrekov slojevec | | 1 |
| Anacamptis coriophora | steničja kukavica | | 3 |
| Anacamptis laxiflora | rahlocvetna kukavica | | 4 |
| Anacamptis morio | navadna kukavica | | 84 |
| Anacamptis palustris | močvirska kukavica | | 16 |
| Anacamptis papilionacea | metuljasta kukavica | | 6 |
| Anacamptis pyramidalis | piramidasti pilovec | | 87 |
| Anaciaeschna isosceles | deviški pastir | | 4 |
| Anacridium aegyptium | egipčanska kobilica | | 5 |
| Anagallis arvensis | navadna kurja češnjica | | 4 |
| Anaglyptus mysticus | | | 1 |
| Anania funebris | | | 3 |
| Anania hortulata | | | 7 |
| Anas clypeata | raca žličarica | žličarica, žličarka, kembel | 7 |
| Anas crecca | kreheljc | krehlja, krehljica, mala raca | 6 |
| Anas penelope | žvižgavka | raca žvižgavka, žvižglja, navadna žvižgavka, | 1 |
| Anas platyrhynchos | mlakarica | divja raca, velika divja raca, navadna raca, velika raca | 74 |
| Anas platyrhynchos domesticus | domača raca | | 1 |
| Anas querquedula | reglja | regeljc, krepljica raca | 11 |
| Anas strepera | konopnica | raca konopnica, berlozga, žlabravka, feflja | 3 |
| Anastrangalia dubia | | | 1 |
| Anax | spremljevalec | | 2 |
| Anax ephippiger | afriški minljivec | | 5 |
| Anax imperator | veliki spremljevalec | | 65 |
| Anax parthenope | modroriti spremljevalec | | 2 |
| Anchusa officinalis | navadni volovski jezik | | 8 |
| Ancylus fluviatilis | rečni prilepec | potočni prilepec, prilepek | 5 |
| Andrena | peščinske čebele | | 5 |
| Andrena hattorfiana | grabljiščna peščinarka | | 1 |
| Andricus foecundatrix | | | 1 |
| Andricus grossulariae | nagubana gradnova šiškarica | | 1 |
| Andromeda polifolia | navadna rožmarinka, divji rožmarin | | 1 |
| Androniscus roseus | rožnati prašiček | | 2 |
| Androsace lactea | mlečnobeli oklep | | 1 |
| Androsace villosa | kuštravi oklep | | 4 |
| Anemone hortensis | vrtna vetrnica | | 15 |
| Anemone nemorosa | podlesna vetrnica | | 17 |
| Anemone ranunculoides | zlatična vetrnica | rumena vetrnica | 21 |
| Anemone trifolia | trilistna vetrnica | | 6 |
| Angelica sylvestris | navadni gozdni koren | | 4 |
| Angerona prunaria | | | 16 |
| Anguilla anguilla | jegulja | | 10 |
| Anguis fragilis | slepec | slepič, modropikčasti slepič | 268 |
| Animalia | živali | | 2 |
| Anisantha sterilis | jalovi glistnik | | 6 |
| Anisus vorticulus | drobni svitek | | 1 |
| Anodonta | brezzobke | | 89 |
| Anodonta anatina | mala brezzobka | mala jezerska brezzobka | 142 |
| Anodonta cygnea | velika brezzobka | velika jezerska brezzobka | 111 |
| Anoplotrupes stercorosus | | | 8 |
| Anorthoa munda | dvolisa pomladanka | | 9 |
| Anostraca | škrgonožci | | 9 |
| Anoxia orientalis | | | 1 |
| Anser | gosi | | 1 |
| Anser albifrons | beločela gos | pisana gos, lisasta gos | 4 |
| Anser anser | siva gos | divja gos, rumenokljunasta gos | 17 |
| Anser anser x Cygnus olor | | | 3 |
| Antennaria dioica | navadna majnica | | 5 |
| Anthaxia | cvetni krasniki | | 1 |
| Anthemis arvensis | njivska pasja kamilica | | 9 |
| Antheraea yamamai | japonska sviloprejka, jamamaj | | 43 |
| Anthericum ramosum | navadni kosmuljek | | 13 |
| Anthidium septemspinosum | sedemtrna volnarka | | 1 |
| Anthocharis cardamines | zorica | | 35 |
| Anthoxanthum odoratum | dišeča boljka | | 7 |
| Anthribus albinus | | | 1 |
| Anthriscus sylvestris | gozdna krebuljica | | 3 |
| Anthyllis | ranjak | | 1 |
| Anthyllis jacquinii | jacquinov ranjak | | 3 |
| Anthyllis vulneraria | pravi ranjak | | 16 |
| Anticlea derivata | | | 1 |
| Antisphodrus cavicola | predjamski brzec | | 2 |
| Anura | brezrepci ali žabe | | 25 |
| Apamea | rušnica | | 1 |
| Apamea lithoxylaea | lesnata rušnica | | 1 |
| Apamea monoglypha | enosedelna rušnica | | 2 |
| Apamea sublustris | bleščeča rušnica | | 1 |
| Apatura ilia | mali spreminjavček | | 44 |
| Apatura iris | veliki spreminjavček | | 25 |
| Apeira syringaria | | | 2 |
| Aphanes arvensis | navadna njivka | | 2 |
| Aphanius fasciatus | solinarka | | 4 |
| Aphantopus hyperantus | okati rjavec | | 27 |
| Aphididae | prave listne uši | | 3 |
| Aphrophora salicina | | | 1 |
| Apiaceae | kobulnice | | 14 |
| Apidae | prave čebele | | 5 |
| Apioperdon pyriforme | hruškasta prašnica | | 1 |
| Apis mellifera | domača čebela | medonosna čebela | 13 |
| Apis mellifera carnica | kranjska sivka | | 3 |
| Aplocera | | | 1 |
| Aplocera plagiata | kosmačev pedic | | 2 |
| Aplocera praeformata | | | 2 |
| Apoda limacodes | | | 13 |
| Apodemus | belonoge miši | | 5 |
| Apodemus agrarius | dimasta miš | | 11 |
| Apodemus flavicollis | rumenogrla miš | | 6 |
| Apoderus coryli | leskin rilčkar | | 1 |
| Apoidea | čebele | | 6 |
| Apopellia endiviifolia | | | 18 |
| Aporia crataegi | glogova belinka | glogovec, drevesni belin | 97 |
| Aporrectodea smaragdina | smaragdni deževnik | | 1 |
| Aposeris foetida | navadna smrdljivka | | 4 |
| Aptinus bombarda | pokač | | 2 |
| Apus apus | hudournik | črni hudournik, navadni hudournik, zidovni hudournik, veliki hudournik, velika lastovka | 9 |
| Aquilegia | orlica | | 10 |
| Aquilegia atrata | črnikastovijolična orlica | | 9 |
| Aquilegia einseleana | einselejeva orlica | | 2 |
| Aquilegia nigricans | velecvetna orlica | | 9 |
| Aquilegia vulgaris | navadna orlica | | 2 |
| Aquilegia vulgaris agg. | skupina navadne orlice | | 4 |
| Arabidopsis thaliana | navadni repnjakovec | | 8 |
| Arabis alpina subsp. alpina | alpski repnjak | planinski repnjak | 2 |
| Arabis glabra | goli repnjak | stolpica | 2 |
| Arabis hirsuta | dlakavi repnjak | | 4 |
| Arabis turrita | slokastoplodni repnjak | | 8 |
| Arachnida | pajkovci | | 9 |
| Aradus | | | 1 |
| Araneae | pajki | | 35 |
| Araneidae | križevci | mrežarji | 3 |
| Araneus | | | 6 |
| Araneus angulatus | | | 3 |
| Araneus diadematus | navadni križevec | | 10 |
| Araneus marmoreus | marmorasti križevec | | 1 |
| Araneus quadratus | veliki kvadratasti križevec | | 1 |
| Araniella cucurbitina | zeleni križevec | | 3 |
| Araschnia levana | koprivov pajčevinar | pegavček | 56 |
| Arbutus unedo | navadna jagodičnica | | 3 |
| Archiearis parthenias | | | 3 |
| Arctia caja | pisana medvedka | regratov kosmatinček, navadni kosmatinec | 13 |
| Arctia villica | belolisa medvedka | črni kosmatinec | 21 |
| Arctium | repinec | | 5 |
| Arctium lappa | navadni repinec | | 6 |
| Arctium nemorosum | gozdni repinec | | 3 |
| Arctium tomentosum | volnati repinec | | 9 |
| Arctornis l-nigrum | črnolisa belokrilka | | 3 |
| Arctostaphylos uva-ursi | vednozeleni gornik | | 2 |
| Arcyria oerstedii | | | 3 |
| Ardea alba | velika bela čaplja | | 6 |
| Ardea cinerea | siva čaplja | sivi rangar, ragar | 49 |
| Ardea purpurea | rjava čaplja | štramblja | 5 |
| Ardeola ralloides | čopasta čaplja | rumena čaplja | 4 |
| Aremonia agrimonoides | navadni strček | | 3 |
| Arenaria serpyllifolia | navadna peščenka | | 1 |
| Arethusana arethusa | okrasti košeničar | | 14 |
| Argiope bruennichi | osasti pajek | | 17 |
| Argulus foliaceus | krapova uš | | 3 |
| Argynnis adippe | pisani bisernik | | 17 |
| Argynnis aglaja | bleščeči bisernik | veliki bisernik | 12 |
| Argynnis niobe | temni bisernik | | 2 |
| Argynnis pandora | razkošni bisernik | | 2 |
| Argynnis paphia | gospica | | 66 |
| Arianta arbustorum | drevesni polž | | 5 |
| Aricia agestis | navadna rjavka | | 13 |
| Aricia artaxerxes | hribska rjavka | | 21 |
| Aricia eumedon | krvomočničina rjavka | | 3 |
| Arion | lazarji | | 6 |
| Arion vulgaris | španski lazar | | 8 |
| Aristolochia | podraščec | | 55 |
| Aristolochia clematitis | navadni podraščec | | 39 |
| Aristolochia lutea | rumeni podraščec | | 5 |
| Aristolochia pallida | bledi podraščec | | 1 |
| Aristolochia pallida agg. | skupina bledega podraščca | | 12 |
| Aristolochia rotunda | okroglolistni podraščec | | 3 |
| Armadillidium | pasavček | | 4 |
| Armadillidium versicolor | | | 3 |
| Armadillidium vulgare | navadni pasavček | | 3 |
| Armeria alpina | alpski pečnik | | 3 |
| Armillaria mellea | sivorumena mraznica | | 8 |
| Armillaria ostoyae | črnomekinasta mraznica | navadna mraznica, prava štorovka, čokovka, krastovka, jarčki, krajčki, kupci, smrekova mrazniac, temnorjava mraznica | 2 |
| Armoracia rusticana | navadni hren | | 2 |
| Arnica montana | navadna arnika | brdnja | 25 |
| Aromia moschata | moškatni kozliček | | 16 |
| Arrhenatherum elatius | visoka pahovka | | 9 |
| Artemia salina | solinski rakec | artemija | 1 |
| Artemisia vulgaris agg. | skupina navadnega pelina | | 1 |
| Artiora evonymaria | | | 3 |
| Artomyces pyxidatus | cvetoča grmulja | | 4 |
| Arum | kačnik | | 3 |
| Arum italicum | laški kačnik | | 1 |
| Arum maculatum | pegasti kačnik | | 20 |
| Arum maculatum agg. | skupina pegastega kačnika | | 3 |
| Aruncus dioicus | navadno kresničevje | | 11 |
| Arundo donax | navadna kanela | | 11 |
| Arvicola amphibius | veliki voluhar | | 2 |
| Arvicolidae | voluharji | | 11 |
| Asarum europaeum | navadni kopitnik | | 6 |
| Asarum europaeum subsp. caucasicum | | | 1 |
| Asclepias syriaca | sirska svilnica | | 35 |
| Ascocoryne | | | 1 |
| Ascocoryne sarcoides | | | 1 |
| Ascotis selenaria | | | 8 |
| Asellus | | | 1 |
| Asellus aquaticus | vodni osliček | | 2 |
| Asio otus | mala uharica | gozdna uharica, lesna uharica, mala sova, mala uhasta sova, mala uhata sova | 8 |
| Asparagus | beluš | | 1 |
| Asparagus acutifolius | ostrolistni beluš | | 4 |
| Asparagus officinalis | navadni beluš | | 4 |
| Asparagus tenuifolius | lasasti beluš | | 15 |
| Asperula cynanchica | hribska perla | | 1 |
| Asphalia ruficollis | | | 1 |
| Asphodelus albus | navadni zlati koren | | 23 |
| Aspius aspius | bolen | | 32 |
| Asplenium | sršaj | | 5 |
| Asplenium adiantum-nigrum | črni sršaj | | 3 |
| Asplenium ruta-muraria | pozidna rutica | | 15 |
| Asplenium seelosii | seelosov sršaj | | 1 |
| Asplenium trichomanes | rjavi sršaj | | 11 |
| Asplenium viride | zeleni sršaj | | 2 |
| Astacidae | | | 18 |
| Astacus astacus | jelševec | potočni rak, plemeniti rak | 327 |
| Astacus leptodactylus | ozkoškarjevec | | 6 |
| Asteraceae | nebinovke | | 2 |
| Aster alpinus | alpska nebina | | 5 |
| Aster amellus | gorska nebina | | 9 |
| Aster bellidiastrum | marjetičasta nebina | | 5 |
| Aster linosyris | zlata nebina | | 5 |
| Asteroscopus sphinx | sfingasta zvezdarka | sfingina sovka | 1 |
| Aster squamatus | luskasta nebina | | 2 |
| Aster tripolium | obmorska nebina | | 1 |
| Asthena albulata | | | 2 |
| Astragalus glycyphyllos | sladki grahovec | | 6 |
| Astragalus illyricus | ilirski grahovec | | 3 |
| Astrantia bavarica | bavarski zali kobulček | | 1 |
| Astrantia carniolica | kranjski zali kobulček | | 3 |
| Astrantia major | veliki zali kobulček | | 9 |
| Astrantia major subsp. major | | | 4 |
| Athyrium filix-femina | navadna podborka | | 4 |
| Atolmis rubricollis | črna rdečevratka | | 2 |
| Atropa bella-donna | volčja češnja | | 16 |
| Atypus | | | 2 |
| Auricularia | uhljevke | | 1 |
| Auricularia auricula-judae | bezgova uhljevka | | 7 |
| Auricularia mesenterica | brestova uhljevka | | 1 |
| Auriscalpium vulgare | navadna žlička | | 2 |
| Austropotamobius pallipes | koščenec | primorski koščak, belonožec, belonogi rak | 352 |
| Austropotamobius torrentium | koščak | navadni koščak, rak koščak | 1139 |
| Autographa bractea | zlata glagolka | | 1 |
| Autographa gamma | gamina glagolka | glagolka | 8 |
| Avena sativa | navadni oves | | 3 |
| Aves | ptice | | 32 |
| Axylia putris | lesnata trohninarka | | 7 |
| Aythya ferina | sivka | raca sivka, sivka, namizna raca | 3 |
| Aythya fuligula | čopasta črnica | čopasta raca | 2 |
| Aythya nyroca | kostanjevka | belooka raca, kostanjeva raca, belooka rjavoglavka | 2 |
| Baeospora myosura | jesenska drobnotroska | | 1 |
| Ballerus sapa | črnooka | | 1 |
| Barbarea | barbica | | 1 |
| Barbarea vulgaris | navadna barbica | | 2 |
| Barbastella barbastellus | širokouhi netopir | mulasti netopir | 70 |
| Barbatula barbatula | babica | rečna babica | 41 |
| Barbitistes | | | 1 |
| Barbitistes serricauda | | | 3 |
| Barbus | mrene | | 2 |
| Barbus balcanicus | pohra | | 82 |
| Barbus barbus | mrena | | 76 |
| Barbus plebejus | grba | | 33 |
| Bartsia alpina | alpska barčija | | 1 |
| Batrachium | vodna zlatica | | 1 |
| Bellevalia romana | rimska belvalovka | | 3 |
| Bellis | marjetica | | 2 |
| Bellis perennis | navadna marjetica | | 3 |
| Bembecia ichneumoniformis | | | 3 |
| Bena bicolorana | | | 8 |
| Berberis thunbergii | thunbergov češmin | | 4 |
| Berberis vulgaris | navadni češmin | | 28 |
| Berula erecta | ozkolistni koščec | | 12 |
| Betonica officinalis | navadni čistec | | 6 |
| Betula pendula | navadna breza | | 19 |
| Bibio | | | 1 |
| Bidens | mrkač | | 15 |
| Bidens cernua | celolistni mrkač | | 2 |
| Bidens frondosa | črnoplodni mrkač | | 4 |
| Bidens tripartita | tridelni mrkač | | 2 |
| Biscogniauxia nummularia | novčičasta skorjoderka | | 1 |
| Biscutella laevigata | navadna šparnica | | 14 |
| Bisporella citrina | rumena dvotroska | | 1 |
| Biston betularia | brezov pedic | | 5 |
| Biston strataria | | | 4 |
| Bivalvia | školjke | | 19 |
| Bjerkandera adusta | osmojena bjerkandera | | 1 |
| Blackstonia perfoliata | preraslolistna grenčica | | 3 |
| Blechnum spicant | rebrenjača | | 9 |
| Blicca bjoerkna | androga | | 38 |
| Bolbitius coprophilus | roza smetiščar | | 1 |
| Bolbitius titubans | rumeni smetiščar | | 3 |
| Bolboschoenus maritimus | obmorska srpica | | 4 |
| Bolboschoenus planiculmis | rjava srpica | | 3 |
| Boletus | gobani | | 30 |
| Boletus edulis | jesenski goban | | 13 |
| Boletus luridus | svinjski goban | | 1 |
| Boletus pinophilus | borov goban | | 1 |
| Boletus regius | kraljevi goban | | 1 |
| Boletus reticulatus | poletni goban | | 11 |
| Boloria dia | mali tratar | | 24 |
| Boloria euphrosyne | pomladni tratar | | 9 |
| Boloria pales | gorski tratar | gorski višavar | 13 |
| Boloria selene | srebrni tratar | | 14 |
| Boloria thore | temni tratar | | 1 |
| Boloria titania | planinski tratar | vijolični tratar | 2 |
| Bombina | urhi | | 5818 |
| Bombina bombina | nižinski urh | | 721 |
| Bombina bombina x variegata | | | 340 |
| Bombina variegata | hribski urh | | 7506 |
| Bombus | čmrlji | | 25 |
| Bombus argillaceus | temnokrili zemeljski črmrlj | glineni čmrlj, glinin čmrlj | 1 |
| Bombus hortorum | vrtni zemeljski čmrlj | | 9 |
| Bombus hypnorum | drevesni čmrlj | | 3 |
| Bombus lapidarius | veliki črno-rdeči čmrlj | kamenjarski čmrlj | 2 |
| Bombus pascuorum | rjavi čmrlj | njivski čmrlj | 9 |
| Bombus pratorum | pomladanski zemeljski čmrlj | travniški čmrlj | 3 |
| Bombus terrestris | temni zemeljski čmrlj | | 1 |
| Bombus terrestris/lucorum | temni/svetli zemeljski čmrlj | | 2 |
| Bombycilla garrulus | pegam | navadni pegam, čopasti pegam | 4 |
| Bombyliidae | čmrljevke | lebdivke | 1 |
| Bombylius | | | 2 |
| Bombylius major | velika volnarica | čmrljevka | 1 |
| Bondarzewia mesenterica | gorska bondarčevka | | 1 |
| Bonomyces sinopicus | žaltava livka | | 1 |
| Borkhausenia minutella | | | 1 |
| Botaurus stellaris | bobnarica | velika bobnarica, močni kluk, bukač, bukavec, žaboder, bobnarica čaplja, bubnarica, ponočni vran, povodni boben, netečnik | 2 |
| Botrychium lunaria | navadna mladomesečina | | 1 |
| Botrychium virginianum | virginijska mladomesečina | | 1 |
| Boudinotiana notha | | | 1 |
| Bovistella utriformis | senožetna plešivka | | 7 |
| Brachionycha nubeculosa | temna kožuharica | | 2 |
| Brachypodium | glota | | 1 |
| Brachypodium pinnatum | navadna glota | | 3 |
| Brachypodium pinnatum agg. | skupina navadne glote | | 3 |
| Brachypodium rupestre | skalna glota | | 10 |
| Brachytron pratense | zgodnji trstničar | | 17 |
| Branchipus schafferi | | | 3 |
| Branchiura | ribje uši | škrgorepci, branhiuri | 1 |
| Brassicaceae | križnice | | 3 |
| Brassica napus | navadna ogrščica | | 3 |
| Brassica rapa | repa | oljna repica | 2 |
| Brassicogethes aeneus | repni svetlin | | 1 |
| Brenthis | | | 1 |
| Brenthis daphne | robidov livadar | | 23 |
| Brenthis hecate | dvopiki livadar | | 10 |
| Brenthis ino | močvirski livadar | | 13 |
| Brintesia circe | travnar | | 15 |
| Briza media | navadna migalica | | 5 |
| Bromopsis | stoklasec | | 1 |
| Bromopsis erecta | pokončni stoklasec | | 11 |
| Bromopsis erecta agg. | skupina pokončnega stoklasca | | 3 |
| Bromopsis inermis | goli stoklasec | | 4 |
| Bromus | stoklasa | | 1 |
| Bromus erectus | pokončna stoklasa | | 2 |
| Bromus erectus agg. | skupina pokončne stoklase | | 2 |
| Bromus hordeaceus | ječmenasta stoklasa | | 1 |
| Bromus hordeaceus agg. | skupina ječmenaste stoklase | | 1 |
| Bromus hordeaceus subsp. pseudothominii | mehka stoklasa | | 4 |
| Bromus secalinus | žitna stoklasa | | 2 |
| Broussonetia papyrifera | navadna papirjevka | | 5 |
| Bryophyta | mahovi | | 40 |
| Buddleja davidii | davidova budleja | | 33 |
| Bufo | krastače | | 19 |
| Bufo bufo | navadna krastača | | 1745 |
| Bufonidae | krastače | | 15 |
| Bufotes viridis | zelena krastača | | 117 |
| Bufo viridis | zelena krastača | | 46 |
| Buglossoides purpurocaerulea | škrlatnomodro ptičje seme | | 2 |
| Buglossoporus quercinus | hrastova odpadljivka | | 1 |
| Bulgaria inquinans | nečedna bolgarka | | 2 |
| Buphthalmum salicifolium | vrbovolistni primožek | | 16 |
| Bupleurum petraeum | skalna prerast | | 4 |
| Buprestidae | krasniki | | 1 |
| Buteo buteo | kanja | navadna kanja, mišar, mišja kanja, kanjek, kanjuh, srakolica | 13 |
| Butomus umbellatus | kobulasta vodoljuba | | 47 |
| Buxus sempervirens | navadni pušpan | | 1 |
| Byctiscus betulae | trtar | trtni zavijalec | 2 |
| Byssomerulius corium | oranžni pokrivač | | 1 |
| Cabera exanthemata | | | 1 |
| Cabera pusaria | | | 9 |
| Cacyreus marshalli | pelargonijev bakrenček | | 14 |
| Caelifera | kratkotipalčnice | saranče | 1 |
| Cairina moschata | moškatna bleščavka | | 4 |
| Cairina moschata x Anas platyrhynchos | | | 2 |
| Calamagrostis | šašulica | | 1 |
| Calamagrostis epigejos | navadna šašulica | | 10 |
| Calamagrostis varia | pisana šašulica | | 1 |
| Calamintha grandiflora | velecvetni čober | | 4 |
| Calamintha menthifolia | navadni čober | | 2 |
| Calendula | ognjič | | 1 |
| Calidris canutus | veliki prodnik | | 1 |
| Calla palustris | močvirska kačunka | | 17 |
| Callidium violaceum | modri kozliček | | 2 |
| Callimorpha dominula | gozdna lepokrilka | belo-lisasti kosmatinec | 29 |
| Callimorpha quadripunctaria | črtasti medvedek | ruski medvedek, črtalasti medvedek | 83 |
| Calliphora vicina | rdečeglava brenčačka | | 1 |
| Calliptamus italicus | laška kobilica | | 3 |
| Callisto denticulella | | | 3 |
| Calliteara pudibunda | skromna rdečerepka | | 29 |
| Callitriche | žabji las | | 150 |
| Callitriche cophocarpa | mnogolistni žabji las | | 1 |
| Callitriche palustris agg. | skupina navadnega žabjega lasu | | 5 |
| Callophrys rubi | zeleni robidar | robidovnik | 22 |
| Callopistria juventina | pisana praprotnica | | 2 |
| Calluna vulgaris | jesenska vresa | | 17 |
| Caloboletus radicans | grenki goban | | 1 |
| Calocera viscosa | lepljivi rožiček | | 1 |
| Calocoris affinis | | | 1 |
| Calophasia lunula | lunolisa lesarka | | 1 |
| Calopteryx | bleščavec | | 1 |
| Calopteryx splendens | pasasti bleščavec | | 47 |
| Calopteryx virgo | modri bleščavec | | 65 |
| Caloscypha fulgens | žareča kupica | | 1 |
| Calosoma sycophanta | veliki moškatnik | | 1 |
| Caltha palustris | navadna kalužnica | | 76 |
| Calvatia gigantea | orjaška plešivka | | 1 |
| Calystegia sepium | navadni plotni slak | | 4 |
| Cameraria ohridella | kostanjev zavitkar | kostanjev listni zavrtač | 2 |
| Campaea margaritaria | | | 23 |
| Campanula | zvončica | | 8 |
| Campanula barbata | brkata zvončica | | 1 |
| Campanulaceae | zvončičevke | | 1 |
| Campanula cespitosa | rušnata zvončica | | 3 |
| Campanula cochleariifolia | trebušasta zvončica | | 2 |
| Campanula glomerata | klobčasta zvončica | | 13 |
| Campanula patula | razprostrta zvončica | | 14 |
| Campanula persicifolia | breskovolistna zvončica | | 7 |
| Campanula pyramidalis | piramidasta zvončica | | 1 |
| Campanula rapunculoides | repuščevolistna zvončica | | 2 |
| Campanula rapunculus | repuščeva zvončica | | 4 |
| Campanula rotundifolia | okroglolistna zvončica | | 3 |
| Campanula scheuchzeri | scheuchzerjeva zvončica | | 1 |
| Campanula thyrsoides | šopasta zvončica | | 8 |
| Campanula thyrsoides subsp. carniolica | | | 3 |
| Campanula trachelium | koprivasta zvončica | | 3 |
| Campanula zoysii | zoisova zvončica | | 13 |
| Camponotus ligniperdus | | | 3 |
| Camponotus vagus | | | 2 |
| Camptogramma bilineata | | | 8 |
| Campylaea illyrica | | | 1 |
| Canephora hirsuta | | | 2 |
| Canis lupus | volk | | 8 |
| Cannabis sativa | navadna konoplja | | 3 |
| Cannabis sativa subsp. sativa | navadna konoplja | | 2 |
| Cantharellus amethysteus | luskata lisička | | 1 |
| Cantharellus cibarius | navadna lisička | | 4 |
| Cantharellus friesii | žametna lisička | | 1 |
| Cantharelus cibarius | | | 2 |
| Cantharis | | | 4 |
| Cantharis fusca | rjava sneženka | | 3 |
| Capnodis tenebrionis | sadni koreninar | | 6 |
| Capra ibex | alpski kozorog | | 33 |
| Capreolus capreolus | srna | | 86 |
| Caprifoliaceae | kovačnikovke | | 16 |
| Caprimulgus europaeus | podhujka | legen, kozodoj, ležetrudnik, mravljinčar, pikčasti mravljinčar ,kozomolzu, navadna podhujka | 5 |
| Capsella bursa-pastoris | navadni plešec | | 1 |
| Capsella rubella | rdečkasti plešec | | 4 |
| Capsodes mat | | | 1 |
| Carabidae | krešiči | | 2 |
| Carabus | krešiči | | 5 |
| Carabus caelatus | hrapavi krešič | | 5 |
| Carabus cancellatus | bakreni krešič | | 1 |
| Carabus catenulatus | verigasti krešič | | 7 |
| Carabus convexus | | | 1 |
| Carabus coriaceus | usnjati krešič | | 23 |
| Carabus croaticus | | | 1 |
| Carabus germarii | vijoličasti krešič | | 9 |
| Carabus gigas | orjaški krešič | | 10 |
| Carabus granulatus | | | 2 |
| Carabus intricatus | modri krešič | | 6 |
| Carabus ullrichii | | | 3 |
| Carabus variolosus | močvirski krešič | | 7 |
| Caradrina morpheus | temna oprašenka | | 1 |
| Carassius | koreslji | | 9 |
| Carassius auratus | zlata ribica | zlati koreselj | 66 |
| Carassius carassius | navadni koreselj | navadni koreselj | 81 |
| Carassius gibelio | babuška | srebrni koreselj | 129 |
| Carcharodus alceae | slezenovčev kosmičar | | 12 |
| Carcharodus floccifera | močvirski kosmičar | močvirski ostrozob | 35 |
| Carcharodus lavatherae | čišljakov kosmičar | čišljakov ostrozob | 5 |
| Cardamine | penuša | | 7 |
| Cardamine amara | grenka penuša | | 7 |
| Cardamine bulbifera | brstična konopnica | | 13 |
| Cardamine enneaphyllos | deveterolistna konopnica | | 7 |
| Cardamine flexuosa | gozdna penuša | | 5 |
| Cardamine hirsuta | dlakava penuša | | 5 |
| Cardamine impatiens | penuša nedotika | | 13 |
| Cardamine kitaibelii | mnogolistna konopnica | | 2 |
| Cardamine pentaphyllos | peterolistna konopnica | | 4 |
| Cardamine pratensis | travniška penuša | | 4 |
| Cardamine pratensis | | | 6 |
| Cardamine pratensis agg. | skupina travniške penuše | | 7 |
| Cardamine resedifolia | katančevolistna penuša | | 3 |
| Cardamine trifolia | trilistna penuša | | 5 |
| Cardamine waldsteinii | zasavska konopnica | | 10 |
| Cardaminopsis arenosa | peskovni penušnjek | | 3 |
| Cardaminopsis halleri | hallerjev penušnjek | | 1 |
| Cardaria draba | navadni poprovnik | | 1 |
| Carduelis carduelis | lišček | štiglec, osatni lisec, osatica, špeglavec, stričoka | 13 |
| Carduelis chloris | zelenec | zelenček, zeleni dlesk, konopka | 5 |
| Carduelis spinus | čižek | olšica, cizek, konopljičica, navadni cizek, cajzeljc, šterlinc, penkica, ternjovka | 3 |
| Carduus | bodak | | 4 |
| Carduus nutans | kimasti bodak | | 1 |
| Caretta caretta | glavata kareta | | 2 |
| Carex | šaš | | 79 |
| Carex acuta | ostri šaš | | 3 |
| Carex acutiformis | ostroluski šaš | | 12 |
| Carex alba | beli šaš | | 2 |
| Carex bohemica | češki šaš | | 10 |
| Carex brizoides | migalični šaš | | 14 |
| Carex buekii | buekov šaš | | 13 |
| Carex caryophyllea | pomladanski šaš | | 16 |
| Carex davalliana | srhki šaš | | 5 |
| Carex digitata | prstasti šaš | | 3 |
| Carex divulsa | zeleni šaš | | 1 |
| Carex echinata | bodičnati šaš | | 2 |
| Carex elata | togi šaš | | 45 |
| Carex elongata | podaljšani šaš | | 16 |
| Carex ferruginea | rjastorjavi šaš | | 1 |
| Carex flacca | sinjezeleni šaš | | 7 |
| Carex flava | rumeni šaš | | 7 |
| Carex flava agg. | skupina rumenega šaša | | 6 |
| Carex hirta | dlakavi šaš | | 6 |
| Carex leporina | zajčji šaš | | 1 |
| Carex liparocarpos | bleščeči šaš | | 4 |
| Carex michelii | michelijev šaš | | 1 |
| Carex montana | gorski šaš | | 2 |
| Carex mucronata | ostnati šaš | | 2 |
| Carex nigra | črni šaš | | 1 |
| Carex ornithopoda | ptičjenogi šaš | | 1 |
| Carex otrubae | podlesni šaš | | 4 |
| Carex ovalis | zajčji šaš | | 7 |
| Carex pallescens | bledi šaš | | 9 |
| Carex panicea | proseni šaš | | 5 |
| Carex pendula | previsni šaš | | 4 |
| Carex pilosa | vejicati šaš | | 7 |
| Carex pilulifera | obloplodni šaš | | 2 |
| Carex pseudocyperus | paostrični šaš | | 13 |
| Carex punctata | pikčastoplodni šaš | | 2 |
| Carex randalpina | predalpski šaš | | 3 |
| Carex remota | mlahavi šaš | | 15 |
| Carex riparia | obrežni šaš | | 19 |
| Carex rostrata | kljunasti šaš | | 3 |
| Carex spicata | klasasti šaš | | 2 |
| Carex strigosa | ozkoklasi šaš | | 30 |
| Carex sylvatica | gozdni šaš | | 4 |
| Carex tomentosa | polstenoplodni šaš | | 15 |
| Carex umbrosa | senčni šaš | | 12 |
| Carex vesicaria | mehurjasti šaš | | 7 |
| Carex vulpina | lisičjerepi šaš | | 7 |
| Carex vulpina agg. | skupina lisičjerepega šaša | | 2 |
| Carex x oberrodensis (Carex elata x Carex randalpina) | | | 1 |
| Carlina acaulis | bodeča neža | brezstebelna kompava | 13 |
| Carlina acaulis agg. | | | 1 |
| Carlina vulgaris | navadna kompava | | 5 |
| Carlina vulgaris subsp. brevibracteata | srednja kompava | | 5 |
| Carlina vulgaris subsp. vulgaris | navadna kompava | | 2 |
| Carnivora | zveri | | 3 |
| Carpinaceae | gabrovke | | 1 |
| Carpinus betulus | navadni gaber | beli gaber | 30 |
| Carpocoris | | | 1 |
| Carpocoris purpureipennis | | | 2 |
| Carrhotus xanthogramma | | | 1 |
| Carterocephalus palaemon | lisasti debeloglavec | debeloglavec | 37 |
| Carum carvi | navadna kumina | | 1 |
| Carybdea marsupialis | | | 2 |
| Caryophyllaceae | klinčnice | | 2 |
| Cassida aurora | | | 1 |
| Cassida murraea | pegasti čeladnik | | 1 |
| Cassida vibex | | | 1 |
| Cassida viridis | zeleni čeladnik | | 1 |
| Castanea sativa | pravi kostanj | evropski pravi kostanj | 23 |
| Castor fiber | bober | | 471 |
| Cataclysta lemnata | | | 5 |
| Catalpa bignonioides | navadni cigarovec | katalpa | 3 |
| Catarhoe cuculata | | | 3 |
| Catarhoe rubidata | | | 1 |
| Catephia alchymista | belolisa črnokrilka | | 1 |
| Catocala | trakarka | trakarji | 3 |
| Catocala fraxini | modra trakarka | modri trakar | 3 |
| Catocala fulminea | rumena trakarka | rumeni trakar | 5 |
| Catoptria | | | 1 |
| Catoptria pinella | | | 1 |
| Celastrina argiolus | svetli krhlikar | | 29 |
| Celtis australis | navadni koprivovec | | 23 |
| Celypha lacunana | | | 5 |
| Centaurea | glavinec | | 7 |
| Centaurea bracteata | gaudinov glavinec | | 1 |
| Centaurea carniolica | kranjski glavinec | | 1 |
| Centaurea cyanus | plavica | modri glavinec | 17 |
| Centaurea jacea | navadni glavinec | | 2 |
| Centaurea jacea | | | 4 |
| Centaurea jacea agg. | skupina navadnega glavinca | | 1 |
| Centaurea macroptilon | veleperesasti glavinec | | 2 |
| Centaurea montana | gorski glavinec | | 4 |
| Centaurea montana agg. | skupina gorskega glavinca | | 3 |
| Centaurea rhenana | renski glavinec | | 2 |
| Centaurea rupestris | skalni glavinec | | 2 |
| Centaurea scabiosa subsp. fritschii | fritschev glavinec | | 7 |
| Centaurea triumfettii | skupina triumffetijevega glavinca | | 1 |
| Centaurea uniflora subsp. nervosa | gostožilnati glavinec | | 1 |
| Centaurium | tavžentroža | | 7 |
| Centaurium erythraea | navadna tavžentroža | | 7 |
| Centrotus cornutus | rogati škržatek | | 1 |
| Cepaea hortensis | vrtnik | | 1 |
| Cepaea nemoralis | mali vrtni polž | | 4 |
| Cepaea vindobonensis | progasti vrtni polž | dunajski vrtni polž | 2 |
| Cephalanthera | naglavka | | 1 |
| Cephalanthera damasonium | bleda naglavka | | 10 |
| Cephalanthera longifolia | dolgolistna naglavka | | 41 |
| Cephalanthera rubra | rdeča naglavka | | 14 |
| Cephalaria leucantha | bleda obloglavka | | 1 |
| Cepphis advenaria | | | 3 |
| Cerambycidae | kozlički | | 18 |
| Cerambyx | | | 1 |
| Cerambyx cerdo | strigoš | hrastov kozliček, veliki hrastov kozliček | 2 |
| Cerambyx scopolii | skopolijev kozliček, mali strigoš | mali hrastov kozliček | 8 |
| Ceramica pisi | grahova prstenka | grahova sovka | 1 |
| Cerapteryx graminis | travna dvorožka | travna sovka | 1 |
| Cerastis rubricosa | rdečkasta rogatka | | 4 |
| Cerastium | smiljka | | 1 |
| Cerastium arvense | njivska smiljka | | 2 |
| Cerastium arvense subsp. arvense | | | 2 |
| Cerastium glomeratum | klobčasta smiljka | | 2 |
| Cerastium strictum | toga smiljka | | 1 |
| Cerastium subtriflorum | soška smiljka | | 2 |
| Cerastium sylvaticum | gozdna smiljka | | 3 |
| Cerastium tenoreanum | tenorejeva smiljka | | 1 |
| Cerastium tomentosum | polstena smiljka | | 2 |
| Ceratiomyxa porioides | luknjičasta hladetinka | | 1 |
| Ceratophyllum | rogolist | | 16 |
| Ceratophyllum demersum | navadni rogolist | | 10 |
| Cercis siliquastrum | navadni jadikovec | | 2 |
| Cercopidae | slinarice | | 1 |
| Ceriagrion tenellum | rdeči voščenec | | 3 |
| Cerinthe minor | mala voščica | | 1 |
| Cerioporus mollis | navadni zvitopor | | 1 |
| Cerura erminea | hermelin | | 1 |
| Cerura vinula | vilar | | 1 |
| Cervidae | jeleni | | 1 |
| Cervus elaphus | navadni jelen | | 19 |
| Ceterach javorkeanum | javorkova slatinka | | 3 |
| Ceterach officinarum | navadna slatinka | | 17 |
| Cetonia aurata | zlata minica | | 13 |
| Cetoniidae | | | 1 |
| Chaerophyllum hirsutum agg. | skupina dlakavega trebelja | | 3 |
| Chalcolestes viridis | zelena pazverca | zelena zverca | 11 |
| Chalcolestes viridis complex (viridis/parvidens) | | | 1 |
| Chalcolestes viridis x parvidens | | | 1 |
| Chalcophora mariana | borov krasnik | | 1 |
| Chamaecyparis | pacipresa | | 1 |
| Chamaecytisus | relika | | 5 |
| Chamaecytisus hirsutus | dlakava relika | | 7 |
| Chamaecytisus purpureus | rdeča relika | | 8 |
| Chamaecytisus ratisbonensis | regensburška relika, nemška relika | | 2 |
| Chamaecytisus supinus | nizka relika | | 6 |
| Chamaenerion angustifolium | ozkolistno ciprje | | 2 |
| Chamaespartium sagittale | navadna prevezanka | | 9 |
| Chamerion angustifolium | ozkolistno ciprje | | 11 |
| Chamerion dodonaei | močvirsko ciprje | | 6 |
| Chamomilla recutita | prava kamilica | | 3 |
| Chamomilla suaveolens | vonjava kamilica | | 2 |
| Chamorchis alpina | alpska cepetuljka | | 1 |
| Chara | | | 12 |
| Characeae | parožnice | | 4 |
| Charadriiformes | pobrežniki | | 2 |
| Charadrius dubius | mali deževnik | | 12 |
| Charanyca trigrammica | tročrta ponočevalka | | 5 |
| Charaxes jasius | | navadni jagodničar, jagodičar | 2 |
| Chazara briseis | skalni puščavar | skalni puščavar | 5 |
| Chelidonium majus | krvavi mlečnik | | 6 |
| Chenopodium album | bela metlika | | 3 |
| Chenopodium ficifolium | smokvolistna metlika | | 1 |
| Chenopodium glaucum | sinjezelena metlika | | 3 |
| Chenopodium polyspermum | mnogosemenska metlika | | 10 |
| Cherax quadricarinatus | rdečeškarjevec | | 4 |
| Chiasmia clathrata | | | 21 |
| Chionea | snežne muhe | | 1 |
| Chirocephalus | | | 2 |
| Chirocephalus croaticus | kraški škrgonosec | | 1 |
| Chironomidae | trzače | | 1 |
| Chiroptera | netopirji | | 7 |
| Chlorissa | | | 2 |
| Chlorociboria aeruginascens | zelenkasti zelenivec | | 3 |
| Chloroclysta siterata | | | 4 |
| Chloroperla | | | 2 |
| Chondrostoma nasus | podust | | 184 |
| Chondrula tridens | trizobi požrešnik | | 2 |
| Chorthippus biguttulus | beloproga ščebetulja | | 1 |
| Chorthippus dorsatus | | | 3 |
| Chorthippus oschei | ošejeva ščebetulja | | 2 |
| Chorthippus parallelus | kratkokrila ščebetulja | | 2 |
| Chroicocephalus ridibundus | rečni galeb | | 2 |
| Chromis chromis | črnik | | 1 |
| Chrysochraon dispar | | | 1 |
| Chrysocrambus linetella | | | 1 |
| Chrysodeixis chalcites | bakrasta zlatninarka | | 2 |
| Chrysolina | | | 1 |
| Chrysolina fastuosa | | | 1 |
| Chrysomela | | | 1 |
| Chrysomela populi | topolovka | | 7 |
| Chrysomela vigintipunctata | vrbova topolovka | | 4 |
| Chrysomelidae | lepenci | | 4 |
| Chrysopidae | tenčičarice | zlatoočnice | 2 |
| Chrysopogon gryllus | zlatolaska | | 6 |
| Chrysosplenium | vraničnik | | 1 |
| Chrysosplenium alternifolium | premenjalnolistni vraničnik | | 10 |
| Chrysotoxum bicinctum | | | 1 |
| Chrysotoxum intermedium | | | 1 |
| Cicada orni | jesenov škržad | | 1 |
| Cicadatra atra | črni škržad | | 1 |
| Cicadetta tibialis | kokošji škržad | keka | 2 |
| Cicerbita alpina | navadna gorska ločika | | 3 |
| Cichoriaceae | radičevke | | 1 |
| Cichorium intybus | navadni potrošnik | | 12 |
| Cicindela campestris | poljski brzec | | 3 |
| Cicindela hybrida | | | 1 |
| Cicindela sylvicola | gozdni brzec | | 6 |
| Ciconia ciconia | bela štorklja | štrk, bogdal, roda, žabogolt, štrok | 146 |
| Ciconia nigra | črna štorklja | | 29 |
| Cilix glaucata | srebrni srpokrilec | | 1 |
| Cimbex | | | 2 |
| Cimbex connatus | | | 3 |
| Cimicidae | zajedavske stenice | | 1 |
| Cinclus cinclus | povodni kos | vodni kos | 21 |
| Cionus | | | 1 |
| Circaea lutetiana | veliki nadlišček | | 5 |
| Circaetus gallicus | kačar | orel kačar, navadni kačar, kačar, kačji orel, gozdni kačar | 1 |
| Circus aeruginosus | rjavi lunj | poljski lunj, močvirska kanja, račar, trstna postovka, rjavi lanj, plešec, pustolka, jastreb | 4 |
| Cirsium | osat | | 24 |
| Cirsium acaule | brezstebelni osat | | 2 |
| Cirsium arvense | njivski osat | | 8 |
| Cirsium candelabrum | svečniški osat | | 5 |
| Cirsium canum | sivi osat | | 5 |
| Cirsium eriophorum | volnatoglavi osat | | 15 |
| Cirsium erisithales | lepki osat | | 5 |
| Cirsium oleraceum | mehki osat | | 10 |
| Cirsium palustre | močvirski osat | | 11 |
| Cirsium pannonicum | panonski osat | | 11 |
| Cirsium rivulare | potočni osat | | 18 |
| Cirsium spinosissimum | trnati osat | | 2 |
| Cirsium vulgare | navadni osat | | 5 |
| Cladium mariscus | navadna rezika | | 9 |
| Cladocera | vodne bolhe | | 1 |
| Cladonia | | | 2 |
| Clathrus archeri | lovkasta mrežnica | | 21 |
| Clathrus ruber | navadna mrežnica | | 3 |
| Clavariadelphus pistillaris | veliki kijec | | 2 |
| Clavulina coralloides | grebenasta grivača | | 1 |
| Cleistogenes serotina | jesenski togobil | | 2 |
| Clematis alpina | planinski srobot | | 9 |
| Clematis integrifolia | celolistni srobot | | 15 |
| Clematis recta | pokončni srobot | | 3 |
| Clematis vitalba | navadni srobot | | 18 |
| Clematis viticella | južni srobot | | 4 |
| Cleonis pigra | | | 1 |
| Cleora cinctaria | | | 3 |
| Clethrionomys glareolus | gozdna voluharica | | 7 |
| Clinopodium vulgare | navadna mačja zel | | 3 |
| Clostera anachoreta | veliki samotar | | 2 |
| Clostera anastomosis | | | 2 |
| Clostera curtula | | | 13 |
| Clytra laeviuscula | | | 5 |
| Clytus | | | 1 |
| Clytus arietis | osasti kozliček | | 2 |
| Cnephasia | | | 1 |
| Cobitis | nežice | | 2 |
| Cobitis bilineata | primorska nežica | | 12 |
| Cobitis elongata | velika nežica | | 37 |
| Cobitis elongatoides | navadna nežica | polžača | 117 |
| Coccinella quinquepunctata | petpikčasta polonica | | 1 |
| Coccinella septempunctata | sedempikčasta polonica | sedempika pikapolonica | 16 |
| Coccinellidae | polonice | pikapolonice | 4 |
| Coccothraustes coccothraustes | dlesk | debeloglaavi dlesk, luskavec, glavač, dlek | 16 |
| Cochlodina | kohlodine | | 1 |
| Cochlostoma septemspirale | sedmerospiralni sadar | | 1 |
| Coeloglossum viride | zeleni volčji jezik | | 3 |
| Coenagrionidae | škratci | | 1 |
| Coenagrion ornatum | koščični škratec | | 32 |
| Coenagrion puella | travniški škratec | | 87 |
| Coenagrion pulchellum | suhljati škratec | | 25 |
| Coenagrion scitulum | povodni škratec | | 18 |
| Coenomyia ferruginea | | | 1 |
| Coenonympha arcania | grmiščni okarček | | 36 |
| Coenonympha gardetta | gorski okarček | | 5 |
| Coenonympha glycerion | travniški okarček | belolisi okarček | 19 |
| Coenonympha oedippus | barjanski okarček | | 56 |
| Coenonympha pamphilus | mali okarček | | 58 |
| Coenonympha tullia | munčev okarček | | 3 |
| Coenotephria ablutaria | | | 2 |
| Colchicum autumnale | jesenski podlesek | | 16 |
| Coleoptera | hrošči | | 165 |
| Colias | | | 6 |
| Colias alfacariensis | rumeni senožetnik | | 8 |
| Colias crocea | navadni senožetnik | postiljon | 56 |
| Colias crocea f. helice | | | 1 |
| Colias erate | vzhodni senožetnik | | 1 |
| Colias hyale | bledi senožetnik | bledorumeni deteljnik | 7 |
| Colias hyale/alfacariensis | | | 3 |
| Colias myrmidone | bakreni senožetnik | | 4 |
| Collembola | skakači | | 2 |
| Colletes cunicularius | vrbova opnarka | | 1 |
| Collybiopsis ramealis | vejina pakorenovka | | 2 |
| Colobochyla salicalis | kratkousta vrbovka | | 7 |
| Colocasia coryli | siva leskarka | | 11 |
| Coloeus monedula | kavka | | 1 |
| Colostygia pectinataria | | | 14 |
| Colotois pennaria | jesenski pedic | | 3 |
| Columba | golobi | | 1 |
| Columba livia | domači golob | divji golob, brezni golob, skalni golob | 10 |
| Columba livia domestica | domači golob | mestni golob | 15 |
| Columba palumbus | grivar | golob grivar, grivnjač, grivnik, veliki golob, veliki divji golob | 8 |
| Colutea arborescens | drevesasta mehurka | | 7 |
| Comibaena bajularia | | | 2 |
| Commelina communis | navadna komelina | | 3 |
| Congeria jalzici | jalžičeva kongerija | | 1 |
| Coniophora puteana | mokrotna lesomorka | | 2 |
| Conisania luteago | | | 1 |
| Conistra erythrocephala | rdečeglava prezimka | | 1 |
| Conistra ligula | jezičasta prezimka | | 1 |
| Conistra rubiginea | pisana prezimka | tigrasta sovka | 2 |
| Conistra rubiginosa | siva prezimka | | 2 |
| Conistra vaccinii | borovničina prezimka | borovničeva sovka | 1 |
| Conocephalum | | | 3 |
| Conocephalum conicum | | | 82 |
| Conocephalum salebrosum | | | 26 |
| Conocybe | stožke | | 1 |
| Conocybe antipus | vretenasta stožka | | 1 |
| Consolida ajacis | vrtna ostrožica | | 1 |
| Convallaria majalis | šmarnica | | 11 |
| Convolvulus arvensis | njivski slak | | 4 |
| Conyza canadensis | kanadska hudoletnica | | 6 |
| Coprinaceae | | | 2 |
| Coprinellus disseminatus | razsejani tintovec | | 2 |
| Coprinellus flocculosus | kosmičasti tintovec | | 1 |
| Coprinellus micaceus | sljudnati tintovec | | 1 |
| Coprinopsis lagopus | plišasta tintovka | | 1 |
| Coprinopsis nivea | snežnobela tintovka | | 1 |
| Coprinus | tintnice | | 2 |
| Coprinus comatus | velika tintnica | | 5 |
| Coracias garrulus | zlatovranka | zelena vrana, smrdovranka, zelenna krokarica | 1 |
| Corallorrhiza trifida | trikrpi koralasti koren | trokrpi koralasti koren | 2 |
| Coranarta cordigera | barjanska srčanka | | 1 |
| Corbicula fluminea | | | 8 |
| Cordulegaster | studenčar | | 43 |
| Cordulegaster bidentata | povirni studenčar | mačkov studenčar, zamokov studenčar | 46 |
| Cordulegaster heros | veliki studenčar | prodni studenčar | 120 |
| Cordulia aenea | močvirski lebduh | | 34 |
| Coreus marginatus | rjava usnjatka | | 4 |
| Cornu aspersum | hrapavi vrtni polž | | 3 |
| Cornus | dren | | 1 |
| Cornus mas | rumeni dren | | 30 |
| Cornus sanguinea | rdeči dren | | 32 |
| Cornus sericea | sivi dren | | 4 |
| Coronella austriaca | smokulja | | 219 |
| Coronilla coronata | gorska šmarna detelja | | 7 |
| Coronilla emerus | grmičasta šmarna detelja | | 8 |
| Coronilla scorpioides | enoletna šmarna detelja | | 3 |
| Coronilla vaginalis | nožničnolistna šmarna detelja | | 2 |
| Cortinarius | koprenke | | 1 |
| Cortinarius caperatus | pšenična koprenka | | 1 |
| Cortinarius violaceus | vijoličasta koprenka | | 1 |
| Cortusa matthioli | matthiolijeva kortuzovka | | 1 |
| Corvus corax | krokar | vran, veliki vran, veliki orel | 5 |
| Corvus corone cornix | siva vrana | sivi vran | 6 |
| Corvus frugilegus | poljska vrana | poljski vran, črna poljska vrana, črna vrana | 8 |
| Corvus monedula | kavka | kavka vran, rajka | 5 |
| Corydalis | petelinček | | 7 |
| Corydalis cava | votli petelinček | | 28 |
| Corydalis solida | čvrsti petelinček | | 4 |
| Corylus avellana | navadna leska | | 36 |
| Corylus colurna | turška leska | | 5 |
| Corythucha ciliata | platanina čipkarka | | 1 |
| Coscinia striata | progasti lišajar | | 3 |
| Cosmia pyralina | vijolična lepotička | | 1 |
| Cosmia trapezina | trapezasta lepotička | trapezna sovka | 6 |
| Cosmorhoe ocellata | | | 3 |
| Cosmos bipinnatus | pernatolistna kozmeja | | 1 |
| Cossus cossus | vrbov lesovrt | vrbar, vrbov zavrtač | 18 |
| Costaconvexa polygrammata | | | 1 |
| Cotinus coggygria | navadni ruj | | 41 |
| Cotoneaster integerrimus | navadna panešplja | | 1 |
| Cotoneaster tomentosus | dlakava panešplja | | 4 |
| Cottus gobio | navadni kapelj | glavač, menkič, kapelj | 127 |
| Cottus metae | barjanski kapelj | | 4 |
| Crambus lathoniellus | | | 2 |
| Craniophora ligustri | kalinina lobanjarka | | 2 |
| Craspedacusta sowerbii | sladkovodna meduza | | 33 |
| Crataegus | glog | | 137 |
| Crataegus laevigata | navadni glog | beli trn | 10 |
| Crataegus monogyna | enovrati glog | | 4 |
| Crataegus monogyna | enovratni glog | | 6 |
| Craterellus cornucopioides | črna trobenta | | 1 |
| Crematogaster schmidti | | | 1 |
| Crepidotus mollis | zdrizasta postrančica | | 1 |
| Crepis biennis | dvoletni dimek | | 2 |
| Crepis capillaris | lasasti dimek | | 1 |
| Crepis foetida | smrdljivi dimek | | 4 |
| Crepis paludosa | močvirski dimek | | 3 |
| Crepis slovenica | mesnordeči dimek | | 1 |
| Crex crex | kosec | hrastač, hariš, strgar, hrastar, hareč, travniški kosec, hrečmon, krečlik, krac, krevs, krkljica | 2 |
| Cribraria vulgaris | | | 3 |
| Crocallis elinguaria | | | 1 |
| Crocidura suaveolens | vrtna rovka | | 4 |
| Crocothemis erythraea | opoldanski škrlatec | | 33 |
| Crocus biflorus subsp. biflorus | | | 6 |
| Crocus reticulatus | progasti žafran | | 15 |
| Crocus vernus | pomladanski žafran | | 18 |
| Crocus vernus subsp. albiflorus | beli žafran | nunka | 11 |
| Crocus vernus subsp. vernus | pomladanski žafran | | 15 |
| Cruciata glabra | gola dremota | | 5 |
| Cruciata laevipes | navadna dremota | | 6 |
| Cryphia algae | lišajska potuhnjenka | | 1 |
| Cryptocephalus | glavotaji | | 2 |
| Cryptocephalus aureolus | zlati glavotaj | | 1 |
| Cryptocephalus bipunctatus | | | 1 |
| Cryptocephalus octopunctatus | | | 1 |
| Ctenidium molluscum | | | 1 |
| Ctenocephalides canis | pasja bolha | | 1 |
| Ctenocephalides felis felis | mačja bolha | | 1 |
| Ctenopharyngodon idella | beli amur | | 15 |
| Ctenophora ornata | | | 5 |
| Cucubalus baccifer | navadni rokavec | | 2 |
| Cucujus cinnaberinus | škrlatni kukuj | | 1 |
| Cucullia | kapucarka | | 3 |
| Cucullia lucifuga | zeliščna kapucarka | | 1 |
| Cucullia lychnitis | naprašenčeva kapucarka | | 1 |
| Cucullia verbasci | lučnikova kapucarka | | 2 |
| Cuculus canorus | kukavica | navadna kukavica, siva kukavica, rjava kukavica | 1 |
| Cucumis sativus | navadna kumara | | 1 |
| Cucurbita pepo | navadna buča | | 2 |
| Culicidae | komarji | | 6 |
| Cupido | | | 1 |
| Cupido alcetas | kratkorepi kupido | modri kratkorepec | 8 |
| Cupido argiades | rumenooki kupido | rumenooki kratkorepec | 26 |
| Cupido decoloratus | bledi kupido | brezoki kratkorepec | 3 |
| Cupido minimus | mali kupido | | 35 |
| Cupido osiris | modri kupido | modri kupid | 1 |
| Cupressus sempervirens | vednozelena cipresa | | 3 |
| Curculio | | | 1 |
| Curculionidae | rilčkarji | | 14 |
| Curculio nucum | lešnikar | | 1 |
| Cuscuta | predenica | | 7 |
| Cyaniris semiargus | modri grašičar | | 18 |
| Cyanistes caeruleus | plavček | | 9 |
| Cyathus striatus | črtkani košek | | 3 |
| Cybister lateralimarginalis | škofovska kapa | | 2 |
| Cychrus attenuatus | ozkovrati krešič | rjavi cihrus | 2 |
| Cyclamen purpurascens | navadna ciklama | | 15 |
| Cyclophora | | | 1 |
| Cyclophora albiocellaria | | | 1 |
| Cyclophora annularia | | | 5 |
| Cyclophora linearia | rumeni bukov pediček | | 7 |
| Cyclophora pendularia | | | 3 |
| Cyclophora punctaria | | | 6 |
| Cydalima perspectalis | pušpanova vešča | | 17 |
| Cydia pomonella | jabolčni zavijač | | 1 |
| Cydonia oblonga | navadna kutina | | 2 |
| Cygnus atratus | črni labod | | 4 |
| Cygnus olor | labod grbec | nemi labod, domači labod, rdečokljunasti labud | 210 |
| Cylindromyia bicolor | | | 1 |
| Cymatophorina diluta | | | 3 |
| Cymbalaria muralis | zidni poponec | | 3 |
| Cynipidae | šiškarice | | 2 |
| Cynips quercusfolii | hrastova listna šiškarica | | 1 |
| Cynodon | pesjak | | 1 |
| Cynoglossum officinale | navadni pasji jezik | | 1 |
| Cynosurus cristatus | navadni pasji rep | | 5 |
| Cyperus | ostrica | | 4 |
| Cyperus esculentus | užitna ostrica | | 13 |
| Cyperus flavescens | rumenkasta ostrica | | 5 |
| Cyperus fuscus | črnordeča ostrica | | 40 |
| Cyperus glomeratus | klobčasta ostrica | | 25 |
| Cyperus longus | dolgolistna ostrica | | 3 |
| Cyperus michelianus | michelijeva ostrica | | 14 |
| Cyprinidae | krapovci | | 8 |
| Cyprinus carpio | krap | | 162 |
| Cyprinus carpio (koi krap) | | | 4 |
| Cyprinus carpio (luskinar) | | | 3 |
| Cypripedium calceolus | lepi čeveljc | | 13 |
| Cystopteris fragilis | krhka priščanica | | 2 |
| Dacrymyces chrysospermus | pahljačasta solzovka | | 1 |
| Dacrymyces stillatus | kapljasta solzovka | | 2 |
| Dactylorhiza | prstasta kukavica | | 47 |
| Dactylorhiza incarnata | mesnordeča prstasta kukavica | | 23 |
| Dactylorhiza lapponica | laponska prstasta kukavica | | 1 |
| Dactylorhiza maculata | pegasta prstasta kukavica | | 8 |
| Dactylorhiza maculata subsp. fuchsii | fuchsova prstasta kukavica | | 68 |
| Dactylorhiza maculata subsp. maculata | pegasta prstasta kukavica | | 1 |
| Dactylorhiza maculata subsp. transsilvanica | | | 10 |
| Dactylorhiza majalis | majska prstasta kukavica | | 30 |
| Dactylorhiza sambucina | bezgova prstasta kukavica | | 23 |
| Daedaleopsis confragosa | rdečeča zvitocevka | | 3 |
| Daedaleopsis tricolor | tribarvna zvitocevka | | 1 |
| Danthonia decumbens | trizoba oklasnica | | 4 |
| Daphne alpina | alpski volčin | | 2 |
| Daphne blagayana | blagajev volčin | | 6 |
| Daphne cneorum | dišeči volčin | | 19 |
| Daphne laureola | lovorolistni volčin | | 18 |
| Daphne mezereum | navadni volčin | | 12 |
| Daphne striata | progasti volčin | | 1 |
| Daphnis nerii | oleandrovec | | 16 |
| Dascillus cervinus | | | 1 |
| Dasyscyphella nivea | | | 1 |
| Datura stramonium | navadni kristavec | | 5 |
| Daucus carota | navadno korenje | | 5 |
| Deconica coprophila | govnova gologlavka | | 1 |
| Decticus verrucivorus | travniška plenilka, bradavičarka | | 5 |
| Deilephila elpenor | | srednji trtni večernik | 17 |
| Deilephila porcellus | | | 17 |
| Delichon urbicum | mestna lastovka | hišna lastovka, hišna lastovica, mala lastovka, mali hudournik, glastovca | 5 |
| Delphinium fissum | nacepljenolistni ostrožnik | | 1 |
| Deltote bankiana | beločrta deltarka | srebrnoprogasta pisanka | 8 |
| Deltote pygarga | belolisa deltarka | | 13 |
| Deltote uncula | kljukasta deltarka | | 3 |
| Dendrocopos | detli | | 1 |
| Dendrocopos major | veliki detel | pisana žolna | 10 |
| Dendrocopos medius | srednji detel | brezasta žolna | 1 |
| Dendrocopos minor | mali detel | mala žolna | 1 |
| Dendrodoris limbata | obrobljeni perjaničar | | 2 |
| Dendrolimus pini | borova kokljica | borov prelec | 8 |
| Dentex dentex | zobatec | | 1 |
| Deraeocoris ruber | rdeča krempljarka | | 1 |
| Dermoloma | žametovke | | 2 |
| Deschampsia cespitosa | rušnata masnica | | 13 |
| Deschampsia flexuosa | vijugasta masnica | | 2 |
| Diachrysia chrysitis | zlata lesketavka | | 4 |
| Diachrysia stenochrysis | ozkokrila lesketavka | veliki zimski pedic | 2 |
| Diacrisia sannio | rdečeroba dvojnica | travni medvedek | 6 |
| Diaea dorsata | listni rakovičar | | 1 |
| Dianthus | klinček | | 18 |
| Dianthus armeria | srhki klinček | | 6 |
| Dianthus barbatus | brkati klinček | | 11 |
| Dianthus carthusianorum | navadni klinček | kartavžar | 6 |
| Dianthus carthusianorum | navadni nageljček | navadni klinček, kartavžar | 2 |
| Dianthus collinus | hribski klinček | | 1 |
| Dianthus deltoides | deltasti klinček | | 2 |
| Dianthus hyssopifolius | montpellierski klinček | | 1 |
| Dianthus monspessulanus | montpellierski klinček | | 1 |
| Dianthus sanguineus | krvavordeči klinček | | 7 |
| Dianthus sternbergii | sternbergov nageljček | sternbergov klinček | 6 |
| Dianthus superbus | čudoviti klinček | | 1 |
| Dianthus sylvestris | divji klinček | | 5 |
| Dianthus tergestinus | tržaški klinček | rožnordeči tržaški klinček | 1 |
| Diaperis boleti | | | 1 |
| Diaphora mendica | rjavkasta dvoličnica | | 8 |
| Diarsia mendica | jegličeva zemljarka | | 1 |
| Dictamnus albus | navadni jesenček | | 27 |
| Digitalis | naprstec | | 5 |
| Digitalis grandiflora | velecvetni naprstec | | 9 |
| Diloba caeruleocephala | dvokrpa modroglavka | | 6 |
| Dinoptera collaris | | | 1 |
| Diospyros kaki | kaki | | 1 |
| Diphasiastrum | dvorednik | | 1 |
| Diphasiastrum complanatum | sploščeni dvorednik | | 4 |
| Diphyus quadripunctorius | | | 2 |
| Diplodus annularis | špar | | 1 |
| Diplolepis rosae | šipkarica | | 1 |
| Diplopoda | dvojnonoge | kačice | 5 |
| Dipsacus | ščetica | | 1 |
| Dipsacus fullonum | divja ščetica | | 14 |
| Dipsacus pilosus | dlakava ščetica | | 5 |
| Diptera | dvokrilci | | 20 |
| Distoleon tetragrammicus | dolgorogi volkec | | 1 |
| Dittrichia graveolens | smrdljiva ditrihovka | | 2 |
| Dittrichia viscosa | lepljiva ditrihovka | | 2 |
| Diurnea fagella | bukova veščica | | 5 |
| Dixus clypeatus | | | 2 |
| Dolichopus | | | 2 |
| Dolomedes | | | 5 |
| Dolomedes fimbriatus | obvodni pajek | | 10 |
| Donacia | | | 1 |
| Dorcadion arenarium | primorski poljski kozliček | | 1 |
| Dorcus parallelipipedus | mali rogač | | 25 |
| Doronicum austriacum | avstrijski divjakovec | | 7 |
| Doronicum glaciale | ledeniški divjakovec | | 1 |
| Doronicum grandiflorum | velecvetni divjakovec | | 2 |
| Dorycnium | španska detelja | | 2 |
| Dorycnium germanicum | malocvetna španska detelja | | 1 |
| Dorycnium herbaceum | mnogocvetna španska detelja | | 1 |
| Draba aizoides | vednozelena gladnica | | 7 |
| Draba muralis | pozidna gladnica | | 3 |
| Dreissena polymorpha | potujoča trikotničarka | | 117 |
| Drepana curvatula | | | 2 |
| Drepana falcataria | svetli srpokrilec | | 6 |
| Drepanidae | srpokrilci | srparji | 1 |
| Drosera | rosika | | 4 |
| Drosera anglica | dolgolistna rosika | | 7 |
| Drosera intermedia | srednja rosika | | 7 |
| Drosera rotundifolia | okroglolistna rosika | | 32 |
| Dryas octopetala | alpska velesa | | 7 |
| Drymonia | | | 1 |
| Drymonia dodonaea | | | 5 |
| Drymonia melagona | | | 5 |
| Drymonia ruficornis | | | 3 |
| Dryocopus martius | črna žolna | krekovt, kreka, kinkovec, klokar, mavrica | 6 |
| Dryocosmus kuriphilus | kostanjeva šiškarica | | 1 |
| Dryomys nitedula | drevesni polh | | 2 |
| Dryopteris carthusiana | bodičasta glistovnica | | 2 |
| Dryopteris dilatata | širokolistna glistovnica | | 3 |
| Dryopteris filix-mas | navadna glistovnica | | 4 |
| Dryopteris villarii | villarjeva glistovnica | | 1 |
| Duchesnea indica | indijski jagodnjak | | 11 |
| Dypterygia scabriuscula | grbasta vijugavka | | 5 |
| Dysauxes ancilla | malopika raznokrilka | | 1 |
| Dysgonia algira | klateška alžirka | afriška sovka | 3 |
| Dysstroma citrata | | | 2 |
| Dytiscidae | kozaki | | 49 |
| Dytiscus | | | 71 |
| Dytiscus dimidiatus | | | 26 |
| Dytiscus marginalis | obrobljeni kozak | | 79 |
| Earias clorana | | | 2 |
| Earias vernana | | | 1 |
| Earophila badiata | | | 3 |
| Ebrechtella tricuspidata | | | 2 |
| Ecballium elaterium | navadni štrkavec | | 4 |
| Echinochloa crus-galli | navadna kostreba | | 5 |
| Echinocystis lobata | oljna bučka | | 64 |
| Echinops sphaerocephalus | oblasti bodoglavec | | 3 |
| Echium vulgare | navadni gadovec | | 18 |
| Ecliptopera capitata | | | 3 |
| Ecliptopera silaceata | | | 16 |
| Ectobius sylvestris | navadni gozdni ščurek | | 2 |
| Ectobius vittiventris | | | 2 |
| Ectropis crepuscularia | | | 8 |
| Edraianthus graminifolius | travnolistna vrčica | | 1 |
| Egaenus convexus | grahec, bunkež | | 2 |
| Egretta alba | velika bela čaplja | bela čaplja, srebrna čaplja, veliki beli rangar, veliki žabogolt, žabagolt | 13 |
| Egretta garzetta | mala bela čaplja | srebrna čsplja, podgavre čaplja, podgavra, beli rangarček | 7 |
| Eilema | lišajka | | 1 |
| Eilema caniola | sivkasta lišajka | južni lišajar | 1 |
| Eilema depressa | sploščena lišajka | | 2 |
| Eilema sororcula | rumenjakasta lišajka | | 2 |
| Elaphe longissima | gož | navadni gož | 3 |
| Elaphe quatuorlineata | progasti gož | | 4 |
| Elaphria venustula | živahna očarljivka | petoprstnikova močvirna sovkica | 6 |
| Elasmostethus minor | | | 2 |
| Electrophaes corylata | | | 1 |
| Eleocharis | sita | | 44 |
| Eleocharis acicularis | iglasta sita | | 8 |
| Eleocharis carniolica | kranjska sita | | 7 |
| Eleocharis ovata | jajčasta sita | | 1 |
| Eleocharis palustris | močvirska sita | | 3 |
| Eleocharis palustris agg. | skupina močvirske site | | 13 |
| Eleusine indica | indijska prosenka | | 2 |
| Elodea | vodna kuga | | 33 |
| Elodea canadensis | vodna kuga | | 24 |
| Elophila nymphaeata | lokvanjeva vešča | | 5 |
| Elymus caninus | navadni bored | | 1 |
| Elytrigia repens | plazeča pirnica | | 3 |
| Ematurga atomaria | | | 29 |
| Emberiza cia | skalni strnad | mali strnad, vizbec, brolica | 1 |
| Emberiza cirlus | plotni strnad | plotovni strnad | 4 |
| Emberiza citrinella | rumeni strnad | strnad | 7 |
| Emberiza schoeniclus | trstni strnad | trstni vrabec, morski vrabec | 1 |
| Emmelina monodactyla | | | 1 |
| Emydidae | sklednice | | 6 |
| Emys orbicularis | močvirska sklednica | | 3556 |
| Enallagma cyathigerum | bleščeči zmotec | | 24 |
| Endomychus coccineus | | | 4 |
| Endromis versicolora | brezov prelec | | 17 |
| Ennomos fuscantaria | | | 1 |
| Enoplognatha ovata | cvetni krogličar | | 1 |
| Ensifera | dolgotipalčnice | | 1 |
| Eobania vermiculata | | | 2 |
| Ephemera | majevke | | 1 |
| Ephemera vulgata | navadna majevka | | 1 |
| Ephemeroptera | enodnevnice | | 20 |
| Epicauta rufidorsum | | | 1 |
| Epilobium | vrbovec | | 1 |
| Epilobium hirsutum | dlakavi vrbovec | | 5 |
| Epilobium montanum | gorski vrbovec | | 2 |
| Epimedium alpinum | alpski vimček | | 10 |
| Epione repandaria | | | 1 |
| Epipactis | močvirnica | | 10 |
| Epipactis atrorubens | temnordeča močvirnica | | 64 |
| Epipactis greuteri | greuterjeva močvirnica | | 3 |
| Epipactis helleborine | širokolistna močvirnica | | 2 |
| Epipactis helleborine agg. | skupina širokolistne močvirnice | | 5 |
| Epipactis leptochila | ozkoustna močvirnica | | 3 |
| Epipactis microphylla | drobnolistna močvirnica | | 2 |
| Epipactis muelleri | müllerjeva močvirnica | | 2 |
| Epipactis palustris | navadna močvirnica | | 80 |
| Epipactis purpurata | purpurna močvirnica | | 6 |
| Epipogium aphyllum | brezlistni nadbradec | | 2 |
| Epirrhoe | | | 2 |
| Epirrhoe alternata | | | 8 |
| Epirrhoe rivata | | | 2 |
| Epirrhoe tristata | | | 2 |
| Epirrita | | | 7 |
| Epistrophella euchroma | | | 1 |
| Epitheca bimaculata | nosna jezerka | | 7 |
| Eptesicus nilssonii | severni netopir | | 4 |
| Eptesicus serotinus | pozni netopir | | 60 |
| Epuraea | | | 1 |
| Equisetum | preslica | | 4 |
| Equisetum arvense | njivska preslica | | 3 |
| Equisetum fluviatile | vodna preslica | | 12 |
| Equisetum hyemale | zimska preslica | | 41 |
| Equisetum palustre | močvirska preslica | | 6 |
| Equisetum sylvaticum | gozdna preslica | | 2 |
| Equisetum telmateia | velika preslica | | 14 |
| Erannis ankeraria | kraški zmrzlikar | zimski pedic, ankerjev zmrzlikar | 2 |
| Erannis defoliaria | veliki zmrzlikar | veliki zimski pedic | 4 |
| Eranthis hyemalis | navadna jarica | | 14 |
| Erebia | rjavčki | | 13 |
| Erebia aethiops | gozdni rjavček | | 43 |
| Erebia calcarius | lorkovičev rjavček | lorkovičev rjavček | 19 |
| Erebia epiphron | gorski rjavček | | 5 |
| Erebia euryale | svetlolisi rjavček | | 17 |
| Erebia gorge | skalni rjavček | | 4 |
| Erebia ligea | belolisi rjavček | | 21 |
| Erebia manto | rumenolisi rjavček | | 9 |
| Erebia medusa | pomladni rjavček | pomladanski rjavček | 24 |
| Erebia melas | črni rjavček | | 5 |
| Erebia oeme | svetlooki rjavček | okati rjavček | 5 |
| Erebia pandrose | laponski rjavček | | 7 |
| Erebia pharte | planinski rjavček | | 7 |
| Erebia pluto | triglavski rjavček | | 4 |
| Erebia pronoe | temni rjavček | | 17 |
| Erebia stiria | štajerski rjavček | | 10 |
| Erebia styx | trentarski rjavček | | 9 |
| Erechtites hieraciifolia | ameriški pagrint | | 1 |
| Erica carnea | spomladanska resa | | 13 |
| Erigeron annuus | enoletna suholetnica | | 20 |
| Erigeron glabratus | mnogolična suholetnica | | 1 |
| Erinaceus | ježi | | 10 |
| Erinaceus roumanicus | beloprsi jež | | 20 |
| Eriogaster catax | hromi volnoritec | | 745 |
| Eriogaster lanestris | črešnjev prelec | | 70 |
| Eriophorum | munec | | 129 |
| Eriophorum angustifolium | ozkolistni munec | | 11 |
| Eriophorum latifolium | širokolistni munec | | 12 |
| Eriophorum scheuchzeri | scheuchzerjev munec | | 2 |
| Eriophyes tiliae | | | 1 |
| Eriosoma lanuginosum | | | 1 |
| Eriphia verrucosa | trnočela rakovica | | 1 |
| Eristalis tenax | | | 6 |
| Erithacus rubecula | taščica | šmarnica, rdeča taščica, rdečegrla taščica, rumena taščica, babica | 12 |
| Eritrichium nanum | triglavska neboglasnica | | 1 |
| Ero | | | 1 |
| Erodium cicutarium | navadni čapljevec | | 4 |
| Erophila verna | spomladanska kokošnica | | 3 |
| Eryngium alpinum | alpska možina | kraljica Alp, kraljica gora | 4 |
| Eryngium amethystinum | ametistasta možina | | 10 |
| Erynnis tages | nokotin sivček | črni debeloglavček | 21 |
| Erysimum | šebenik | | 3 |
| Erysimum carniolicum | kranjski šebenik | | 3 |
| Erysimum odoratum | dišeči šebenik | | 3 |
| Erysimum sylvestre | gozdni šebenik | | 2 |
| Erythromma lindenii | prodni paškratec | | 18 |
| Erythromma najas | veliki rdečeokec | | 9 |
| Erythromma viridulum | mali rdečeokec | | 8 |
| Erythronium dens-canis | navadni pasji zob | | 23 |
| Esox lucius | ščuka | | 177 |
| Esox lucius (prečnoprogasta) | | | 31 |
| Esperiana daudebartii | koničasta črnka | | 1 |
| Esperiana esperi | esperjeva črnka | pegasta črnica | 1 |
| Eublemma purpurina | purpuna lepotka | | 1 |
| Eucarta amethystina | ametistova presežnica | | 8 |
| Euchalcia variabilis | spremenljiva bakrenka | | 5 |
| Euchoeca nebulata | | | 1 |
| Euchorthippus declivus | | | 2 |
| Euclidia glyphica | temna euklidovka | deteljna sovka | 19 |
| Euclidia mi | svetla euklidovka | lisasta sovka | 10 |
| Eudocimus ruber | | | 1 |
| Eudonia lacustrata | | | 1 |
| Eudontomyzon vladykovi | donavski potočni piškur | | 144 |
| Euonymus europaea | navadna trdoleska | | 36 |
| Euonymus latifolia | širokolistna trdoleska | | 11 |
| Euonymus verrucosa | bradavičasta trdoleska | | 4 |
| Euophrys | | | 1 |
| Eupatorium cannabinum | konjska griva | | 96 |
| Eupholidoptera | | | 2 |
| Euphorbia | mleček | | 8 |
| Euphorbia amygdaloides | mandljevolistni mleček | | 7 |
| Euphorbia angulata | robati mleček | | 4 |
| Euphorbia carniolica | kranjski mleček | | 2 |
| Euphorbia cyparissias | cipresasti mleček | | 7 |
| Euphorbia dulcis | sladki mleček | | 4 |
| Euphorbia epithymoides | mnogobarvni mleček | | 7 |
| Euphorbia esula | ostri mleček | | 22 |
| Euphorbia helioscopia | sončni mleček | | 1 |
| Euphorbia lathyris | križnolistni mleček | | 8 |
| Euphorbia lucida | bleščeči mleček | | 5 |
| Euphorbia platyphyllos | širokolistni mleček | | 7 |
| Euphorbia verrucosa | bradavičasti mleček | | 8 |
| Euphorbia villosa | dlakavi mleček | | 2 |
| Euphrasia | smetlika | | 4 |
| Euphrasia rostkoviana agg. | skupina navadne smetlike | | 1 |
| Euphrasia rostkoviana subsp. montana | navadna smetlika (poletna oblika) | | 3 |
| Euphrasia stricta | toga smetlika | | 1 |
| Euphydryas aurinia | travniški postavnež | grintavčev pisanček | 305 |
| Euphydryas intermedia | ruševni postavnež | | 14 |
| Euphydryas maturna | gozdni postavnež | | 76 |
| Eupithecia | | | 2 |
| Eupithecia abietaria | | | 1 |
| Eupithecia gueneata | | | 1 |
| Eupithecia insigniata | | | 1 |
| Eupithecia irriguata | | | 1 |
| Eupithecia linariata | | | 2 |
| Eupithecia tantillaria | | | 1 |
| Eupithecia venosata | | | 1 |
| Euplagia quadripunctaria | črtasti medvedek, četveropika tigrovka | | 90 |
| Euplexia lucipara | svetleča nagubanka | | 5 |
| Euplocamus anthracinalis | | | 5 |
| Eupolybothrus grossipes | velika pisana striga | | 1 |
| Euproctis chrysorrhoea | belokrila zlatoritka | zlatoritka | 11 |
| Euproctis similis | | | 16 |
| Eupsilia transversa | tropika spremljevalka | dvopična sovka | 9 |
| Eurhodope rosella | | | 1 |
| Euroleon nostras | pegasti volkec | | 1 |
| Eurrhypara hortulata | | | 2 |
| Eurrhypis pollinalis | | | 1 |
| Euscorpius | | | 3 |
| Eutelia adulatrix | | | 1 |
| Euthrix potatoria | travni prelec | | 19 |
| Euthycera chaerophylli | | | 1 |
| Euthystira brachyptera | | | 2 |
| Euzophera cinerosella | | | 1 |
| Evarcha | | | 1 |
| Evergestis forficalis | | | 1 |
| Evergestis pallidata | | | 1 |
| Exapate duratella | | | 5 |
| Exidia glandulosa | žlezasta zamazanka | | 1 |
| Fabaceae | metuljnice | | 5 |
| Fabriciana adippe | pisani bisernik | | 3 |
| Fagopyrum esculentum | navadna ajda | | 3 |
| Fagus sylvatica | navadna bukev | bukev | 82 |
| Falcaria lacertinaria | | | 2 |
| Falco peregrinus | sokol selec | sivi sokol, hostni sokol, hostni sokolič | 1 |
| Falco tinnunculus | postovka | navadna postovka, postova, mokosevka, postovka sokolič, postojka | 29 |
| Falco vespertinus | rdečenoga postovka | rdečenogi sokolič | 17 |
| Fallopia | dresnik, slakovec | | 21 |
| Fallopia baldschuanica | grmasti slakovec | | 9 |
| Fallopia convolvulus | navadni slakovec | | 3 |
| Fallopia dumetorum | hostni slakovec | | 3 |
| Fallopia japonica | japonski dresnik | | 76 |
| Fallopia japonica agg. | skupina japonskega dresnika | | 176 |
| Fallopia sachalinensis | sahalinski dresnik | | 2 |
| Fallopia x bohemica (F. japonica var. japonica x F. sachalinensis) | češki dresnik | | 3 |
| Favonius quercus | modri hrastar | | 15 |
| Felimare picta | kodrasti perjaničar | | 2 |
| Felimare villafranca | | | 2 |
| Felis silvestris | divja mačka | | 4 |
| Ferdinandea | | | 1 |
| Ferula galbanifera | | | 1 |
| Festuca | bilnica | | 6 |
| Festuca arundinacea | trstikasta bilnica | | 1 |
| Festuca gigantea | orjaška bilnica | | 2 |
| Ficedula | muharji | | 2 |
| Ficedula albicollis | belovrati muhar | črni muhar, figojedka, figojevka, ležetrudnik | 3 |
| Ficedula hypoleuca | črnoglavi muhar | | 1 |
| Ficus carica | navadni smokvovec | | 8 |
| Filaginella uliginosa | močevna molova roža | | 6 |
| Filipendula ulmaria | brestovolistni oslad | | 28 |
| Filipendula vulgaris | navadni oslad | | 30 |
| Fissidens | | | 1 |
| Flammulina velutipes | zimska panjevka | | 4 |
| Fomes fomentarius | bukova kresilka | | 8 |
| Fomitopsis betulina | brezova kresilača | | 3 |
| Fomitopsis pinicola | smrekova kresilača | | 3 |
| Fontinalis | | | 3 |
| Fontinalis antipyretica | | | 1 |
| Formica polyctena | mnogostarševska gozdna mravlja | mnogostarševska gozdna mravlja | 1 |
| Formicidae | mravlje | | 18 |
| Forsythia | forsitija | | 1 |
| Fragaria | jagodnjak | | 3 |
| Fragaria moschata | muškatni jagodnjak | | 5 |
| Fragaria vesca | navadni jagodnjak | | 8 |
| Fragaria viridis | zeleni jagodnjak | | 11 |
| Frangula | krhlika | | 1 |
| Frangula alnus | navadna krhlika | | 16 |
| Frangula rupestris | skalna krhlika | | 3 |
| Fraxinus | jesen | | 10 |
| Fraxinus excelsior | veliki jesen | | 39 |
| Fraxinus ornus | mali jesen | | 13 |
| Fringilla coelebs | ščinkavec | navadni ščinkavec, čivka, zeba | 9 |
| Fringilla montifringilla | pinoža | nikiavec, ikavec, ček, čekel | 8 |
| Fritillaria meleagris | močvirska logarica | močvirski tulipan | 205 |
| Fritillaria orientalis | gorska logarica | | 28 |
| Fruticicola fruticum | grmovni polž | | 4 |
| Fulica atra | liska | vodna kokoška, plaska, tukalica, črna liska | 20 |
| Fuligo | cveti | | 2 |
| Fuligo septica | čreslov cvet | | 3 |
| Fuligo septica var. flava | | | 1 |
| Fumana procumbens | polegla poljanka | | 1 |
| Fumaria | rosnica | | 1 |
| Fumaria officinalis | navadna rosnica | | 2 |
| Fungi | glive | | 101 |
| Furcula | | | 3 |
| Furcula bifida | | | 1 |
| Gagea | pasja čebulica | | 4 |
| Gagea arvensis | dlakava pasja čebulica | | 3 |
| Gagea lutea | rumena pasja čebulica | | 12 |
| Gagea spathacea | nožničava pasja čebulica | | 3 |
| Galanthus nivalis | navadni mali zvonček | | 43 |
| Galba truncatula | mali mlakar | | 1 |
| Galega officinalis | navadna jastrebina | | 7 |
| Galeobdolon | rumenka | | 2 |
| Galeobdolon argentatum | srebrna rumenka | | 3 |
| Galeobdolon montanum | gorska rumenka | | 9 |
| Galeopsis | zebrat | | 1 |
| Galeopsis pubescens | puhasti zebrat | | 4 |
| Galeopsis speciosa | pisani zebrat | | 9 |
| Galeopsis tetrahit | navadni zebrat | | 3 |
| Galerida cristata | čopasti škrjanec | blatni škrjanec, švrljuga | 4 |
| Galerina | kučmice | | 1 |
| Galeruca tanaceti | | | 1 |
| Galinsoga ciliata | vejicati rogovilček | | 2 |
| Galinsoga parviflora | drobnocvetni rogovilček | | 2 |
| Galium | lakota | | 1 |
| Galium album | bela lakota | | 2 |
| Galium aparine | plezajoča lakota | | 6 |
| Galium boreale | severna lakota | | 1 |
| Galium elongatum | podolgasta lakota | | 3 |
| Galium lucidum | bleščeča lakota | | 2 |
| Galium odoratum | dišeča lakota | | 2 |
| Galium palustre | močvirska lakota | | 1 |
| Galium palustre agg. | skupina močvirske lakote | | 1 |
| Galium uliginosum | barska lakota | | 1 |
| Galium verum | prava lakota | | 3 |
| Galium verum | prava lakota | strdenka | 2 |
| Galium wirtgenii | wirtgenova lakota | | 1 |
| Gallinula chloropus | zelenonoga tukalica | tukalica, vodna kokoška, vodna putka, zelenonogast mlakož, mokuška z rdečo liso, mokuška z rumeno liso | 18 |
| Gambusia holbrooki | vzhodnoameriška gambuzija | | 7 |
| Gammarus | postranica | | 11 |
| Gandaritis pyraliata | | | 1 |
| Garrulus glandarius | šoja | navadna šoja, šoga, pšoga, irt, jert | 5 |
| Gasterosteus | zeti | | 22 |
| Gastrophysa | | | 1 |
| Gastropoda | polži | | 67 |
| Geastrum triplex | ovratniška zvezdica | | 1 |
| Genista | košeničica | | 5 |
| Genista germanica | nemška košeničica | | 8 |
| Genista januensis | triroba košeničica | | 7 |
| Genista pilosa | dlakava košeničica | | 5 |
| Genista radiata | žarkasta košeničica | | 3 |
| Genista sylvestris | gozdna košeničica | | 1 |
| Genista tinctoria | barvilna košeničica | | 3 |
| Gentiana | svišč | | 21 |
| Gentiana acaulis | kochov svišč | | 1 |
| Gentiana asclepiadea | svilničevolistni svišč | svečnik, kokoševčevolistni svišč | 26 |
| Gentiana clusii | clusijev svišč | | 12 |
| Gentiana cruciata | navzkrižnolistni svišč | | 27 |
| Gentiana lutea | košutnik | rumeni svišč | 4 |
| Gentiana pannonica | panonski svišč | | 8 |
| Gentiana pneumonanthe | močvirski svišč | | 59 |
| Gentiana utriculosa | trebušasti svišč | | 8 |
| Gentiana verna | zaspanček | | 9 |
| Gentiana verna | spomladanski svišč | | 1 |
| Gentiana verna subsp. tergestina | tržaški svišč | | 2 |
| Gentiana verna subsp. verna | spomladanski svišč | | 1 |
| Gentianella | sviščevec | | 15 |
| Gentianella ciliata | resasti sviščevec | | 5 |
| Gentianella germanica | nemški sviščevec | | 1 |
| Geometridae | pedici | | 41 |
| Geotrupes | | | 1 |
| Geotrupes stercorarius | navadni govnač | | 2 |
| Geranium | krvomočnica | | 4 |
| Geranium argenteum | srebrna krvomočnica | | 2 |
| Geranium columbinum | golobja krvomočnica | | 6 |
| Geranium dissectum | nacepljenolistna krvomočnica | | 3 |
| Geranium lucidum | blesteča krvomočnica | | 8 |
| Geranium macrorrhizum | korenikasta krvomočnica | | 4 |
| Geranium nodosum | kolenčasta krvomočnica | | 4 |
| Geranium palustre | močvirska krvomočnica | | 5 |
| Geranium phaeum | rjavordeča krvomočnica | | 13 |
| Geranium phaeum subsp. lividum | | | 1 |
| Geranium pratense | travniška krvomočnica | | 5 |
| Geranium purpureum | škrlatnordeča krvomočnica | | 1 |
| Geranium pusillum | pritlična krvomočnica | | 4 |
| Geranium pyrenaicum | pirenejska krvomočnica | | 2 |
| Geranium robertianum | smrdljička | | 8 |
| Geranium sanguineum | krvavordeča krvomočnica | | 20 |
| Geranium sylvaticum | gozdna krvomočnica | | 4 |
| Geronticus eremita | klavžar | grivasti ibis | 3 |
| Gerris | | | 7 |
| Geum montanum | gorska sretena | | 2 |
| Geum rivale | potočna sretena | | 5 |
| Geum urbanum | navadna sretena | | 5 |
| Gladiolus | meček | | 35 |
| Gladiolus illyricus | ilirski meček | | 23 |
| Glaucopsyche alexis | grahovčev iskrivček | | 17 |
| Glechoma hederacea | bršljanasta grenkuljica | | 2 |
| Glechoma hirsuta | dlakava grenkuljica | | 1 |
| Gleditsia | gledičevka | | 1 |
| Gleditsia triacanthos | trnata gledičevka | | 6 |
| Gliridae | polhi | | 1 |
| Glischrochilus quadrisignatus | | | 1 |
| Glis glis | navadni polh | | 14 |
| Globularia | mračica | | 4 |
| Globularia cordifolia | srčastolistna mračica | | 8 |
| Globularia nudicaulis | golostebelna mračica | | 3 |
| Globularia punctata | navadna mračica | | 21 |
| Gloeophyllum odoratum | dišeča tramovka | | 7 |
| Glomeris | | | 1 |
| Gluphisia crenata | | | 11 |
| Glyceria | sladika | | 24 |
| Glyceria maxima | velika sladika | | 18 |
| Glyceria notata | nagubana sladika | | 3 |
| Glyceria striata | progasta sladika | | 1 |
| Gobio | globočki | | 4 |
| Gobio obtusirostris | navadni globoček | globoček | 143 |
| Gobius cobitis | skalni glavač | | 2 |
| Gobius cruentatus | rdečeusti glavač | | 3 |
| Gomphidae | porečniki | | 5 |
| Gomphidius glutinosus | veliki slinar | | 1 |
| Gomphocerus rufus | | | 1 |
| Gomphus vulgatissimus | popotni porečnik | | 66 |
| Gonepteryx rhamni | citronček | | 35 |
| Gonocerus acuteangulatus | | | 1 |
| Goodyera repens | plazeča mrežolistnica | | 5 |
| Grafia golaka | kranjska selivka | | 3 |
| Graphis scripta | | | 1 |
| Grapholita molesta | breskov zavijač | | 1 |
| Graphosoma italicum | | | 3 |
| Graptemys pseudogeographica | lažna zemljevidarka | | 6 |
| Gratiola officinalis | navadna božja milost | | 7 |
| Griposia aprilina | zelenkasta hrastovka | sovka | 3 |
| Grus grus | žerjav | sivi žerjav, žerjav, žrjav, gruh | 80 |
| Gryllotalpa gryllotalpa | navadni bramor | | 8 |
| Gryllus | | | 1 |
| Gryllus campestris | poljski muren | | 12 |
| Guepinia helvelloides | uhati drhtavež | | 4 |
| Gyas annulatus | alpski velikanček | | 4 |
| Gyas titanus | navadni velikanček | | 5 |
| Gymnadenia | kukovičnik | | 1 |
| Gymnadenia conopsea | navadni kukovičnik | | 124 |
| Gymnadenia conopsea subsp. densiflora | | | 3 |
| Gymnadenia odoratissima | dehteči kukovičnik | | 7 |
| Gymnocarpium dryopteris | hrastovka | | 1 |
| Gymnocarpium robertianum | apnenka | | 1 |
| Gymnocephalus | okuni | | 1 |
| Gymnocephalus baloni | grbasti okun | balonov okun | 33 |
| Gymnocephalus cernua | navadni okun | | 49 |
| Gymnopus dryophilus | vitki korenovec | | 1 |
| Gymnopus foetidus | smrdeči korenovec | | 1 |
| Gymnoscelis rufifasciata | | | 1 |
| Gymnosoma rotundatum | | | 1 |
| Gyps fulvus | beloglavi jastreb | plešec, mršnjik, beloglavi jastrob | 3 |
| Gypsophila repens | plazeča sadrenka | | 2 |
| Gyromitra infula | rogljati hrček | | 2 |
| Habrosyne pyritoides | ahatna volnohrbtka | | 7 |
| Hacquetia epipactis | navadno tevje | | 15 |
| Hacquetia epipactis | | | 6 |
| Hada plebeja | navadna zobčarka | | 1 |
| Hadena filograna | rjavkasta semenarka | | 1 |
| Haematopota pluvialis | deževni brencelj | | 1 |
| Haemopis sanguisuga | konjska pijavka | | 6 |
| Haliplidae | potapniki | vodoskoki | 2 |
| Halyomorpha halys | marmorirana smrdljivka | | 1 |
| Hamearis lucina | rjavi šekavček | rjavi marogar | 26 |
| Haplophthalmus mengii | | | 1 |
| Harmonia axyridis | harlekinska polonica | | 22 |
| Harpalus | | | 1 |
| Hedera helix | navadni bršljan | | 58 |
| Helcystogramma triannulella | | | 1 |
| Helianthemum | popon | | 1 |
| Helianthemum alpestre agg. | skupina planinskega sončeca | | 2 |
| Helianthemum nummularium | skupina navadnega sončeca | | 2 |
| Helianthemum nummularium subsp. obscurum | jajčasto sončece, jajčasti popon | | 1 |
| Helianthemum ovatum | jajčasti popon | | 4 |
| Helianthus | sončnica | | 1 |
| Helianthus annuus | navadna sončnica | | 2 |
| Helianthus tuberosus | laška repa | topinambur | 36 |
| Helianthus tuberosus agg. | skupina laške repe | | 28 |
| Helicoverpa armigera | trnasta sončarka | južna plodovrtka | 2 |
| Helictotrichon pubescens | puhasta ovsika | | 12 |
| Heliomata glarearia | | | 2 |
| Heliosperma alpestre | planinski slanozor | | 1 |
| Heliosperma pusillum s. lat. | četverozobi slizek | | 2 |
| Heliothis | selivka | | 1 |
| Helix | | | 2 |
| Helix aspersa | slamnatorumeni vrtni polž | | 2 |
| Helix pomatia | veliki vrtni polž | | 38 |
| Helleborus | teloh | | 7 |
| Helleborus atrorubens | temnoškrlatni teloh | | 9 |
| Helleborus dumetorum | hostni teloh | | 5 |
| Helleborus multifidus | deljenolistni teloh | | 1 |
| Helleborus multifidus subsp. istriacus | istrski teloh | | 4 |
| Helleborus niger | črni teloh | | 31 |
| Helleborus odorus | blagodišeči teloh | | 6 |
| Helotropha leucostigma | belolisa močvirka | | 2 |
| Helvella acetabulum | pomladanski loputar | | 1 |
| Helvella lacunosa | jamičasti loputar | | 1 |
| Hemaris fuciformis | | | 2 |
| Hemaris tityus | čmrljev velerilec | | 19 |
| Hemerocallis | maslenica | | 2 |
| Hemerocallis fulva | rumenorjava maslenica | | 7 |
| Hemerocallis lilioasphodelus | rumena maslenica | | 53 |
| Hemidactylus turcicus | turški gekon | | 6 |
| Hemiptera | polkrilci | | 3 |
| Hemistola chrysoprasaria | | | 1 |
| Hemithea aestivaria | | | 8 |
| Hepatica nobilis | navadni jetrnik | | 19 |
| Hepialidae | zavrtači | | 1 |
| Heracleum | dežen | | 1 |
| Heracleum austriacum subsp. siifolium | rdeči dežen | | 1 |
| Heracleum sphondylium | navadni dežen | | 1 |
| Hericium coralloides | koralasti bradovec | | 3 |
| Herminia grisealis | sivkasta čopka | | 2 |
| Herminia tarsicrinalis | dlakasta čopka | | 4 |
| Herminium monorchis | gomoljasti grban | | 3 |
| Herophila tristis | | | 1 |
| Hesperia comma | biserni vejičar | biserni temnikar, mala vejica | 23 |
| Hesperis candida | bela nočnica | | 1 |
| Hesperis matronalis | vrtna nočnica | | 1 |
| Heterobasidion parviporum | smrekov trohnobnež | | 1 |
| Heterocypris incongruens | | | 1 |
| Heteroptera | stenice | | 49 |
| Heteropterus morpheus | temni poplesovalec | pisani poplesovalček | 18 |
| Hieracium | škržolica | | 5 |
| Hieracium aurantiacum | oranžna škržolica | | 4 |
| Hieracium bauhinii | bauhinova škržolica | | 2 |
| Hieracium bifidum | razcepljena škržolica | | 2 |
| Hieracium glaucum | sinja škržolica | | 1 |
| Hieracium hoppeanum | hoppejeva škržolica | | 7 |
| Hieracium murorum | gozdna škržolica | | 2 |
| Hieracium pilosella | dolgodlakava škržolica | kosmatica | 9 |
| Hieracium porrifolium | porovolistna škržolica | | 2 |
| Hieracium praealtum | bauhinova škržolica | | 7 |
| Hieracium villosum | kosmata škržolica | | 2 |
| Hierochloë australis | šmarna trava | | 8 |
| Hierophis | švigavke | | 11 |
| Hierophis viridiflavus | črnica | | 65 |
| Hierophis viridiflavus carbonarius | črnica | | 9 |
| Himacerus mirmicoides | mravljasta plenilka | | 1 |
| Himantoglossum adriaticum | jadranska smrdljiva kukavica | | 55 |
| Himantopus himantopus | polojnik | rdečenogi polojnik, polojnik, štular, strelcar, črni strelcar | 6 |
| Hipparchia fagi | veliki gozdnik | | 15 |
| Hipparchia semele | rjasti gozdnik | | 17 |
| Hipparchia statilinus | primorski gozdnik | primorski konjar | 6 |
| Hippocrepis comosa | navadna podkvica | | 8 |
| Hippophae rhamnoides | navadni rakitovec | | 3 |
| Hippotion celerio | | | 1 |
| Hippuris vulgaris | navadna smrečica | | 14 |
| Hirudinea | pijavke | | 45 |
| Hirudo | | | 2 |
| Hirudo medicinalis | medicinska pijavka | | 19 |
| Hirudo medicinalis complex (medicinalis/verbana) | | | 31 |
| Hirudo verbana | | | 1 |
| Hirundo rupestris | skalna lastovka | | 10 |
| Hirundo rustica | kmečka lastovka | kmetska lastovka, kmetiška lastovka, črna lastovka | 9 |
| Hister quadrimaculatus | | | 1 |
| Hladnikia pastinacifolia | rebrinčevolistna hladnikija | | 1 |
| Hogna radiata | | | 4 |
| Holandriana holandrii | kratka črnka | črnka | 5 |
| Holcus lanatus | volnata medena trava | | 10 |
| Holoschoenus vulgaris | navadno bičevje | | 1 |
| Homogyne | planinšček | | 1 |
| Homogyne alpina | alpski planinšček | | 2 |
| Homogyne sylvestris | gozdni planinšček | | 4 |
| Hoplia | | | 2 |
| Hoplia argentea | | | 4 |
| Hoplodrina octogenaria | osmična trnarka | | 1 |
| Hoplodrina respersa | siva trnarka | | 1 |
| Hordelymus europaeus | navadna ječmenka | | 1 |
| Hordeum | ječmen | | 2 |
| Hordeum murinum | | | 1 |
| Hordeum vulgare | navadni ječmen | | 1 |
| Horisme tersata | | | 5 |
| Horisme vitalbata | | | 2 |
| Horminum pyrenaicum | pirenejska zmajevka | | 1 |
| Hosta | | | 1 |
| Hottonia | grebenika | | 1 |
| Hottonia palustris | vodna grebenika | | 123 |
| Hucho hucho | sulec | | 61 |
| Humulus lupulus | navadni hmelj | | 18 |
| Huperzia selago | brezklaso lisičje | | 1 |
| Hyalomma marginatum | dvogostiteljski klop | | 1 |
| Hydaticus | | | 1 |
| Hydaticus transversalis | | | 2 |
| Hydnellum peckii | peckova ježevka | | 3 |
| Hydnellum scrobiculatum | jamičasta ježevka | | 1 |
| Hydnum rufescens | rdečkasti ježek | | 3 |
| Hydrangea macrophylla | hortenzija | | 4 |
| Hydria cervinalis | | | 3 |
| Hydria undulata | | | 1 |
| Hydriomena furcata | | | 3 |
| Hydriomena impluviata | | | 3 |
| Hydrochara | | | 2 |
| Hydrocharis morsus-ranae | žabji šejek | | 45 |
| Hydrocharitaceae | šejkovke | | 1 |
| Hydrocotyle vulgaris | navadni vodni popnjak | | 2 |
| Hydrophilidae | potapniki | | 1 |
| Hydrophilus | | | 21 |
| Hydrophilus aterrimus | barjanski potapnik | | 9 |
| Hydrophilus piceus | črni potapnik | | 18 |
| Hydropus atramentosus | črneči vlagobetnež | | 1 |
| Hydrurus foetidus | | | 17 |
| Hygrophorus | polževke | | 1 |
| Hygrophorus marzuolus | marčna polževka | | 4 |
| Hygrophorus russula | zajetna polževka | | 4 |
| Hyla arborea | zelena rega | | 618 |
| Hylaea fasciaria | | | 4 |
| Hylemya vagans | | | 2 |
| Hyles euphorbiae | navadni mlečkar | | 16 |
| Hyles gallii | lakotin veščec | | 2 |
| Hylocomiadelphus triquetrus | | | 2 |
| Hyloniscus adonis | | | 2 |
| Hyloniscus riparius | | | 1 |
| Hyloniscus vividus | | | 5 |
| Hylotrupes bajulus | hišni kozliček | | 1 |
| Hymenochaete rubiginosa | trdolesna usnjevka | | 2 |
| Hymenoptera | kožekrilci | | 25 |
| Hyoscyamus albus | beli zobnik | | 3 |
| Hypena crassalis | debelopalpa kosmača | | 3 |
| Hypena obsitalis | vzorčasta kosmača | | 1 |
| Hypena proboscidalis | rilčasta kosmača | | 20 |
| Hypena rostralis | kljunasta kosmača | | 8 |
| Hypericum | krčnica | | 1 |
| Hypericum hirsutum | dlakava krčnica | | 5 |
| Hypericum humifusum | polegla krčnica | | 3 |
| Hypericum maculatum agg. | skupina pegaste krčnice | | 1 |
| Hypericum montanum | gorska krčnica | | 2 |
| Hypericum perforatum | šentjanževka | | 16 |
| Hypholoma fasciculare | navadna žveplenjača | | 1 |
| Hypochoeris maculata | pegasti svinjak | | 2 |
| Hypochoeris radicata | navadni svinjak | | 2 |
| Hypomecis punctinalis | | | 23 |
| Hypomecis roboraria | | | 2 |
| Hyponephele lycaon | grmovni oblakar | | 4 |
| Hypophthalmichthys | sivi tolstolobiki | | 1 |
| Hypophthalmichthys molitrix | srebrni tolstolobik | beli tolstolobik | 1 |
| Hypophthalmichthys molitrix x H. nobilis | tolstolobik | | 3 |
| Hypophthalmichthys nobilis | sivi tolstolobik | | 5 |
| Hypoxylon fragiforme | jagodasti skorjoder | | 1 |
| Hypoxylon fuscum | malinasti skorjoder | | 1 |
| Hypoxylon howeanum | drobnotrosni skorjoder | | 1 |
| Hypsugo savii | savijev netopir | | 14 |
| Hystrichopsylla talpae istrica | | | 1 |
| Iberolacerta horvathi | horvatova kuščarica | | 14 |
| Ichneumonidae | pravi najezdniki | | 2 |
| Ichneumonoidea | najezdniki | | 2 |
| Ichthyosaura alpestris | planinski pupek | | 753 |
| Ictaluridae | ameriški somiči | | 2 |
| Idaea | | | 1 |
| Idaea aversata | | | 10 |
| Idaea biselata | | | 3 |
| Idaea degeneraria | | | 3 |
| Idaea dimidiata | | | 6 |
| Idaea muricata | | | 1 |
| Idaea rusticata | | | 2 |
| Idaea subsericeata | | | 1 |
| Ilex aquifolium | navadna bodika | | 19 |
| Ilyocoris | | | 4 |
| Impatiens | nedotika | | 5 |
| Impatiens balfourii | balfourova nedotika | | 11 |
| Impatiens glandulifera | žlezava nedotika | | 457 |
| Impatiens noli-tangere | navadna nedotika | | 17 |
| Impatiens parviflora | drobnocvetna nedotika | | 18 |
| Inachis io | dnevni pavlinček | | 10 |
| Inosperma erubescens | rdečkasti razcepljenec | | 1 |
| Insecta | žuželke | | 34 |
| Inula | oman | | 3 |
| Inula conyza | navadni oman | | 4 |
| Inula crithmoides | obmorski oman | | 1 |
| Inula helenium | veliki oman | | 1 |
| Inula hirta | srhkodlakavi oman | | 6 |
| Inula salicina | vrbovolistni oman | | 3 |
| Iolana iolas | veliki mehurkar | | 4 |
| Iphiclides podalirius | jadralec | | 69 |
| Ipimorpha retusa | vrbova upognjenka | | 2 |
| Iris | perunika | | 23 |
| Iris graminea | travnolistna perunika | | 29 |
| Iris pseudacorus | vodna perunika | | 90 |
| Iris sibirica | sibirska perunika | | 91 |
| Irpex lacteus | belkasti rašpovec | | 2 |
| Ischnomera | | | 1 |
| Ischnura | kresničar | | 3 |
| Ischnura elegans | modri kresničar | | 60 |
| Ischnura pumilio | bledi kresničar | | 16 |
| Isoaeschna isoceles | deviški pastir | | 4 |
| Isodontia mexicana | mehiška grebača | | 1 |
| Isognomostoma isognomostomos | maskasti polž | | 1 |
| Isoperla | | | 1 |
| Isophya | | | 1 |
| Isopoda | enakonožci | mokrice | 2 |
| Isopyrum thalictroides | navadna polžarka | | 17 |
| Isotomus speciosus | | | 1 |
| Issoria lathonia | pisana lesketavka | | 29 |
| Isturgia arenacearia | | | 1 |
| Italochrysa italica | laška tenčicarica | | 1 |
| Ixobrychus minutus | čapljica | mala bobnarica, mala čaplja, čapljica, mali rangarček | 2 |
| Ixodes ricinus | gozdni klop | | 7 |
| Ixodes vespertilionis | netopirski klop | | 2 |
| Ixodidae | pravi klopi | | 1 |
| Jasione montana | gorski ovčin | | 5 |
| Jodia croceago | hrastova žafranka | | 2 |
| Jovibarba arenaria | peščeni netreskovec | | 1 |
| Jovibarba hirta | srhkodlakavi netreskovec | | 6 |
| Juglans nigra | črni oreh | | 12 |
| Juglans regia | navadni oreh | | 25 |
| Julidae | železne kačice | | 2 |
| Juncus | ločje | | 58 |
| Juncus articulatus | bleščečeplodno ločje | | 9 |
| Juncus bufonius | žabje ločje | | 3 |
| Juncus compressus | stisnjeno ločje | | 7 |
| Juncus conglomeratus | klobčasto ločje | | 3 |
| Juncus effusus | navadno ločje | | 10 |
| Juncus inflexus | sivozeleno ločje | | 5 |
| Juncus jacquinii | jacquinovo ločje | | 2 |
| Juncus tenuis | nežno ločje | | 1 |
| Juniperus communis | navadni brin | | 6 |
| Juniperus communis | navadni brin | | 15 |
| Juniperus oxycedrus | rdečeplodni brin | | 1 |
| Knautia | grabljišče | | 3 |
| Knautia arvensis | njivsko grabljišče | | 4 |
| Knautia drymeia | ogrsko grabljišče | | 4 |
| Knautia drymeia subsp. drymeia | | | 1 |
| Knautia illyrica | ilirsko grabljišče | | 4 |
| Koeleria pyramidata | navadna smiljica | | 3 |
| Kuehneromyces | štorovke | | 2 |
| Laburnum | nagnoj | | 1 |
| Laburnum alpinum | alpski nagnoj | | 2 |
| Lacanobia | zelenjavarka | | 1 |
| Lacanobia contigua | prečnolisa zelenjavarka | | 3 |
| Lacanobia oleracea | zeliščna zelenjavarka | zelenjadna sovka | 1 |
| Lacerta agilis | martinček | siva kuščarica | 137 |
| Lacerta agilis f. erythronotus | | | 1 |
| Lacerta viridis complex (viridis/bilineata) | | | 331 |
| Lacertidae | kuščarice | | 7 |
| Lachnaia italica | | | 1 |
| Lachnaia sexpunctata | | | 1 |
| Lactarius | mlečnice, sirovke | | 4 |
| Lactuca | ločika | | 1 |
| Lactuca perennis | trpežna ločika | | 3 |
| Lactuca serriola | pripotna ločika | | 1 |
| Laemostenus cavicola | predjamski brzec | | 1 |
| Laemostenus schreibersii | veliki jamski brzec | | 3 |
| Laetiporus sulphureus | žvepleni lepoluknjičar | | 28 |
| Lagopus muta | belka | snežni jereb, belka, planinski jereb, snežna jerebica, bela kura, bela puta, bela putica, beli jereb, snežnica, alpska jerebica | 3 |
| Lagria hirta | | | 2 |
| Lamiaceae | ustnatice | | 3 |
| Lamia textor | črni kosec | tkalski kozliček | 22 |
| Lamium album | bela mrtva kopriva | | 1 |
| Lamium maculatum | lisasta mrtva kopriva | | 8 |
| Lamium orvala | velecvetna mrtva kopriva | | 6 |
| Lamium purpureum | škrlatnordeča mrtva kopriva | | 4 |
| Lampetra zanandreai | laški piškur | laški potočni piškur | 7 |
| Lampides boeticus | repati lesketavček | | 3 |
| Lampropteryx suffumata | | | 1 |
| Lampyridae | kresnice | | 3 |
| Lampyris noctiluca | velika kresnica | navadna kresnica | 2 |
| Lanius collurio | rjavi srakoper | | 19 |
| Lanius excubitor | veliki srakoper | sivi srakoper | 6 |
| Lanius minor | črnočeli srakoper | črnočelni srakoper, črnočelec | 1 |
| Laothoe populi | topolov veščec | | 11 |
| Lapsana communis | navadni kolenček | | 2 |
| Laridae | galebi | | 12 |
| Larinioides | | | 1 |
| Larinus | | | 1 |
| Larix | macesen | | 1 |
| Larix decidua | navadni macesen | | 41 |
| Larus michahellis | rumenonogi galeb | | 4 |
| Larus ridibundus | rečni galeb | tonovščica, bela tonovščica, navadna tonovščica, rdečenoga tonovščica, beli galeb, navadni galeb | 7 |
| Laserpitium latifolium | širokolistni jelenovec | | 3 |
| Laserpitium siler | gorski jelenovec | ozkolistni jelenovec | 15 |
| Lasiocampa quercus | hrastova kokljica | | 31 |
| Lasiocampa trifolii | deteljna kokljica | | 7 |
| Lasioglossum | | | 1 |
| Lasiommata maera | veliki skalnik | | 27 |
| Lasiommata megera | okrasti skalnik | | 12 |
| Lasiommata petropolitana | planinski skalnik | | 11 |
| Lasionycta imbecilla | | | 1 |
| Lasius | | | 2 |
| Laspeyria flexula | rjavkasta ukrivljenka | | 14 |
| Lathraea squamaria | navadni lusnec | | 20 |
| Lathyrus | grahor | | 6 |
| Lathyrus latifolius | širokolistni grahor | | 7 |
| Lathyrus linifolius | gorski grahor | | 4 |
| Lathyrus niger | črni grahor | | 11 |
| Lathyrus occidentalis var. montanus | | | 1 |
| Lathyrus pratensis | travniški grahor | | 1 |
| Lathyrus sylvestris | gozdni grahor | | 4 |
| Lathyrus tuberosus | gomoljasti grahor | | 2 |
| Lathyrus vernus | spomladanski grahor | | 5 |
| Laurus nobilis | navadni lovor | | 8 |
| Leccinum pseudoscabrum | gabrov ded | | 2 |
| Ledra aurita | uhati škržatek | | 6 |
| Leersia oryzoides | navadna rižolica | | 5 |
| Legousia speculum-veneris | navadno njivno zrcalce | | 4 |
| Leiobunum limbatum | alpski dolgin | | 1 |
| Leiobunum roseum | rožnati dolgin | | 2 |
| Leiobunum rupestre | skalni dolgin | | 2 |
| Lema | | | 1 |
| Lembotropis nigricans | navadna kozja detelja | | 6 |
| Lemna | vodna leča | | 23 |
| Lemnaceae | vodolečevke | | 56 |
| Lemna gibba | grbasta vodna leča | | 18 |
| Lemna minor | mala vodna leča | | 25 |
| Lemna minuta | drobna vodna leča | | 1 |
| Lemna trisulca | trožilnata vodna leča | | 20 |
| Lentinus tigrinus | tigrasta strnjenka | | 1 |
| Leontodon | jajčar, otavčič | | 2 |
| Leontodon crispus | kodrastolistni jajčar | | 2 |
| Leontodon incanus | sivi jajčar | | 1 |
| Leontopodium alpinum | planika | | 18 |
| Lepidium virginicum | virginijska draguša | | 3 |
| Lepidoniscus minutus | | | 7 |
| Lepidoptera | metulji | | 221 |
| Lepisma saccharinum | srebrna ribica | | 2 |
| Lepomis gibbosus | sončni ostriž | | 125 |
| Leptidea morsei | veliki frfotavček | | 25 |
| Leptidea sinapis/juvernica | navadni/irski frfotavček | | 34 |
| Leptidea sinapis/reali | | | 19 |
| Leptinotarsa decemlineata | koloradski hrošč, krompirjevec | | 4 |
| Leptodirus hochenwartii | drobnovratnik | | 4 |
| Leptoglossus occidentalis | storževa listonožka | | 8 |
| Leptotes pirithous | modri marogarček | | 11 |
| Lepus europaeus | poljski zajec | | 17 |
| Lestes | zverca | | 4 |
| Lestes barbarus | grmiščna zverca | | 7 |
| Lestes dryas | obrežna zverca | | 1 |
| Lestes sponsa | obvodna zverca | | 10 |
| Lestes virens | loška zverca | | 4 |
| Lestes virens vestalis | loška zverca | barjanska zverca | 1 |
| Leucania obsoleta | trstična travnarka | | 2 |
| Leucanthemum | ivanjščica | | 26 |
| Leucanthemum ircutianum | navadna ivanjščica | | 2 |
| Leuciscus idus | jez | | 16 |
| Leuciscus leuciscus | klenič | | 33 |
| Leucoagaricus holosericeus | | | 2 |
| Leucobryum | | | 1 |
| Leucojum aestivum | poletni veliki zvonček | | 78 |
| Leucojum vernum | pomladanski veliki zvonček | kronica | 62 |
| Leucoma salicis | vrbova belkica | | 3 |
| Leucorrhinia dubia | barjanski spreletavec | | 6 |
| Leucorrhinia pectoralis | dristavični spreletavec | | 107 |
| Libanotis sibirica | navadna zdravilka | | 2 |
| Libelloides | | | 2 |
| Libelloides macaronius | navadna metuljčnica | | 42 |
| Libellula | ploščec | | 2 |
| Libellula depressa | modri ploščec | | 123 |
| Libellula fulva | črni ploščec | | 57 |
| Libellula quadrimaculata | lisasti ploščec | | 48 |
| Libellulidae | ploščci | | 4 |
| Libythea celtis | koprivovčev nosar | koprivovček | 14 |
| Lichenes | lišaji | | 8 |
| Lichia amia | lica | | 1 |
| Ligdia adustata | | | 17 |
| Ligustrum ovalifolium | jajčastolistna kalina | | 5 |
| Ligustrum vulgare | navadna kalina | | 11 |
| Lilioceris | | | 1 |
| Lilioceris merdigera | navadna lilijevka | | 4 |
| Lilium bulbiferum | brstična lilija | | 36 |
| Lilium bulbiferum | | | 2 |
| Lilium carniolicum | kranjska lilija | zlato jabolko | 21 |
| Lilium martagon | turška lilija | zlati klobuk | 48 |
| Limax | slinarju | | 1 |
| Limax cinereoniger | črni slinar | pepelnočrni slinar, gozdni slinar | 6 |
| Limax conemenosi | pikasti slinar | | 7 |
| Limax maximus | veliki slinar | | 1 |
| Limenitis camilla | mali trepetlikar | temnomodri ledeničar | 13 |
| Limenitis populi | veliki trepetlikar | veliki zimorod, veliki ledeničarek | 16 |
| Limenitis reducta | modri trepetlikar | | 19 |
| Limodorum abortivum | navadna splavka | | 12 |
| Limoniidae | limonide | limonije | 2 |
| Limosa limosa | črnorepi kljunač | lužar, črnloorepi obrežni kljunač, črnorepi lužar, črnorepi evčunc | 1 |
| Linaria | | | 2 |
| Linaria alpina | alpska madronščica | | 5 |
| Linaria cannabina | repnik | | 1 |
| Linaria vulgaris | navadna madronščica | | 9 |
| Lindernia procumbens | polegla lindernija | | 8 |
| Linum | lan | | 6 |
| Linum catharticum | predivec | | 6 |
| Linum flavum | rumeni lan | | 2 |
| Linum flavum agg. | skupina rumenega lanu | | 2 |
| Linum julicum | julijski lan | | 1 |
| Linum narbonense | francoski lan | | 6 |
| Linum tenuifolium | drobnolistni lan | | 1 |
| Linum usitatissimum | navadni lan | | 1 |
| Linum viscosum | lepljivi lan | | 7 |
| Liparis loeselii | loeselijeva grezovka | | 15 |
| Liparus | | | 7 |
| Lipophrys pavo | pavja babica | | 1 |
| Liriodendron tulipifera | navadni tulipanovec | | 3 |
| Lissotriton/Ichthyosaura | mali pupki | | 25 |
| Lissotriton vulgaris | navadni pupek | | 827 |
| Lissotriton vulgaris meridionalis | robati pupek | | 8 |
| Lissotriton vulgaris vulgaris | mali pupek | | 1 |
| Listera cordata | srčastolistni muhovnik | | 1 |
| Listera ovata | jajčastolistni muhovnik | | 43 |
| Lithobates catesbeianus | volovska žaba | | 12 |
| Lithobius | | | 2 |
| Lithognathus mormyrus | ovčica | | 1 |
| Lithophane consocia | sivkasta kamnarka | | 1 |
| Lithophane ornitopus | ptičja kamnarka | lesna sovka | 1 |
| Lithophane socia | rjavkasta kamnarka | | 1 |
| Lithosia quadra | četveropika rumenokrilka | | 11 |
| Lithospermum | železnik | | 4 |
| Lithospermum officinale | navadni železnik | | 1 |
| Lloydia serotina | lojdija | | 5 |
| Locusta migratoria | kobilica selka | | 2 |
| Lolium multiflorum | laška ljuljka | | 4 |
| Lolium perenne | trpežna ljuljka | angleška ljulka | 3 |
| Lomaspilis marginata | | | 13 |
| Lomographa bimaculata | | | 4 |
| Lomographa temerata | | | 6 |
| Lonicera | kosteničevje | | 1 |
| Lonicera alpigena | planinsko kosteničevje | | 3 |
| Lonicera caprifolium | kovačnik | | 15 |
| Lonicera nitida | bleščeče kosteničevje | | 1 |
| Lonicera xylosteum | puhastolistno kosteničevje | | 12 |
| Lophophanes cristatus | čopasta sinica | | 1 |
| Lopinga achine | scopolijev zlatook | scopolijev okar | 27 |
| Loranthus europaeus | navadno ohmelje | | 5 |
| Lota lota | menek | | 39 |
| Lotus corniculatus | navadna nokota | | 7 |
| Lucanus cervus | rogač | | 84 |
| Lucilia | blestivke | | 1 |
| Lucilia caesar | zlata muha | | 1 |
| Ludwigia palustris | močvirska ludvigija | | 6 |
| Lullula arborea | hribski škrjanec | gorski škrjanec, hribovec, gorski škrjanček, hribovskiškrjanec, hostni škrjanec,velika cipa | 1 |
| Lumbricidae | | | 5 |
| Lunaria annua | enoletna srebrenka | | 3 |
| Lunaria rediviva | trpežna srebrenka | | 6 |
| Lunularia cruciata | | | 2 |
| Lupinus polyphyllus | mnogolistni volčji bob | | 3 |
| Lutra lutra | vidra | | 177 |
| Luzula campestris | poljska bekica | | 2 |
| Luzula campestris agg. | skupina poljske bekice | | 2 |
| Luzula luzuloides | belkasta bekica | | 5 |
| Luzula pilosa | dlakava bekica | | 2 |
| Lycaena alciphron | spreminjavi cekinček | | 19 |
| Lycaena dispar | močvirski cekinček | barjanski cekinček | 87 |
| Lycaena hippothoe | škrlatni cekinček | | 33 |
| Lycaena phlaeas | mali cekinček | | 40 |
| Lycaena tityrus | temni cekinček | | 56 |
| Lycaena virgaureae | zlati cekinček | | 22 |
| Lycaenidae | modrini | | 1 |
| Lychnis flos-cuculi | kukavičja lučca | | 30 |
| Lychnis viscaria | navadna lučca | | 2 |
| Lycia alpina | | | 2 |
| Lycia graecarius | | | 8 |
| Lycia hirtaria | | | 17 |
| Lycidae | | | 1 |
| Lycogala epidendrum | razbarvana grahovka | | 1 |
| Lycogala exiguum | | | 1 |
| Lycoperdon echinatum | ježasta prašnica | | 5 |
| Lycoperdon perlatum | betičasta prašnica | | 2 |
| Lycoperdon utriforme | senožetna prašnica | | 1 |
| Lycopodium | lisičjak | | 1 |
| Lycopodium annotinum | brinolistni lisičjak | | 7 |
| Lycopodium clavatum | kijasti lisičjak | | 2 |
| Lycopus europaeus | navadni regelj | | 1 |
| Lycosidae | volkci | | 4 |
| Lygaeus equestris | križarska vitezovka | | 1 |
| Lygephila | grašičarka | | 1 |
| Lygephila craccae | pisana grašičarka | | 2 |
| Lygephila procax | primorska grašičarka | | 1 |
| Lymantria dispar | hrastova gobarka | navadni gobar | 17 |
| Lymantria monacha | smrekov gobar | smrekova gobarka | 4 |
| Lymnaea | mlakarji | | 8 |
| Lymnaea stagnalis | veliki mlakar | | 5 |
| Lymnaeidae | | | 6 |
| Lynx lynx | evrazijski ris | navadni ris | 1 |
| Lyomyces sambuci | bezgov zobnik | | 1 |
| Lyristes plebejus | veliki škržad | | 6 |
| Lysandra bellargus | sinji argus | | 9 |
| Lysandra coridon | kraški argus | | 8 |
| Lysichiton americanus | | | 3 |
| Lysimachia | pijavčnica | | 2 |
| Lysimachia nemorum | podlesna pijavčnica | | 4 |
| Lysimachia nummularia | okroglolistna pijavčnica | | 14 |
| Lysimachia punctata | pikasta pijavčnica | | 12 |
| Lysimachia vulgaris | navadna pijavčnica | | 13 |
| Lythrum salicaria | navadna krvenka | | 18 |
| Macaria alternata | | | 5 |
| Macdunnoughia confusa | srebrnolisa grbavka | | 4 |
| Macrochilo cribrumalis | močvirska brčica | | 4 |
| Macrocystidia cucumis | ogurčna velemešičkarica | | 1 |
| Macroglossum stellatarum | velerilec | | 17 |
| Macrolepiota mastoidea | grbičasti dežnik | | 4 |
| Macrolepiota procera | orjaški dežnik | | 8 |
| Macropis europaea | čebele oljarke | | 1 |
| Macrothylacia rubi | robidova kokljica | | 21 |
| Maianthemum bifolium | dvolistna senčnica | | 7 |
| Malachiidae | | | 1 |
| Malachius bipustulatus | | | 1 |
| Malacosoma | | | 3 |
| Malacosoma alpicola | alpski prsteničar | | 2 |
| Malacosoma castrensis | mlečkov prstančar | | 1 |
| Malacosoma franconica | | | 1 |
| Malacosoma neustria | prstančar | glogov prstaničar | 34 |
| Mallocybe heimii | Heimova naluskanka | | 1 |
| Malus domestica | jablana | | 8 |
| Malva | slezenovec | | 7 |
| Malva neglecta | navadni slezenovec | | 1 |
| Malva sylvestris | gozdni slezenovec | | 2 |
| Mammalia | sesalci | | 9 |
| Maniola jurtina | navadni lešnikar | lešnikar | 72 |
| Mannia triandra | | | 1 |
| Mantispa styriaca | štajerska zapončica | | 2 |
| Mantis religiosa | navadna bogomolka | | 54 |
| Marasmius bulliardii | bulliardova sehlica | | 1 |
| Marchantiaceae | | | 2 |
| Marchantia polymorpha | | | 4 |
| Marchantia polymorpha subsp. polymorpha | | | 16 |
| Marchantia polymorpha subsp. ruderalis | | | 2 |
| Marchantia quadrata | | | 1 |
| Marchantiopsida | | jetrenjaki | 2 |
| Marmota marmota | alpski svizec | | 4 |
| Marpissa | | | 1 |
| Marsilea quadrifolia | štiriperesna marzilka | | 7 |
| Martes | prave kune | | 4 |
| Martes foina | kuna belica | | 9 |
| Martes martes | kuna zlatica | | 1 |
| Matricaria perforata | nedišeča trirobka | | 1 |
| Matteuccia struthiopteris | navadna peruša | | 43 |
| Mauremys reevesii | | | 4 |
| Meconema meridionale | | | 1 |
| Meconema thalassinum | | | 2 |
| Mecoptera | kljunavci | | 1 |
| Mecostethus parapleurus | | | 1 |
| Medicago falcata | srpasta meteljka | | 2 |
| Medicago lupulina | hmeljna meteljka | | 3 |
| Medicago sativa | lucerna | | 1 |
| Mediodactylus kotschyi | | | 2 |
| Meganola albula | | | 6 |
| Megaptera novaeangliae | kit grbavec | | 6 |
| Megascolia maculata | | | 4 |
| Melampyrum | črnilec | | 3 |
| Melampyrum arvense | poljski črnilec | | 4 |
| Melampyrum cristatum | češljasti črnilec | | 1 |
| Melampyrum nemorosum | podlesni črnilec | | 14 |
| Melampyrum pratense | navadni črnilec | | 1 |
| Melampyrum pratense subsp. pratense | navadni črnilec (poletna oblika) | | 1 |
| Melanargia galathea | navadni lisar | travniški lisar, šahovnica, šah | 62 |
| Melanchra persicariae | dresnina črnica | črna vrtna sovka | 2 |
| Melanoleuca strictipes | tenkobetna gostolistka | | 1 |
| Melanotus | | | 2 |
| Melanthia procellata | | | 7 |
| Melecta obscura simulatrix | | | 2 |
| Meles meles | jazbec | | 29 |
| Melica ciliata | vejicata kraslika | | 1 |
| Melica nutans | previsna kraslika | kimasta kraslika | 4 |
| Melica nutans agg. | skupina previsne kraslike | | 1 |
| Melica picta | pisana kraslika | | 1 |
| Melica uniflora | enocvetna kraslika | | 3 |
| Melilotus albus | bela medena detelja | | 2 |
| Melilotus officinalis | navadna medena detelja | | 2 |
| Melitaea | | | 7 |
| Melitaea athalia | navadni pisanček | trpotčev lisec | 89 |
| Melitaea aurelia | jetičnikov pisanček | | 11 |
| Melitaea britomartis | temni pisanček | | 12 |
| Melitaea cinxia | pikasti pisanček | navadni lisec | 24 |
| Melitaea diamina | močvirski pisanček | | 36 |
| Melitaea didyma | rdeči pisanček | | 57 |
| Melitaea ornata | okrašeni pisanček | | 1 |
| Melitaea phoebe | veliki pisanček | | 31 |
| Melitaea trivia | lučnikov pisanček | | 5 |
| Melitta leporina | | | 1 |
| Melittis melissophyllum | navadna medenika | | 16 |
| Meloe | | | 10 |
| Meloe violaceus | vijoličasta travnica | | 5 |
| Melolontha melolontha | majski hrošč | poljski rjavi hrošč | 10 |
| Menophra abruptaria | | | 2 |
| Mentha | meta | | 21 |
| Mentha aquatica | vodna meta | | 8 |
| Mentha arvensis | njivska meta | | 1 |
| Mentha longifolia | dolgolistna meta | | 4 |
| Menyanthes trifoliata | navadni mrzličnik | | 41 |
| Mercurialis ovata | jajčastolistni golšec | | 2 |
| Mercurialis perennis | trpežni golšec | | 8 |
| Mergellus albellus | mali žagar | mala žagarica, mali potapljavec, belič, mali žagar | 2 |
| Mergus merganser | veliki žagar | velika žagarica, veliki potapljavec, veliki žagar, velika savščica, ribič | 55 |
| Merops apiaster | čebelar | legat, bčelar, čebelojedec, detelj | 16 |
| Mesoleuca albicillata | | | 13 |
| Mesosa curculionoides | | | 2 |
| Mesovelia furcata | | | 1 |
| Mespilus germanica | navadna nešplja | | 3 |
| Meta | | | 1 |
| Meta menardi | navadni čeljustar | | 9 |
| Metapterus caspicus | | | 1 |
| Metasequoia glyptostroboides | metasekvoja | | 1 |
| Metatrichia vesparia | opečnata osirjevka | | 4 |
| Metcalfa pruinosa | medeči škržatek | | 2 |
| Microcarbo pygmaeus | pritlikavi kormoran | | 8 |
| Microcondylaea bonellii | rečna enozobka | | 25 |
| Microlepidoptera | | | 20 |
| Micrommata virescens | zeleni pajek | | 2 |
| Micromys minutus | pritlikava miš | | 15 |
| Micropodisma salamandra | | | 5 |
| Micropterus salmoides | postrvji ostriž | | 10 |
| Microrrhinum minus | mala zijalka | | 3 |
| Microtus arvalis | poljska voluharica | | 5 |
| Milium effusum subsp. effusum | | | 1 |
| Miltochrista miniata | drobna rdečekrilka | | 6 |
| Miltotrogus vernus | | | 1 |
| Mimas tiliae | lipov veščec | | 20 |
| Miniopterus schreibersii | dolgokrili netopir | | 122 |
| Minois dryas | žametni modrook | | 28 |
| Minuartia capillacea | lasasta črvinka | | 1 |
| Minuartia sedoides | homulična črvinka | | 1 |
| Miramella irena | bukova kobilica | | 6 |
| Misgurnus fossilis | činklja | | 82 |
| Misumena vatia | cvetni pajek | kameleonski rakovičar | 11 |
| Mitopus morio | navadni širnik | | 3 |
| Mniotype adusta | rdečerjava šotarka | | 2 |
| Moehringia muscosa | mahovna popkoresa | | 3 |
| Moehringia tommasinii | tommasinijeva popkoresa | | 1 |
| Moehringia trinervia | trižilna popkoresa | | 2 |
| Moehringia villosa | kratkodlakava popkoresa | | 2 |
| Moenchia mantica | peteroštevna prženka | | 8 |
| Molinia arundinacea | trstikasta stožka | | 1 |
| Molinia caerulea | modra stožka | | 28 |
| Molinia caerulea subsp. arundinacea | trstikasta stožka | | 5 |
| Molinia caerulea subsp. caerulea | modra stožka | | 7 |
| Molobratia teutonus | | | 1 |
| Molops striolatus | | | 1 |
| Molorchus minor | | | 1 |
| Moma alpium | zelenkasta oponaševalka | | 6 |
| Moneses uniflora | navadna enocvetka | | 2 |
| Monochamus | | | 4 |
| Monochamus sartor | veliki smrekov kozliček | krojaček | 2 |
| Monolistra velkovrhi | velkovrhov jamski ježek | ploskoriti ježek | 6 |
| Mononychus punctumalbum | | | 1 |
| Monotropa | samovratec | | 1 |
| Monotropa hypophegea | goli samovratec | | 1 |
| Monotropa hypopitys agg. | skupina dlakavega samovratca | | 1 |
| Morchella | smrčki | | 1 |
| Morchella esculenta | užitni smrček | | 1 |
| Morimus asper funereus | bukov kozliček | | 20 |
| Morimus funereus | bukov kozliček | | 56 |
| Mormo maura | temna prikazen | črni trakar | 8 |
| Morus | murva | | 2 |
| Morus alba | bela murva | | 1 |
| Morus nigra | črna murva | | 4 |
| Motacilla alba | bela pastirica | navadna pastirica, pastirica, pliska, tresorepka, vrtorepka, pastiričica, črna pastirica, fliska | 11 |
| Motacilla cinerea | siva pastirica | gorska pastirica, rumena pastirica, pliska, siva pastiričica, sesavka | 7 |
| Motacilla flava | rumena pastirica | ovčarica, rumena pastiričica | 1 |
| Mucidula mucida | sluzasta porcelanka | | 3 |
| Mucorales | | | 3 |
| Muridae | miši, voluharice in hrčki | | 7 |
| Muscardinus avellanarius | podlesek | | 20 |
| Muscari | hrušica | | 1 |
| Muscari botryoides | jagodasta hrušica | | 5 |
| Muscari comosum | čopasta hrušica | | 16 |
| Muscari neglectum | grozdasta hrušica | | 3 |
| Muscicapa striata | sivi muhar | vliki muhar, laška penica | 2 |
| Mus musculus | hišna miš | | 2 |
| Mustela erminea | hermelin | | 1 |
| Mustela nivalis | mala podlasica | | 4 |
| Mustela putorius | dihur | | 11 |
| Mustelidae | kune | | 1 |
| Myathropa florea | | | 1 |
| Mycelis muralis | navadni zajčji lapuh | | 3 |
| Mycena | čeladice | | 4 |
| Mycena arcangeliana | olivnorumena čeladica | | 1 |
| Mycena galericulata | nagubana čeladica | | 1 |
| Mycena renati | renejeva čeladica | | 1 |
| Mycena rosea | strupena čeladica | | 3 |
| Mycenastrum corium | | | 2 |
| Mycetinis alliaceus | dolgobetna česnovka | | 1 |
| Myocastor coypus | nutrija | bobrovka | 140 |
| Myodes glareolus | gozdna voluharica | | 3 |
| Myosotis | spominčica | | 15 |
| Myosotis alpestris | planinska spominčica | | 2 |
| Myosotis arvensis | njivska spominčica | | 4 |
| Myosotis palustris | močvirska spominčica | | 2 |
| Myosotis ramosissima | razrasla spominčica | | 2 |
| Myosotis scorpioides | močvirska spominčica | | 3 |
| Myosotis scorpioides agg. | skupina močvirske spominčice | | 2 |
| Myosotis sparsiflora | redkocvetna spominčica | | 6 |
| Myosoton aquaticum | navadna mokrica | | 4 |
| Myotis alcathoe | nimfni netopir | | 7 |
| Myotis bechsteinii | velikouhi netopir | veliki navadni netopir | 33 |
| Myotis blythii | ostrouhi netopir | | 2 |
| Myotis blythii oxygnathus | ostrouhi netopir | | 18 |
| Myotis brandtii | brandtov netopir | | 9 |
| Myotis capaccinii | dolgonogi netopir | | 14 |
| Myotis crypticus | resorepi netopir | | 2 |
| Myotis daubentonii | obvodni netopir | | 61 |
| Myotis daubentonii/capaccinii | obvodni/dolgonogi netopir | | 4 |
| Myotis davidii | brkonosi netopir | | 5 |
| Myotis emarginatus | vejicati netopir | | 151 |
| Myotis (mali) | skupina manjših vrst roda navadnih netopirjev | | 7 |
| Myotis myotis | navadni netopir | | 259 |
| Myotis myotis/blythii | navadni/ostrouhi netopir | | 158 |
| Myotis mystacinus | brkati netopir | | 13 |
| Myotis mystacinus/brandtii | brkati/brandtov netopir | | 1 |
| Myotis mystacinus complex | skupina brkatih netopirjev | | 25 |
| Myotis nattereri | resasti netopir | | 22 |
| Myotis nattereri complex (nattereri/crypticus) | skupina resastih netopirjev | | 3 |
| Myotis oxygnathus | ostrouhi netopir | | 5 |
| Myriapoda | stonoge | | 2 |
| Myricaria germanica | nemški strojevec | | 17 |
| Myriophyllum | rmanec | | 32 |
| Myriophyllum spicatum | klasasti rmanec | | 27 |
| Myriophyllum verticillatum | vretenčasti rmanec | | 19 |
| Myrmeleontidae | volkci | | 1 |
| Myrmica scabrinodis | | | 3 |
| Mythimna | travnarica | | 2 |
| Mythimna albipuncta | belopika travnarica | | 2 |
| Mythimna ferrago | rjasta travnarica | | 1 |
| Mythimna turca | rdečkasta travnarica | | 12 |
| Myxomycetes | sluzavke | | 1 |
| Naenia typica | rjava vzorčarka | | 1 |
| Nagusta goedelii | | | 2 |
| Najas marina | velika podvodnica | | 3 |
| Najas minor | mala podvodnica | | 5 |
| Narcissus poeticus | beli narcis | | 29 |
| Narcissus poeticus subsp. radiiflorus | gorski narcis | bedenica, ključavnica | 10 |
| Nardus stricta | volk | | 29 |
| Nascia cilialis | | | 1 |
| Nasturtium officinale | navadna vodna kreša | | 10 |
| Natrix | vodarice | | 17 |
| Natrix natrix | belouška | | 417 |
| Natrix natrix persa | | | 1 |
| Natrix tessellata | kobranka | | 296 |
| Nebria dahlii | | | 2 |
| Necrodes littoralis | obrežni grobar | | 2 |
| Nelumbo nucifera | indijski lotos | | 4 |
| Nemapogon granella | žitni molj | žitni molj, močni molj | 5 |
| Nematomorpha | žive niti | | 17 |
| Nemophora degeerella | degerjev dolgotipalkar | | 2 |
| Neoitamus cyanurus | | | 1 |
| Neolentinus schaefferi | latvičasta nazobčanka | | 1 |
| Neomys | rdečezobe povodne rovke | | 4 |
| Neotinea tridentata | trizoba kukavica | | 36 |
| Neotinea ustulata | pikastocvetna kukavica | | 58 |
| Neottia nidus-avis | rjava gnezdovnica | | 21 |
| Nepa cinerea | vodni ščipalec | | 13 |
| Nephrotoma crocata | | | 1 |
| Neptis rivularis | veliki kresničar | | 9 |
| Neptis sappho | mali kresničar | | 12 |
| Netta rufina | tatarska žvižgavka | čopasta rdečeglavka, čopasta žvižgavka | 2 |
| Neurotoma saltuum | hruševa grizlica | | 8 |
| Nicrophorus | | | 1 |
| Nicrophorus vespillo | krznenovrati grobar | navadni grobar, rdeči grobar | 4 |
| Nicrophorus vespilloides | mali grobar | | 1 |
| Nigella damascena | vzhodna črnika | | 1 |
| Nigritella | murka | | 6 |
| Nigritella lithopolitanica | kamniška murka | | 7 |
| Nigritella rhellicani | rhellikanova murka | rhellikanova murka | 9 |
| Noctua comes | širokokrila sovka | | 1 |
| Noctua fimbriata | olivna sovka | | 5 |
| Noctua pronuba | raznolika sovka | obrobljena sovka | 13 |
| Noctuidae | sovke | | 48 |
| Noctuoidea | sovke | | 1 |
| Notodonta dromedarius | dromedar | | 6 |
| Notodonta tritophus | | | 2 |
| Notodonta ziczac | cikcakasta hrbtorožka | cikcak | 7 |
| Notonecta | | | 3 |
| Notonectidae | hrbtoplovke | | 9 |
| Nuctenea umbratica | šesteropikasti križevec | | 4 |
| Numenius arquata | veliki škurh | navadni škurh, sives, škurh | 4 |
| Nuphar | blatnik | | 7 |
| Nuphar lutea | rumeni blatnik | | 166 |
| Nyctalus | mračniki | | 1 |
| Nyctalus lasiopterus | veliki mračnik | | 1 |
| Nyctalus leisleri | gozdni mračnik | | 7 |
| Nyctalus noctula | navadni mračnik | | 36 |
| Nycteribiidae | netopirske muhe | | 3 |
| Nycterosea obstipata | | | 1 |
| Nycticorax nycticorax | kvakač | ponočna čaplja, navadni kvakač, nočna čaplja, nočni vran, prava čaplja, čaplja, kavranoč, kavran, krampač | 7 |
| Nymphaea | lokvanj | | 45 |
| Nymphaea alba | beli lokvanj | | 29 |
| Nymphaeaceae | lokvanjevke | | 5 |
| Nymphaea cv. div. | | | 1 |
| Nymphalidae | pisančki | | 4 |
| Nymphalis antiopa | pogrebec | | 8 |
| Nymphalis polychloros | veliki lepotec | | 18 |
| Nymphalis vaualbum | vzhodni lepotec | | 2 |
| Nymphalis xanthomelas | pisani lepotec | | 2 |
| Nymphoides peltata | ščitolistna močvirka | | 4 |
| Oberea oculata | | | 1 |
| Ocadia sinensis | | | 1 |
| Ochlodes sylvanus | rjasti vihravček | | 70 |
| Ochropacha duplaris | | | 2 |
| Ochropleura plecta | svetla bledorobka | | 9 |
| Ocypus | | | 1 |
| Ocypus olens | smrdljivi gnojač | | 1 |
| Odonata | kačji pastirji | | 27 |
| Odonestis pruni | slivova kokljica | | 4 |
| Odontites vernus subsp. serotinus | | | 1 |
| Odontites vernus subsp. vernus | | | 1 |
| Odontopera bidentata | | | 3 |
| Odontopodisma | | | 1 |
| Odontosia carmelita | | | 1 |
| Oecanthus pellucens | čriček | | 2 |
| Oecophora bractella | | | 1 |
| Oedemera croceicollis | | | 1 |
| Oedemeridae | | | 1 |
| Oedipoda | | | 1 |
| Oedipoda caerulescens | modra peščenka | | 1 |
| Oenanthe | sovec | | 10 |
| Oenanthe aquatica | vodni sovec | | 34 |
| Oenothera | svetlin | | 4 |
| Oenothera biennis | dvoletni svetlin | | 4 |
| Oenothera biennis | dvoletni svetlin | | 3 |
| Oiceoptoma thoracicum | rdečevrati mrhar | | 5 |
| Olea sativa | navadna oljka | | 1 |
| Olethreutes arcuella | | | 2 |
| Oligochaeta | maloščetinci | | 3 |
| Omalotheca sylvatica | gozdne mačje tačke | | 2 |
| Omphalodes scorpioides | drobnocvetna torilnica | | 11 |
| Omphalodes verna | spomladanska torilnica | | 11 |
| Oncocera semirubella | | | 5 |
| Oncorhynchus mykiss | šarenka | amerikanka, kalifornijska postrv, ameriška postrv | 182 |
| Ondatra zibethicus | pižmovka | | 7 |
| Onobrychis | turška detelja | | 35 |
| Onobrychis arenaria | peščena turška detelja | | 1 |
| Onobrychis viciifolia | navadna turška detelja | | 5 |
| Onobrychis viciifolia agg. | skupina navadne turške detelje | | 1 |
| Ononis arvensis | njivski gladež | | 1 |
| Ononis spinosa | navadni gladež | | 5 |
| Onopordum | kozjica | | 1 |
| Onosma | rdeči koren | | 4 |
| Onychogomphus forcipatus | bledi peščenec | | 91 |
| Ophioglossum vulgatum | navadni kačji jezik | | 4 |
| Ophiogomphus cecilia | kačji potočnik | | 116 |
| Ophrys apifera | čebeljeliko mačje uho | | 27 |
| Ophrys bertolonii | | | 3 |
| Ophrys fusca | rjavo mačje uho | | 1 |
| Ophrys holosericea | čmrljeliko mačje uho | | 80 |
| Ophrys insectifera | muholiko mačje uho | | 29 |
| Ophrys sphegodes | osjeliko mačje uho | | 75 |
| Ophrys sphegodes | osjeliko mačje uho | | 3 |
| Ophrys sulcata | žlebasto mačje uho | | 1 |
| Opilio canestrinii | canestrinijev matija | | 1 |
| Opiliones | suhe južine | | 1 |
| Opisthograptis luteolata | | | 4 |
| Orchidaceae | kukavičevke | | 159 |
| Orchis coriophora | steničja kukavica | | 3 |
| Orchis laxiflora agg. | skupina rahlocvetne kukavice | | 1 |
| Orchis mascula | stasita kukavica | | 13 |
| Orchis mascula f. speciosa | | | 1 |
| Orchis mascula subsp. speciosa | zvezdnata kukavica | | 12 |
| Orchis militaris | čeladasta kukavica | | 73 |
| Orchis morio | navadna kukavica | | 46 |
| Orchis pallens | bleda kukavica | | 8 |
| Orchis palustris | močvirska kukavica | | 9 |
| Orchis papilionacea | metuljasta kukavica | | 6 |
| Orchis purpurea | škrlatnordeča kukavica | | 26 |
| Orchis signifera | zvezdnata kukavica | | 11 |
| Orchis simia | opičja kukavica | | 2 |
| Orchis speciosa | | | 1 |
| Orchis tridentata | trizoba kukavica | | 70 |
| Orchis ustulata | pikastocvetna kukavica | | 28 |
| Orchis x dietrichiana Bogenh. (Orchis tridentata x Orchis ustulata) | | | 2 |
| Orconectes limosus | trnavec | | 59 |
| Oreina | gornice | | 1 |
| Oreina bidentata | | | 1 |
| Oreina speciosissima | | | 2 |
| Oreochromis niloticus | nilska tilapija | afriški nilski ostriž | 8 |
| Orgyia antiqua | starikava čudakinja | | 22 |
| Origanum | dobra misel | | 17 |
| Origanum vulgare | navadna dobra misel | | 8 |
| Oriolus oriolus | kobilar | vuga, rumeni kobilar | 6 |
| Orlaya grandiflora | velecvetna vehrica | | 2 |
| Ornithogalum | ptičje mleko | | 14 |
| Ornithogalum kochii | kochovo ptičje mleko | | 4 |
| Ornithogalum pyrenaicum | pirenejsko ptičje mleko | | 2 |
| Ornithogalum pyrenaicum agg. | | | 1 |
| Ornithogalum sphaerocarpum | obloplodno ptičje mleko | | 7 |
| Ornithogalum sphaerocarpum agg. | skupina obloplodnega ptičjega mleka | | 5 |
| Ornithogalum umbellatum | kobulasto ptičje mleko | | 2 |
| Ornithogalum umbellatum agg. | skupina kobulastega ptičjega mleka | | 7 |
| Orobanche | pojalnik | | 39 |
| Orobanche caryophyllacea | navadni pojalnik | | 2 |
| Orobanche gracilis | nežni pojalnik | | 6 |
| Orobanche hederae | bršljanov pojalnik | | 1 |
| Orobanche lutea | rumeni pojalnik | | 2 |
| Orobanche minor | mali pojalnik | | 1 |
| Orthetrum | modrač | | 12 |
| Orthetrum albistylum | temni modrač | | 36 |
| Orthetrum brunneum | sinji modrač | | 46 |
| Orthetrum cancellatum | prodni modrač | | 45 |
| Orthetrum coerulescens | mali modrač | | 40 |
| Orthetrum coerulescens anceps | | | 3 |
| Orthetrum coerulescens coerulescens | mali modrač | | 1 |
| Orthilia secunda | enostranska hruškolistka | | 5 |
| Orthoptera | ravnokrilci, kobilice | | 10 |
| Orthosia cerasi | višnjina pomladnica | | 8 |
| Orthosia cruda | zgodnja pomladnica | | 1 |
| Orthosia gothica | gotska pomladnica | deteljna sovka | 6 |
| Orthosia incerta | raznolika pomladnica | | 2 |
| Orthosia miniosa | rdečkasta pomladnica | | 8 |
| Orthotrichum rogeri | | | 1 |
| Oryctes nasicornis | nosorožec | | 3 |
| Osmia bicolor | dvobarvna dišavka | | 1 |
| Osmia caerulescens | | | 2 |
| Osmia cornuta | rogata dišavka | | 1 |
| Osmia mustelina | | | 1 |
| Osmia rufa | | | 1 |
| Osmoderma barnabita | vzhodni puščavnik | | 1 |
| Osmoderma eremita | zahodni puščavnik | eremit | 2 |
| Osmylus fulvicephalus | potočni mrežekrilec | | 2 |
| Ostrinia nubilalis | prosena vešča | koruzna vešča | 6 |
| Ostrya carpinifolia | črni gaber | | 12 |
| Otidea onotica | oslovsko uho | | 4 |
| Otiorhynchus | | | 4 |
| Otiorhynchus gemmatus | volkec | | 5 |
| Otus scops | veliki skovik | čuk, mala uharica, pritlikovna uharica, skovik, škratec, uhasti čuk, virček | 3 |
| Ourapteryx sambucaria | | | 5 |
| Ovis aries | muflon | | 8 |
| Oxalis | zajčja deteljica | | 1 |
| Oxalis acetosella | navadna zajčja deteljica | | 7 |
| Oxalis fontana | toga zajčja deteljica | | 3 |
| Oxycarenus lavaterae | rjava lipovka | | 23 |
| Oxycoccus | mahovnica | | 3 |
| Oxycoccus palustris | dlakava mahovnica | | 6 |
| Oxyloma | | | 1 |
| Oxyloma elegans | vitka jantarnica | | 1 |
| Oxymirus cursor | | | 1 |
| Oxyopes | | | 1 |
| Oxythyrea funesta | lisasta minica | | 6 |
| Oxytropis neglecta | pirenejska osivnica | | 1 |
| Pachyta quadrimaculata | | | 3 |
| Pachytrachis gracilis | vitka zalezovalka | | 1 |
| Pacifastacus leniusculus | signalni rak | | 117 |
| Padogobius bonelli | potočni glavoč | | 18 |
| Paederota bonarota | modro milje | | 2 |
| Paederota lutea | rumeno milje | | 3 |
| Paeonia | potonika | | 3 |
| Paeonia officinalis | navadna potonika | | 18 |
| Palaemon serratus | | | 1 |
| Paliurus spina-christi | navadni derak | | 4 |
| Palomena prasina | | | 1 |
| Palustriella | | | 2 |
| Palustriella commutata | | | 1 |
| Panaeolus papilionaceus | pisani govnar | | 2 |
| Panaeolus subfirmus | | | 1 |
| Pandemis dumetana | | | 1 |
| Pandion haliaetus | ribji orel | povodni skobec, morski orel, ljun | 5 |
| Panellus stipticus | trpki zgručevec | | 2 |
| Panemeria tenebrata | scopolijeva dnevnica | scopolijeva podnevnica | 3 |
| Panicum capillare | lasasto proso | | 3 |
| Panicum dichotomiflorum | golo proso | | 4 |
| Panolis flammea | plameneča borovka | borova sovka | 5 |
| Panorpa | | | 6 |
| Panorpa cognata | | | 1 |
| Panorpa communis | navadna škorpijonka | | 2 |
| Panorpa germanica | nemška škorpijonka | | 1 |
| Panthea coenobita | črnobela svečenica | | 3 |
| Papaver alpinum | | | 4 |
| Papaver alpinum subsp. ernesti-mayeri | julijski mak | | 4 |
| Papaver alpinum subsp. kerneri | kernerjev mak | | 2 |
| Papaver alpinum subsp. rhaeticum | retijski mak | | 1 |
| Papaver rhoeas | poljski mak | | 25 |
| Papilio machaon | lastovičar | | 63 |
| Parablennius gattorugine | velika babica | | 1 |
| Parablennius rouxi | črnoboka babica | | 1 |
| Paragalactinia succosa | sočna skledica | | 4 |
| Parapoynx stratiotata | | | 10 |
| Pararge aegeria | gozdni pegavček | gozdni lisar | 30 |
| Parasemia plantaginis | trpotčev medvedek | | 6 |
| Parasola | črnilovke | | 1 |
| Paratalanta pandalis | | | 1 |
| Pardosa | | | 1 |
| Parectopa robiniella | robinijev listni duplinar | | 1 |
| Parectropis similaria | | | 2 |
| Pareulype berberata | | | 5 |
| Parietaria officinalis | navadna krišina | | 2 |
| Paris quadrifolia | volčja jagoda | | 24 |
| Parnassia palustris | močvirna samoperka | | 30 |
| Parnassius apollo | rdeči apolon | gorski apolon | 172 |
| Parnassius mnemosyne | črni apolon | | 81 |
| Parthenocissus | vinika | | 7 |
| Parthenocissus inserta | peterolistna vinika | | 2 |
| Parthenocissus quinquefolia | navadna vinika | | 17 |
| Parthenocissus quinquefolia agg. | skupina navadne vinike | | 73 |
| Parthenocissus tricuspidata | trokrpa vinika | | 1 |
| Parus caeruleus | plavček | | 12 |
| Parus major | velika sinica | jesenica, borštna senica | 11 |
| Parus palustris | močvirska sinica | vrbja sinica, pezdičevka, musa, močvirska sinica, svetloglava pezdičevka, močvirska pezdičivka, pezdičivka, trstna sinica | 1 |
| Passer domesticus | domači vrabec | hišni vrabec, grabec, vrabec, narba, vrabel | 1 |
| Passer italiae | italijanski vrabec | | 1 |
| Passer montanus | poljski vrabec | poljski grabec, frikec, kranjček | 8 |
| Pastinaca sativa | navadni rebrinec | | 2 |
| Paulownia | | | 5 |
| Paulownia tomentosa | pavlovnija | | 18 |
| Paysandisia archon | palmov vrtač | | 1 |
| Pechipogo strigilata | krtačasta šoparka | | 1 |
| Pedicularis | ušivec | | 1 |
| Pedicularis acaulis | brezstebelni ušivec | | 6 |
| Pedicularis palustris | močvirski ušivec | | 2 |
| Pedicularis rostratocapitata | glavičasti ušivec | | 1 |
| Pedicularis verticillata | vretenčasti ušivec | | 4 |
| Pelecus cultratus | sabljarka | | 6 |
| Pellia | | | 2 |
| Pelliaceae | | | 2 |
| Pellia neesiana | | | 2 |
| Pelobates fuscus | navadna česnovka | česnovka | 219 |
| Pelophylax | zelene žabe | | 1128 |
| Pelophylax kl. esculentus | zelena žaba | | 4 |
| Pelophylax lessonae | pisana žaba | | 23 |
| Pelophylax ridibundus | debeloglavka | | 16 |
| Pelosia muscerda | črnopika glinarka | | 12 |
| Peltaria alliacea | ploščevica | | 2 |
| Peltigera hymenina | | | 3 |
| Pentatomidae | ščitaste stenice | | 2 |
| Penthophera morio | travniška temnikarica | travni prelček | 20 |
| Pentodon punctatus | | | 1 |
| Perca fluviatilis | navadni ostriž | | 87 |
| Percidae | pravi ostriži | | 2 |
| Perconia strigillaria | | | 1 |
| Perdix perdix | jerebica | poljska jerebica, jerebica, jarebica, sivi jereb, poljski jereb | 7 |
| Peribatodes rhomboidaria | zemljemerka | | 8 |
| Peribatodes secundaria | | | 1 |
| Peridea anceps | | | 6 |
| Perigrapha i-cinctum | črna obrobljenka | | 12 |
| Perigrapha rorida | poprašena obrobljenka | bodčeceva sovka | 2 |
| Periparus ater | menišček | | 6 |
| Periplaneta americana | ameriški ščurek | | 3 |
| Perla | | | 2 |
| Perla marginata | | | 1 |
| Perla pallida | | | 1 |
| Pernis apivorus | sršenar | navadni sršenar, osar, kostanjevi sršenar | 1 |
| Petasites | repuh | | 12 |
| Petasites albus | beli repuh | | 11 |
| Petasites hybridus | navadni repuh | | 20 |
| Petrocallis pyrenaica | pirenejski kamnokras | | 3 |
| Petrophora chlorosata | | | 1 |
| Petrorhagia saxifraga | navadna haljica | | 6 |
| Peucedanum cervaria | jelenov silj | | 2 |
| Peucedanum oreoselinum | gorski silj | | 4 |
| Peucedanum palustre | močvirski silj | | 2 |
| Peucedanum verticillare | orjaški silj | | 16 |
| Peziza | skledice | | 3 |
| Pezotettix giornae | | | 1 |
| Phacelia tanacetifolia | vratičnata facelija | | 3 |
| Phaeolus schweinitzii | žoltorobi rjavopor | | 3 |
| Phaeostigma notatum | mnogožilna kamelovratnica | | 3 |
| Phaeotremella frondosa | uhljata drhtavčica | | 1 |
| Phalacrocorax carbo | kormoran | veliki kormoran, morski vran, veliki morski vran, veliki kavran, povodni vran, pomorski vran, črni pomorski vran | 159 |
| Phalangium opilio | navadni matija | | 1 |
| Phalaris arundinacea | pisana čužka | pisanka | 22 |
| Phalera bucephala | lunik | vologlavec | 15 |
| Phallus impudicus | smrdljivi mavrahovec | | 2 |
| Phaneroptera falcata | | | 2 |
| Phasianus colchicus | fazan | navadni fazan, fazan, navadni tetrev | 19 |
| Phegopteris connectilis | navadna bukovčica | | 3 |
| Phellinus igniarius | vrbov plutač | | 2 |
| Phellinus robustus | hrastov plutač | | 1 |
| Phengaris | | | 1 |
| Phengaris alcon | sviščev mravljiščar | | 62 |
| Phengaris arion | veliki mravljiščar | | 41 |
| Phengaris nausithous | temni mravljiščar | | 55 |
| Phengaris teleius | strašničin mravljiščar | | 152 |
| Pheosia tremula | | | 8 |
| Phigalia pilosaria | | | 2 |
| Philaenus spumarius | navadna slinarica | | 3 |
| Philaeus chrysops | | | 7 |
| Philedonides lunana | | | 3 |
| Philereme transversata | | | 3 |
| Philereme vetulata | | | 2 |
| Philomachus pugnax | togotnik | svadljivec, spremenljivi togotnik | 2 |
| Philoscia affinis | | | 3 |
| Philoscia muscorum | | | 3 |
| Phleum | mačji rep | | 2 |
| Phleum hirsutum | dlakavi mačji rep | | 8 |
| Phleum paniculatum | latasti mačji rep | | 1 |
| Phleum pratense | travniški mačji rep | | 2 |
| Phlogophora meticulosa | elegantna ahatovka | | 5 |
| Phoenicopterus roseus | plamenec | | 11 |
| Phoenicurus ochruros | šmarnica | ilovščica, lipek, pogorelček, črnelka, črna taščica, švirglja, brojica, lipka | 11 |
| Pholcus phalangioides | dolgonogi hišni pajek | | 3 |
| Pholidoptera | | | 2 |
| Pholidoptera aptera | brezkrili skakalec | | 2 |
| Pholidoptera griseoaptera | | | 2 |
| Phoxinus lumaireul | pisanec | | 33 |
| Phoxinus phoxinus | pisanec | | 91 |
| Phragmataecia castaneae | | | 14 |
| Phragmatiphila nexa | belolisa trstikarka | | 3 |
| Phragmatobia fuliginosa | rjava skrivalka | | 12 |
| Phragmites australis | navadni trst | | 149 |
| Phragmotrichum chailletii | storževa pregradnica | | 1 |
| Phyllitis scolopendrium | jelenov jezik | | 22 |
| Phyllocoptes eupadi | | | 1 |
| Phyllodesma tremulifolia | trepetlikina kokljica | | 5 |
| Phyllopertha horticola | vrtni listni hrošč | | 3 |
| Phylloscopus trochilus | severni kovaček | kovaček, brezja listnica, mali muharček | 2 |
| Phyllostachys | bambus | | 92 |
| Phylus melanocephalus | | | 1 |
| Phymata crassipes | cvetna grabežljivka | | 1 |
| Phymatodes testaceus | | | 1 |
| Physalis alkekengi | navadno volčje jabolko | | 14 |
| Physocarpus opulifolius | kalinolistni pokalec | | 19 |
| Phyteuma | repuš | | 8 |
| Phyteuma orbiculare | glavičasti repuš | | 7 |
| Phyteuma orbiculare | | | 1 |
| Phyteuma ovatum | jajčasti repuš | | 11 |
| Phyteuma scheuchzeri | scheuchzerjev repuš | | 1 |
| Phyteuma sieberi | sieberjev repuš | | 1 |
| Phyteuma spicatum | klasasti repuš | | 1 |
| Phyteuma spicatum subsp. coeruleum | | | 3 |
| Phyteuma spicatum subsp. spicatum | klasasti repuš | | 2 |
| Phyteuma zahlbruckneri | zahlbrucknerjev repuš | | 2 |
| Phytoecia cylindrica | | | 1 |
| Phytolacca | barvilnica | | 2 |
| Phytolacca acinosa | krhljasta barvilnica | | 2 |
| Phytolacca americana | navadna barvilnica | | 89 |
| Phytoliriomyza melampyga | | | 1 |
| Phytometra viridaria | zelenkasta merilka | | 2 |
| Pica pica | sraka | navadna sraka | 3 |
| Picea abies | navadna smreka | | 24 |
| Picidae | žolne | | 1 |
| Picoides tridactylus | triprsti detel | trikrempljasti detel | 1 |
| Picris echioides | srhkolistna skrka | | 1 |
| Picromerus bidens | rjava trnovka | | 2 |
| Picus canus | pivka | pivka, siva žolna, sivo zelena žolna | 1 |
| Picus viridis | zelena žolna | zelenjak, žolna, vuga | 8 |
| Pidonia lurida | | | 1 |
| Pieris | | | 3 |
| Pieris brassicae | kapusov belin | | 27 |
| Pieris bryoniae | planinski belin | | 17 |
| Pieris ergane | mali belin | | 8 |
| Pieris mannii | primorski belin | | 5 |
| Pieris napi | repičin belin | ogrščični belin | 47 |
| Pieris rapae | repin belin | | 21 |
| Pimpinella saxifraga | navadni bedrenec | | 3 |
| Pinguicula alpina | alpska mastnica | | 15 |
| Pinguicula vulgaris | navadna mastnica | | 18 |
| Pinna nobilis | veliki leščur | leščur, stura, lustura | 1 |
| Pinus | bor | | 2 |
| Pinus mugo | rušje | | 25 |
| Pinus nigra | črni bor | | 16 |
| Pinus pinea | pinija | | 3 |
| Pinus strobus | gladki bor | zeleni bor | 7 |
| Pinus sylvestris | rdeči bor | | 22 |
| Pipistrellus | mali netopirji | | 4 |
| Pipistrellus kuhlii | belorobi netopir | | 27 |
| Pipistrellus nathusii | nathusijev netopir | | 19 |
| Pipistrellus pipistrellus | mali netopir | | 26 |
| Pipistrellus pygmaeus | drobni netopir | | 21 |
| Piptatherum virescens | zelenkasta riževka | | 4 |
| Pirata | pirati | | 1 |
| Piratula | | | 2 |
| Pisaura mirabilis | scopolijev lepi volkec | | 17 |
| Pisauridae | | | 1 |
| Pisces | ribe | | 333 |
| Pisidium | grašec | grašci | 3 |
| Pissodes piceae | | | 1 |
| Pistia stratiotes | navadna vodna solata | | 50 |
| Pisum sativum | navadni grah | | 2 |
| Placobdella costata | | | 5 |
| Plagiochila asplenioides | | | 1 |
| Plagiomnium | | | 3 |
| Plagodis dolabraria | | | 1 |
| Plagodis pulveraria | | | 2 |
| Planktothrix rubescens | | | 5 |
| Planorbarius corneus | roženi svitek | | 2 |
| Planorbidae | | | 2 |
| Planorbis | | | 2 |
| Plantae | rastline | | 153 |
| Plantago | trpotec | | 2 |
| Plantago argentea | srebrnodlakavi trpotec | srebrni trpotec | 1 |
| Plantago holosteum | gredljasti trpotec | | 3 |
| Plantago lanceolata | ozkolistni trpotec | | 6 |
| Plantago media | srednji trpotec | | 11 |
| Platanthera | vimenjak | | 4 |
| Platanthera bifolia | dvolistni vimenjak | | 47 |
| Platanthera chlorantha | zelenkasti vimenjak | | 14 |
| Platanus | platana | | 19 |
| Platanus x hispanica | javorolistna platana | | 2 |
| Plateumaris consimilis | | | 1 |
| Platyarthrus hoffmannseggii | mravljiščni prašiček | | 1 |
| Platybunus bucephalus | navadni širokookec | | 1 |
| Platycerus | | | 1 |
| Platycnemis pennipes | sinji presličar | | 55 |
| Platynus scrobiculatus | | | 1 |
| Platyrhinus resinosus | | | 3 |
| Plebejus | | | 5 |
| Plebejus argus | širokorobi mnogook | | 15 |
| Plebejus argyrognomon | srebrni mnogook | | 7 |
| Plebejus idas | ozkorobi mnogook | | 10 |
| Plebejus orbitulus | gorski mnogook | gorska bledica, gorski modrin | 4 |
| Plecoptera | vrbnice | | 26 |
| Plecotus | uhati netopirji | | 18 |
| Plecotus auritus | rjavi uhati netopir | | 42 |
| Plecotus austriacus | sivi uhati netopir | | 24 |
| Plecotus macrobullaris | usnjebradi uhati netopir | | 54 |
| Plemyria rubiginata | | | 5 |
| Pleuroptya ruralis | | | 5 |
| Pleurotus ostreatus | bukov ostrigar | | 3 |
| Pluteus romellii | romellova ščitovka | | 3 |
| Pluvialis apricaria | zlata prosenka | prosenka, zlati deževnik, deževnik | 1 |
| Poa alpina f. vivipara | | | 1 |
| Poa bulbosa | gomoljasta latovka | | 4 |
| Poaceae | trave | | 15 |
| Poa compressa | dvorezna latovka | | 2 |
| Poa trivialis | navadna latovka | | 2 |
| Podarcis melisellensis | kraška kuščarica | obrežna kuščarica | 22 |
| Podarcis muralis | pozidna kuščarica | | 405 |
| Podarcis muralis/Iberolacerta horvathi | | | 4 |
| Podarcis muralis maculiventris | pegasta pozidna kuščarica | | 2 |
| Podarcis siculus | primorska kuščarica | | 50 |
| Podiceps cristatus | čopasti ponirek | | 26 |
| Podiceps grisegena | rjavovrati ponirek | rdečevrati ponirek, sivogrli ponirek | 1 |
| Podofomes mollis | navadni zvitopor | | 1 |
| Poecile montanus | gorska sinica | | 3 |
| Poecile palustris | močvirska sinica | | 5 |
| Poecilimon ornatus | | | 4 |
| Poecilocampa populi | topolov prelec | | 2 |
| Polia nebulosa | zatemnjena sivka | | 3 |
| Polydesmus | polidezmi | | 2 |
| Polydrusus mollis | | | 1 |
| Polydrusus sericeus | | | 1 |
| Polygala | grebenuša | | 8 |
| Polygala amara | grenka grebenuša | | 3 |
| Polygala chamaebuxus | žanjevec | | 5 |
| Polygala comosa | čopasta grebenuša | | 8 |
| Polygala nicaeensis | francoska grebenuša | | 1 |
| Polygala vulgaris | navadna grebenuša | | 1 |
| Polygonatum | salomonov pečat | | 3 |
| Polygonatum multiflorum | mnogocvetni salomonov pečat | | 13 |
| Polygonatum odoratum | dišeči salomonov pečat | | 9 |
| Polygonatum verticillatum | vretenčasti salomonov pečat | | 2 |
| Polygonia c-album | beli c | | 65 |
| Polygonia egea | beli l | | 3 |
| Polygonum | dresen | | 9 |
| Polygonum amphibium | vodna dresen | | 14 |
| Polygonum arenastrum | pohojena dresen | | 1 |
| Polygonum aviculare subsp. aviculare | ptičja dresen | | 1 |
| Polygonum bistorta | kačja dresen | | 14 |
| Polygonum hydropiper | poprasta dresen | | 1 |
| Polygonum lapathifolium | ščavjelistna dresen | | 5 |
| Polygonum minus | mala dresen | | 1 |
| Polygonum mite | mila dresen | | 4 |
| Polygonum orientale | vzhodna dresen | | 2 |
| Polygonum persicaria | breskova dresen | | 4 |
| Polygonum viviparum | živorodna dresen | | 5 |
| Polyommatus | | | 3 |
| Polyommatus amandus | ljubki modrin | | 10 |
| Polyommatus bellargus | sinji modrin | lepi argus | 47 |
| Polyommatus coridon | kraški modrin | kraški argus | 32 |
| Polyommatus daphnis | nazobčani modrin | nazobčani argus | 12 |
| Polyommatus dorylas | turkizni modrin | | 10 |
| Polyommatus escheri | primorski modrin | | 8 |
| Polyommatus icarus | navadni modrin | | 101 |
| Polyommatus semiargus | modri grašičar | | 5 |
| Polyommatus thersites | deteljin modrin | | 15 |
| Polyphaenis sericata | svilnata kalinovka | | 2 |
| Polyploca ridens | | | 4 |
| Polypodium | sladka koreninica | | 3 |
| Polypodium vulgare | navadna sladka koreninica | | 7 |
| Polypogon tentacularia | pipalkasta bradačka | | 5 |
| Polyporaceae | luknjarke | | 1 |
| Polyporus leptocephalus | raznolični luknjičar | | 1 |
| Polyporus picipes | smolasti luknjičar | | 1 |
| Polyporus squamosus | luskati luknjičar | | 3 |
| Polystichum | podlesnica | | 1 |
| Polystichum aculeatum | bodeča podlesnica | | 4 |
| Polystichum braunii | braunova podlesnica | | 5 |
| Polystichum lonchitis | kopjasta podlesnica | | 3 |
| Polytrichum | | | 2 |
| Polytrichum formosum | | | 1 |
| Polytrichum strictum | | | 1 |
| Pomatias elegans | lepa okrogloustka | | 1 |
| Pontania proxima | | | 1 |
| Pontederia cordata | | | 9 |
| Pontia daplidice | katančev selec | | 4 |
| Pontia edusa | katančev selec | resedin belin | 7 |
| Populus | topol | | 20 |
| Populus alba | beli topol | | 22 |
| Populus nigra | črni topol | | 10 |
| Populus tremula | trepetlika | | 8 |
| Populus x canadensis | kanadski topol | | 2 |
| Porifera | spužve | | 1 |
| Porzana parva | mala tukalica | mala mokožka, mali kosec, mali mlakož, jarček | 3 |
| Posidonia oceanica | morska pozejdonovka | | 2 |
| Potamogeton | dristavec | | 124 |
| Potamogeton berchtoldii | berchtoldov dristavec | | 1 |
| Potamogeton compressus | stisnjeni dristavec | | 1 |
| Potamogeton crispus | kodravi dristavec | | 38 |
| Potamogeton filiformis | nitastolistni dristavec | | 1 |
| Potamogeton fluitans | | | 1 |
| Potamogeton lucens | bleščeči dristavec | | 13 |
| Potamogeton natans | plavajoči dristavec | | 56 |
| Potamogeton pectinatus | češljasti dristavec | | 2 |
| Potamogeton perfoliatus | preraslolistni dristavec | | 8 |
| Potamogeton trichoides | lasasti dristavec | | 10 |
| Potamogeton x zizii (P. lucens x gramineus) | | | 1 |
| Potentilla | petoprstnik | | 9 |
| Potentilla alba | beli petoprstnik | | 7 |
| Potentilla anserina | gosji petoprstnik | | 2 |
| Potentilla arenaria | peščeni petoprstnik | | 1 |
| Potentilla carniolica | kranjski petoprstnik | | 2 |
| Potentilla caulescens | predalpski petoprstnik | | 2 |
| Potentilla clusiana | clusijev petoprstnik | | 1 |
| Potentilla erecta | srčna moč | | 5 |
| Potentilla heptaphylla | sedmerolistni petoprstnik | | 1 |
| Potentilla heptaphylla agg. | skupina sedmerolistnega petoprstnika | | 2 |
| Potentilla micrantha | drobnocvetni petoprstnik | | 1 |
| Potentilla micrantha agg. | skupina drobnocvetnega petoprstnika | | 1 |
| Potentilla nitida | triglavska roža | | 8 |
| Potentilla pusilla | pritlični petoprstnik | | 2 |
| Potentilla recta | pokončni petoprstnik | | 2 |
| Potentilla reptans | plazeči petoprstnik | | 4 |
| Potentilla rupestris | skalni petoprstnik | | 9 |
| Potentilla sterilis | jalovi petoprstnik | | 3 |
| Potentilla supina | polegli petoprstnik | | 1 |
| Potentilla tommasiniana | tommasinijev petoprstnik | | 1 |
| Preissia quadrata | | | 1 |
| Prenanthes purpurea | škrlatnordeča zajčica | | 6 |
| Primula | jeglič | | 6 |
| Primula auricula | avrikelj | | 18 |
| Primula carniolica | kranjski jeglič | | 3 |
| Primula elatior | visoki jeglič | | 3 |
| Primula farinosa | moknati jeglič | | 4 |
| Primula halleri | dolgocvetni jeglič | | 2 |
| Primula minima | najmanjši jeglič | | 5 |
| Primula veris | pomladanski jeglič | šmigovec | 4 |
| Primula villosa | kuštravi jeglič | | 5 |
| Primula vulgaris | trobentica | navadni jeglič | 23 |
| Primula wulfeniana | wulfenov jeglič | | 7 |
| Prionotropis hystrix | žagasta kamenka | | 1 |
| Prionus coriarius | strojar | usnjar | 16 |
| Procambarus clarkii | močvirski škarjar | | 5 |
| Procerus gigas | orjaški krešič | povžarca | 6 |
| Prokelisia marginata | japonski škržatek | | 1 |
| Proserpinus proserpina | svetlinov veščec | | 3 |
| Protaetia cuprea | | | 2 |
| Proteus anguinus | človeška ribica | beli močeril | 1 |
| Protochondrostoma genei | primorska podust | | 7 |
| Protozoa | praživali | | 1 |
| Protracheoniscus | | | 3 |
| Prunella collaris | planinska pevka | velika pevka, pevka | 2 |
| Prunella grandiflora | velecvetna črnoglavka | | 5 |
| Prunella laciniata | deljenolistna črnoglavka | | 5 |
| Prunella vulgaris | navadna črnoglavka | | 5 |
| Prunella x intermedia (P. laciniata x P. vulgaris) | srednja črnoglavka | | 1 |
| Prunus | sliva | | 5 |
| Prunus avium | češnja | | 11 |
| Prunus cerasifera | mirabolana | mirobalana | 3 |
| Prunus dulcis | mandljevec | | 1 |
| Prunus laurocerasus | lovorikovec | | 2 |
| Prunus mahaleb | rešeljika | | 11 |
| Prunus padus | čremsa | | 27 |
| Prunus persica | breskev | | 8 |
| Prunus serotina | pozna čremsa | | 1 |
| Prunus spinosa | črni trn | | 242 |
| Prunus spinosa | črni trn | | 57 |
| Prunus spinosa agg. | skupina črnega trna | | 32 |
| Pseudanodonta middendorffi | rečna brezzobka | | 11 |
| Pseudemys concinna | navadna okrasnica | | 6 |
| Pseudemys nelsoni | nelsonijeva okrasnica | | 2 |
| Pseudepidalea viridis | zelena krastača | | 14 |
| Pseudeustrotia candidula | drobna trikotnica | | 1 |
| Pseudofumaria alba | bledorumeni koreničnik | | 5 |
| Pseudoips prasinana | | | 8 |
| Pseudolysimachion barrelieri | barrelierov pajetičnik | | 3 |
| Pseudopanthera macularia | panterček | | 18 |
| Pseudophilotes vicrama | šetrajev sleparček | | 16 |
| Pseudorasbora parva | psevdorasbora | amurski čebačok | 41 |
| Pseudorchis albida | belkaste ročice | | 2 |
| Pseudosperma rimosum | zašiljena parazcepljenka | | 1 |
| Pseudostellaria europaea | evropska gomoljčica | | 8 |
| Psodos quadrifaria | | | 6 |
| Psophus stridulus | rdečekrila raglja | | 1 |
| Psorodonotus illyricus | | | 2 |
| Psychidae | vrečkarji | | 3 |
| Psychodidae | metuljaste mušice | | 1 |
| Psyllobora vigintiduopunctata | | | 2 |
| Pterapherapteryx sexalata | | | 1 |
| Pteridium aquilinum | orlova praprot | | 15 |
| Pteronemobius heydenii | močvirski muren | | 2 |
| Pterophoridae | peresičarji | | 6 |
| Pterophorus pentadactyla | beli peresničar | beli peresičar | 1 |
| Pterostichus burmeisteri | | | 1 |
| Pterostichus fasciatopunctatus | | | 1 |
| Pterostoma palpina | | | 12 |
| Pthirus pubis | sramna uš | kršelj | 1 |
| Ptilinus | | | 1 |
| Ptilinus pectinicornis | | | 1 |
| Ptilodon capucina | | | 13 |
| Ptilodon cucullina | | | 9 |
| Ptilophora plumigera | | | 1 |
| Ptychoverpa bohemica | češki hrčkovec | | 4 |
| Pulex irritans | človeška bolha | | 1 |
| Pulicaria dysenterica | srčastolistna bolhača | | 1 |
| Pulmonaria | pljučnik | | 7 |
| Pulmonaria australis | ozkolistni pljučnik | južni pljučnik | 2 |
| Pulmonaria dacica | dacijski pljučnik | | 4 |
| Pulmonaria mollis | mehkodlakavi pljučnik | | 3 |
| Pulmonaria mollissima | mehkodlakavi pljučnik | | 3 |
| Pulmonaria officinalis | navadni pljučnik | | 16 |
| Pulmonaria stiriaca | štajerski pljučnik | | 3 |
| Pulsatilla | kosmatinec | | 7 |
| Pulsatilla alba | beli kosmatinec | | 3 |
| Pulsatilla alpina | alpski kosmatinec | | 2 |
| Pulsatilla alpina agg. | skupina alpskega kosmatinca | | 4 |
| Pulsatilla grandis | velikonočnica | | 17 |
| Pulsatilla montana | gorski kosmatinec | | 49 |
| Pulsatilla nigricans | navadni kosmatinec | | 20 |
| Puncha ratzeburgi | ratzeburgerjeva kamelovratnica | | 1 |
| Pyralidae | vešče | prave vešče | 2 |
| Pyralis farinalis | moknata vešča | močna vešča | 3 |
| Pyrausta | | | 7 |
| Pyrausta despicata | | | 1 |
| Pyrausta nigrata | | | 1 |
| Pyrgus | slezovčki | | 3 |
| Pyrgus alveus | zelenosivi slezovček | | 5 |
| Pyrgus andromedae | planinski slezovček | | 8 |
| Pyrgus armoricanus | jagodnjakov slezovček | | 6 |
| Pyrgus carthami | veliki slezovček | | 8 |
| Pyrgus malvae | navadni slezovček | | 58 |
| Pyrgus malvae/malvoides | | | 3 |
| Pyrgus malvoides | zahodni slezovček | | 1 |
| Pyrgus warrenensis | warrenov slezovček | warrenov slezovček | 2 |
| Pyrochroa | | | 2 |
| Pyrochroa coccinea | | | 5 |
| Pyrochroa serraticornis | | | 3 |
| Pyrola | zelenka | | 3 |
| Pyrola minor | drobnocvetna zelenka | | 2 |
| Pyrola rotundifolia | okroglolistna zelenka | | 1 |
| Pyronia tithonus | gozdni vratar | temna ognjenka | 8 |
| Pyropteron triannuliformis | | | 1 |
| Pyrrhocorax graculus | planinska kavka | planinska vrana, kramparica, planinski kos, planinski škorec, planinska sojka, klavžar, sojka | 16 |
| Pyrrhocoridae | šuštarji | | 1 |
| Pyrrhocoris apterus | šuštar | rdeči škratec | 7 |
| Pyrrhosoma nymphula | rani plamenec | | 59 |
| Pyrus communis | hruška | | 1 |
| Pyrus pyraster | drobnica | | 10 |
| Quercus | hrast | | 25 |
| Quercus cerris | cer | | 20 |
| Quercus ilex | črničevje | črnika | 2 |
| Quercus petraea | graden | | 6 |
| Quercus pubescens | puhasti hrast | | 3 |
| Quercus robur | dob | | 19 |
| Quercus rubra | rdeči hrast | ameriški hrast | 2 |
| Radix | | | 1 |
| Radix ampla | | | 1 |
| Radix peregra | potujoči mlakar | | 1 |
| Rallus aquaticus | mokož | capovoznik, mlakar, mlakni capovoznik, srednji mlakož | 3 |
| Ramaria | grive | | 3 |
| Ramaria flava | rumena griva | | 5 |
| Rana | rjave žabe | | 518 |
| Rana arvalis | plavček | barska žaba | 1180 |
| Rana arvalis/temporaria | | | 249 |
| Rana dalmatina | rosnica | | 2607 |
| Rana esculenta complex | skupina zelenih žab | | 1 |
| Rana latastei | laška žaba | | 1519 |
| Rana latastei/dalmatina | | | 151 |
| Rana (Pelophylax) | zelene žabe | | 7 |
| Rana/Pelophylax | prave žabe | | 223 |
| Rana ridibunda | debeloglavka | | 1 |
| Rana temporaria | sekulja | | 2707 |
| Ranatra linearis | paličasti ščipalec | vodna igla | 13 |
| Ranidae | prave žabe | | 1 |
| Ranunculaceae | zlatičevke | | 1 |
| Ranunculus | zlatica | | 28 |
| Ranunculus acris | ripeča zlatica | | 2 |
| Ranunculus alpestris agg. | skupina alpske zlatice | | 1 |
| Ranunculus aquatilis | navadna vodna zlatica | | 1 |
| Ranunculus aquatilis agg. | skupina navadne vodne zlatice | | 14 |
| Ranunculus arvensis | njivska zlatica | | 2 |
| Ranunculus auricomus agg. | skupina zlatorumene zlatice | | 1 |
| Ranunculus bulbosus | gomoljasta zlatica | | 11 |
| Ranunculus circinatus | razkrečenolistna vodna zlatica | | 17 |
| Ranunculus ficaria | lopatičasta zlatica | | 20 |
| Ranunculus ficaria subsp. bulbilifer | rumena lopatica | | 7 |
| Ranunculus flammula | žgoča zlatica | | 3 |
| Ranunculus fluitans | plavajoča vodna zlatica | | 1 |
| Ranunculus hybridus | izrodna zlatica | | 3 |
| Ranunculus lanuginosus | kosmata zlatica | | 1 |
| Ranunculus lingua | velika zlatica | | 3 |
| Ranunculus nemorosus | gozdna zlatica | | 2 |
| Ranunculus peltatus subsp. baudotii | | | 8 |
| Ranunculus repens | plazeča zlatica | | 1 |
| Ranunculus sardous | srhkodlakava zlatica | | 1 |
| Ranunculus sceleratus | opih | | 13 |
| Ranunculus thora | opojna zlatica | | 4 |
| Ranunculus traunfellneri | traunfellnerjeva zlatica | | 2 |
| Raphidiidae | prave kamelovratnice | | 2 |
| Rattus norvegicus | siva podgana | | 13 |
| Recurvirostra avosetta | sabljarka | zavihka, bela zavihka, zavihakljun | 1 |
| Reptilia | plazilci | | 1 |
| Reseda lutea | rumeni katanec | | 6 |
| Reynoutria japonica | japonski dresnik | | 14 |
| Rhagium mordax | zalubni kozliček | | 4 |
| Rhagium sycophanta | | | 3 |
| Rhagonycha fulva | | | 5 |
| Rhamnus catharticus | čistilna kozja češnja | | 9 |
| Rhamnus fallax | kranjska kozja češnja | | 5 |
| Rhamnus pumila | nizka kozja češnja | | 1 |
| Rhamnus saxatilis | razkrečena kozja češnja | | 6 |
| Rhaphigaster nebulosa | | | 1 |
| Rhaphium | | | 2 |
| Rheumaptera hastata | | | 2 |
| Rhinanthus | škrobotec | | 6 |
| Rhinanthus freynii | freynov škrobotec | | 1 |
| Rhinanthus glacialis | resasti škrobotec | | 2 |
| Rhinanthus minor | mali škrobotec | | 5 |
| Rhinolophidae | podkovnjaki | | 7 |
| Rhinolophus | podkovnjaki | | 17 |
| Rhinolophus euryale | južni podkovnjak | | 27 |
| Rhinolophus ferrumequinum | veliki podkovnjak | | 211 |
| Rhinolophus hipposideros | mali podkovnjak | | 518 |
| Rhodeus amarus | pezdirk | | 79 |
| Rhodiola rosea | navadni rožni koren | | 1 |
| Rhododendron | sleč | | 4 |
| Rhododendron hirsutum | dlakavi sleč | | 21 |
| Rhododendron luteum | rumeni sleč | | 5 |
| Rhodometra sacraria | | | 3 |
| Rhodostrophia calabra | | | 2 |
| Rhodostrophia vibicaria | | | 1 |
| Rhodothamnus chamaecistus | navadni slečnik | | 9 |
| Rhopalocera | dnevni metulji | | 1 |
| Rhus typhina | octovec | | 18 |
| Rhynchospora alba | bela kljunka | | 2 |
| Rhynocoris iracundus | rdeči nosan | | 1 |
| Rhyparia purpurata | rdeči kosmatinec | | 11 |
| Rhysodes sulcatus | brazdar | | 1 |
| Rhytisma acerinum | javorova katranasta pegavost | | 1 |
| Ribes alpinum | alpsko grozdičje | | 1 |
| Ribes uva-crispa | kosmulja | | 1 |
| Riccia | | | 1 |
| Riccia fluitans | | | 8 |
| Riparia riparia | breguljka | podgrivka, breguljica, obrežna lastovica, bregja lastovica, povodna lastovka, potoha | 6 |
| Rivula sericealis | svilnata potočarka | | 16 |
| Robinia pseudoacacia | robinija | | 66 |
| Rodentia | glodalci | | 6 |
| Roeseliana roeselii | | | 2 |
| Romanogobio benacensis | primorski globoček | italijanski globoček | 6 |
| Romanogobio kesslerii | kesslerjev globoček | peščeni globoček | 37 |
| Romanogobio uranoscopus | zvezdogled | | 19 |
| Romanogobio vladykovi | beloplavuti globoček | | 92 |
| Rorippa | potočarka | | 1 |
| Rorippa amphibia | prava potočarka | | 29 |
| Rorippa palustris | navadna potočarka | | 8 |
| Rorippa sylvestris | divja potočarka | | 4 |
| Rosa | šipek | | 23 |
| Rosa arvensis | njivni šipek | | 4 |
| Rosa canina | navadni šipek | | 2 |
| Rosa canina | navadni šipek | | 3 |
| Rosa gallica | francoski šipek | | 1 |
| Rosalia alpina | alpski kozliček | planinski kozliček | 7 |
| Rosa multiflora | mnogocvetni šipek | | 1 |
| Rosa pendulina | kimastoplodni šipek | | 3 |
| Rubus | robida | | 12 |
| Rubus caesius | sinjezelena robida | | 1 |
| Rubus fruticosus agg. | skupina prave robide | | 3 |
| Rubus hirtus | srhkostebelna robida | | 2 |
| Rubus idaeus | malinjak | | 3 |
| Rubus saxatilis | skalna robida | | 3 |
| Rudbeckia | rudbekija | | 14 |
| Rudbeckia hirta | srhkodlakava rudbekija | | 6 |
| Rudbeckia laciniata | deljenolistna rudbekija | | 77 |
| Rudbeckia triloba | trikrpa rudbekija | | 1 |
| Rumex | kislica | | 7 |
| Rumex acetosa | navadna kislica | | 4 |
| Rumex acetosella | mala kislica | | 2 |
| Rumex acetosella | mala kislica | | 7 |
| Rumex conglomeratus | klobčasta kislica | | 3 |
| Rumex crispus | kodrastolistna kislica | | 1 |
| Rumex hydrolapathum | konjska kislica | | 6 |
| Rumex obtusifolius | topolistna kislica | | 1 |
| Rumex palustris | močvirska kislica | | 2 |
| Rumina decollata | odlomljena govnačka | | 1 |
| Rupicapra rupicapra | gams | | 6 |
| Ruscus aculeatus | bodeča lobodika | | 13 |
| Ruscus hypoglossum | širokolistna lobodika | | 8 |
| Ruspolia nitidula | travniška listarica | | 5 |
| Russula | golobice | | 3 |
| Russula aurea | zlatolistna golobica | | 2 |
| Russula cyanoxantha | modrikasta golobica | | 6 |
| Russula rosea | | | 1 |
| Russula vesca | užitna golobica | | 3 |
| Ruta divaricata | razkrečena rutica | | 5 |
| Ruta graveolens | vinska rutica | | 2 |
| Rutilus | rdečeoke | | 1 |
| Rutilus aula | mazenica | | 11 |
| Rutilus rutilus | rdečeoka | črnovka | 81 |
| Rutilus virgo | platnica | | 72 |
| Rutpela maculata | pegasti vitki kozliček | | 17 |
| Sabanejewia balcanica | zlata nežica | | 26 |
| Sabra harpagula | | | 2 |
| Saga pedo | žagarica | | 3 |
| Sagittaria | streluša | | 2 |
| Sagittaria latifolia | širokolistna streluša | | 9 |
| Sagittaria sagittifolia | navadna streluša | | 17 |
| Salamandra atra | planinski močerad | | 131 |
| Salamandra salamandra | navadni močerad | pisani močerad | 783 |
| Salamandridae | pupki in močeradi | | 16 |
| Salaria pavo | pavja babica | | 1 |
| Salix | vrba | | 78 |
| Salix alba | bela vrba | | 32 |
| Salix alba agg. | skupina bele vrbe | | 2 |
| Salix aurita | rakita | | 4 |
| Salix caprea | iva | | 5 |
| Salix cinerea | pepelnatosiva vrba | | 9 |
| Salix eleagnos | siva vrba | | 3 |
| Salix purpurea | rdeča vrba | | 1 |
| Salix retusa | topolistna vrba | | 1 |
| Salix x fragilis | | | 1 |
| Salmo | postrvi | | 39 |
| Salmo marmoratus | soška postrv | | 58 |
| Salmonidae | lososi | | 16 |
| Salmo trutta | postrv | | 362 |
| Salmo trutta m. lacustris | jezerska postrv | | 8 |
| Salmo trutta trutta m. lacustris | jezerska postrv | jezerka | 5 |
| Salmo trutta x Salmo marmoratus | potočna x soška postrv | | 22 |
| Salmo trutta x Salvelinus fontinalis | tigrasta postrv | križanec (potočna postrv x potočna zlatovčica) | 1 |
| Salpa | | | 1 |
| Saltatoria | kobilice | | 18 |
| Salticidae | skakači | | 1 |
| Salvelinus fontinalis | potočna zlatovčica | kanadska postrv | 6 |
| Salvia | kadulja | | 1 |
| Salvia glutinosa | lepljiva kadulja | | 5 |
| Salvia officinalis | žajbelj | | 10 |
| Salvia pratensis | travniška kadulja | | 22 |
| Salvia pratensis subsp. saccardiana | | | 3 |
| Salvia verticillata | vretenčasta kadulja | | 4 |
| Salvinia natans | plavajoči plavček | | 30 |
| Sambucus ebulus | smrdljivi bezeg | habat | 23 |
| Sambucus nigra | črni bezeg | | 29 |
| Sambucus racemosa | divji bezeg | | 6 |
| Sander lucioperca | smuč | | 14 |
| Sanguisorba | strašnica | | 2 |
| Sanguisorba minor | mala strašnica, zelena svitlica | | 2 |
| Sanguisorba minor | mala strašnica | | 4 |
| Sanguisorba minor agg. | skupina male strašnice | | 7 |
| Sanguisorba muricata | nagrbančenoplodna strašnica | | 1 |
| Sanguisorba officinalis | zdravilna strašnica | | 140 |
| Sanicula europaea | navadni ženikelj | | 4 |
| Saperda scalaris | | | 1 |
| Saphanus piceus | | | 1 |
| Saponaria | milnica | | 1 |
| Saponaria officinalis | navadna milnica | | 3 |
| Sarcophaga carnaria | | | 1 |
| Sarcoscypha | čašice | | 3 |
| Sarcoscypha coccinea | škrlatna čašica | | 6 |
| Sarothamnus scoparius | navadna metla | | 9 |
| Satureja montana | | | 1 |
| Satureja subspicata | pritlikavi šetraj | | 1 |
| Satureja subspicata subsp. liburnica | liburnijski šetraj | | 2 |
| Saturnia | | | 2 |
| Saturnia caecigena | kraški pavlinček | | 6 |
| Saturnia pavoniella | mali nočni pavlinček | mali pavlinec | 79 |
| Saturnia pyri | veliki nočni pavlinček | veliki pavlinec | 14 |
| Satyrium acaciae | mali repkar | | 10 |
| Satyrium ilicis | hrastov repkar | | 20 |
| Satyrium pruni | slivov repkar | | 13 |
| Satyrium spini | trnov repkar | | 38 |
| Satyrium w-album | beločrti repkar | | 19 |
| Satyrus ferula | skalni okar | | 36 |
| Saxicola rubetra | repaljščica | rjavi prusnik, rjavoglavi prosnik, velika penica | 1 |
| Saxicola rubicola | prosnik | | 3 |
| Saxicola torquatus | prosnik | črnoglavi prosnik, črnovratni prusnik, bela penica, beli muharček | 1 |
| Saxifraga | kamnokreč | | 6 |
| Saxifraga aizoides | vednozeleni kamnokreč | | 6 |
| Saxifraga bulbifera | brstični kamnokreč | | 6 |
| Saxifraga burseriana | burserjev kamnokreč | | 11 |
| Saxifraga crustata | skorjasti kamnokreč | | 5 |
| Saxifraga cuneifolia | klinolistni kamnokreč | | 1 |
| Saxifraga exarata subsp. atropurpurea | črnoškrlatni kamnokreč | | 2 |
| Saxifraga hostii | hostov kamnokreč | | 4 |
| Saxifraga paniculata | grozdasti kamnokreč | | 5 |
| Saxifraga paradoxa | nenavadni kamnokreč | | 2 |
| Saxifraga petraea | skalni kamnokreč | | 3 |
| Saxifraga rotundifolia | okroglolistni kamnokreč | | 2 |
| Saxifraga sedoides | homulični kamnokreč | | 1 |
| Saxifraga squarrosa | nasršeni kamnokreč | | 1 |
| Saxifraga stellaris | zvezdasti kamnokreč | | 3 |
| Saxifraga tridactylites | triprsti kamnokreč | | 4 |
| Scabiosa | grintavec | | 1 |
| Scabiosa columbaria | navadni grintavec | | 2 |
| Scabiosa hladnikiana | hladnikov grintavec | | 2 |
| Scabiosa triandra | poljski grintavec | | 4 |
| Scardinius erythrophthalmus | rdečeperka | | 92 |
| Sceliphron | grebače zidarke | | 1 |
| Sceliphron caementarium | ameriška grebača zidarka | | 1 |
| Sceliphron curvatum | azijska grebača zidarka | | 1 |
| Scheuchzeria palustris | močvirska grezulja | | 3 |
| Schinia cardui | osatova ostrogarka | turška sovkica | 1 |
| Schistostege decussata | | | 1 |
| Schizophthirus | polšja uš | | 1 |
| Schoenoplectus | biček | | 6 |
| Schoenoplectus lacustris | jezerski biček | | 21 |
| Schoenoplectus lacustris agg. | skupina jezerskega bička | | 10 |
| Schoenoplectus mucronatus | ostnati biček | | 10 |
| Schoenoplectus tabernaemontani | sinjezeleni biček | | 3 |
| Schoenus nigricans | črnikasti sitovec | | 7 |
| Sciaena umbra | konj | | 1 |
| Scilla | morska čebulica | | 1 |
| Scilla bifolia | dvolistna morska čebulica | | 13 |
| Scilla bifolia | | | 3 |
| Scilla bifolia | | | 3 |
| Scilla litardierei | travniška morska čebulica | | 3 |
| Scirpus | sitec | | 26 |
| Scirpus sylvaticus | gozdni sitec | | 17 |
| Sciurus vulgaris | veverica | | 22 |
| Scleroderma citrinum | navadna trdokožnica | | 1 |
| Scolia hirta | dlakava skolija | | 1 |
| Scoliopteryx libatrix | zobati vrbovček, orošena kletarka | zobokrila sovka | 16 |
| Scolitantides orion | homuljičin krivček | | 25 |
| Scolopax rusticola | sloka | veliki kljunač, sloka, kljunač, gozdna sloka, podlesek, kornbrat | 2 |
| Scolopendra | skolopendre | | 2 |
| Scolytidae | zalubniki | podlubniki, lubadarji | 1 |
| Scoparia | | | 1 |
| Scopolia carniolica | kranjska bunika | | 16 |
| Scopolia carniolica f. hladnikiana | hladnikova bunika | hladnikov volčič | 4 |
| Scopula | | | 1 |
| Scopula floslactata | | | 1 |
| Scopula immorata | | | 9 |
| Scopula immutata | | | 3 |
| Scopula marginepunctata | | | 4 |
| Scopula nigropunctata | | | 1 |
| Scopula ornata | lepi mali pedic | | 4 |
| Scopula ternata | | | 2 |
| Scorpiones | ščipalci | škorpijoni | 10 |
| Scorzonera austriaca | avstrijski gadnjak | | 1 |
| Scorzonera rosea | rožnati gadnjak | | 3 |
| Scorzonera villosa | dlakavi gadnjak | | 4 |
| Scotopteryx coarctaria | | | 1 |
| Scotopteryx luridata | | | 1 |
| Scrophularia canina | pasja črnobina | | 1 |
| Scrophularia nodosa | navadna črnobina | | 5 |
| Scrophularia vernalis | spomladanska črnobina | | 5 |
| Scutellaria galericulata | navadna čeladnica | | 2 |
| Scutellaria hastifolia | kopjastolistna čeladnica | | 2 |
| Scutellinia | ščetinke | | 1 |
| Scutellinia crucipila | | | 2 |
| Scutigera coleoptrata | sobna striga | | 1 |
| Scutiger pes-caprae | kozjenogi ščitar | | 1 |
| Scyllarus arctus | rak nagajivček | | 2 |
| Sedum | homulica | | 13 |
| Sedum acre | ostra homulica | | 10 |
| Sedum album | bela homulica | | 35 |
| Sedum atratum | črnikasta homulica | | 2 |
| Sedum hispanicum | španska homulica | | 3 |
| Sedum maximum | hermelika | | 2 |
| Sedum sexangulare | šesterokotna homulica | | 10 |
| Sedum spurium | neprava homulica | | 1 |
| Selenia dentaria | | | 2 |
| Selenia lunularia | | | 2 |
| Selenia tetralunaria | | | 8 |
| Selinum carvifolia | navadna seljanka | | 7 |
| Selysiothemis nigra | temni slaniščar | | 6 |
| Sempervivum | netresk | | 5 |
| Sempervivum tectorum | navadni netresk | | 12 |
| Senecio | grint | | 1 |
| Senecio aquaticus | vodni grint | | 5 |
| Senecio fuchsii | fuchsov grint | | 1 |
| Senecio ovatus | fuchsov grint | | 4 |
| Senecio vulgaris | navadni grint | | 1 |
| Senta flammea | trstična trlica | | 2 |
| Sequoiadendron giganteum | mamutovo drevo | mamutovec | 1 |
| Serapias vomeracea | velecvetni serap | velecvetni ralovec | 9 |
| Sericomyia silentis | | | 1 |
| Serinus serinus | grilček | griljec, semenček, griljec konopljičica | 2 |
| Serpentes | kače | | 10 |
| Serpula lacrymans | hišni lesomor | | 2 |
| Serranus hepatus | volkec | | 2 |
| Serranus scriba | pisanica | | 2 |
| Serratula tinctoria subsp. macrocephala | veleglava mačina | | 2 |
| Sesiidae | steklokrilci | | 3 |
| Sesleria caerulea subsp. caerulea | barjanska vilovina | | 1 |
| Sesleria juncifolia | skupina tankolistne vilovine | | 4 |
| Sesleria sphaerocephala | obloklasa vilovina | | 1 |
| Sesleria varia | skupina pisane vilovine | | 1 |
| Setaria pumila | sivozeleni muhvič | | 3 |
| Setaria viridis | zeleni muhvič | | 1 |
| Sialis | blatnice | | 5 |
| Sialis lutaria | jezerska blatnica | | 2 |
| Sigara | | | 1 |
| Silene acaulis | brezstebelna lepnica | | 4 |
| Silene baccifera | navadni rokavec | | 7 |
| Silene dioica | rdeči slizek | | 10 |
| Silene italica | laška lepnica | | 1 |
| Silene latifolia | beli slizek | | 3 |
| Silene latifolia subsp. alba | beli slizek | | 1 |
| Silene nutans | kimasta lepnica | | 7 |
| Silene otites | lopatičastolistna lepnica | | 2 |
| Silene vulgaris | pokalica | | 4 |
| Silpha obscura | črni mrhar | veliki pesni mrhar | 1 |
| Silurus glanis | som | pravi som | 45 |
| Silybum marianum | pegasti badelj | | 2 |
| Simocybe sumptuosa | razkošni spodvihanec | | 2 |
| Simuliidae | črne mušice | | 1 |
| Simyra albovenosa | beložilna topoglavka | | 1 |
| Sinanodonta woodiana | kitajska brezzobka | | 75 |
| Sinapis arvensis | njivska gorjušica | | 1 |
| Sinodendron cylindricum | valjasti nosorožec | | 1 |
| Siona lineata | črtasti pedic | | 14 |
| Siphlonurus croaticus | | | 2 |
| Sisymbrium officinale | navadni dihnik | | 2 |
| Sisyphus schaefferi | sizif | | 2 |
| Sisyrinchium bermudiana | bermudski modri meček | | 11 |
| Sitta europaea | brglez | sivi brglez, gozdni brglez | 10 |
| Smerinthus ocellata | večerni pavlinček | | 11 |
| Smyrnium perfoliatum | prerasla repušica | | 1 |
| Solanum dulcamara | grenkoslad | | 9 |
| Solanum lycopersicum | paradižnik | | 1 |
| Solanum nigrum | pasje zelišče | | 6 |
| Solanum tuberosum | krompir | | 3 |
| Soldanella | alpski zvonček | | 1 |
| Soldanella alpina | navadni alpski zvonček | | 6 |
| Soldanella minima | najmanjši alpski zvonček | | 1 |
| Solidago | zlata rozga | | 28 |
| Solidago canadensis | kanadska zlata rozga | | 34 |
| Solidago gigantea | orjaška zlata rozga | | 38 |
| Solidago gigantea/canadensis | | | 113 |
| Solidago virgaurea | navadna zlata rozga | | 5 |
| Solidago virgaurea | | | 1 |
| Somatochlora arctica | barjanski lesketnik | | 1 |
| Somatochlora flavomaculata | pegasti lesketnik | lisasti lesketnik | 9 |
| Somatochlora meridionalis | sredozemski lesketnik | | 19 |
| Sonchus asper | hrapava škrbinka | | 3 |
| Sonchus oleraceus | navadna škrbinka | | 3 |
| Sorbus | jerebika, mokovec | | 1 |
| Sorbus aria | navadni mokovec | | 14 |
| Sorbus aucuparia | jerebika | | 13 |
| Sorbus domestica | skorš | | 10 |
| Sorbus torminalis | brek | | 15 |
| Sorex alpinus | gorska rovka | | 3 |
| Sorex araneus | gozdna rovka | | 5 |
| Sorex minutus | mala rovka | | 1 |
| Sorghum halepense | divji sirek | | 4 |
| Sorghum saccharatum | navadni sirek | | 2 |
| Soricidae | rovke | | 12 |
| Sparassis brevipes | hrastov glivec | | 1 |
| Sparassis crispa | borov glivec | | 1 |
| Sparganium | ježek | | 23 |
| Sparganium emersum | enostavni ježek | | 7 |
| Sparganium erectum agg. | skupina pokončnega ježka | | 8 |
| Sparganium neglectum | mlahavi ježek | | 3 |
| Spartium junceum | navadna žuka | | 7 |
| Sparus auratus | orada | zlatobrov | 1 |
| Spatalia argentina | | | 9 |
| Speyeria aglaja | bleščeči bisernik | | 3 |
| Sphaeriidae | | | 3 |
| Sphaerium | krožci | | 1 |
| Sphaeroderma rubidum | | | 1 |
| Sphagnum | | | 34 |
| Sphagnum palustre | | | 3 |
| Sphinx ligustri | kosteničar | | 6 |
| Sphinx pinastri | borov veščec | | 12 |
| Spialia sertorius | rdečkasti venčar | | 13 |
| Spilosoma | zeliščarka | | 1 |
| Spilosoma lubricipeda | hitronoga zeliščarka | beli kosmatinec | 20 |
| Spilosoma lutea | | | 15 |
| Spilostethus saxatilis | osatova vitezovka | | 4 |
| Spiraea | medvejka | | 5 |
| Spiraea japonica | japonska medvejka | | 6 |
| Spiraea salicifolia agg. | skupina vrbovolistne medvejke | | 2 |
| Spiranthes spiralis | zavita škrbica | | 16 |
| Spirodela polyrhiza | navadna žabja leča | | 50 |
| Spondylis buprestoides | | | 1 |
| Spongillidae | spongilide | | 18 |
| Sporophagomyces chrysostomus | zlatousta sporojedka | | 1 |
| Squalius | | | 8 |
| Squalius cephalus | klen | | 290 |
| Squalius janae | istrski klen | | 43 |
| Squalius squalus | štrkavec | | 45 |
| Stachys | čišljak | | 1 |
| Stachys alpina | alpski čišljak | | 3 |
| Stachys palustris | močvirnati čišljak | | 1 |
| Stachys recta | pokončni čišljak | | 7 |
| Stachys recta agg. | skupina pokončnega čišljaka | | 1 |
| Stachys sylvatica | gozdni čišljak | | 10 |
| Stalita | | | 4 |
| Stalita taenaria | podzemeljski šesterookec | | 1 |
| Staphylea pinnata | navadni kloček | | 11 |
| Staphylinidae | kratkokrilci | | 2 |
| Staphylinus caesareus | cesarski kratkokrilec | | 1 |
| Stauropus fagi | bukov prelec | | 11 |
| Steatoda bipunctata | dvopikasti pajek | | 1 |
| Stegania cararia | | | 1 |
| Stellaria graminea | travnata zvezdica | | 10 |
| Stellaria holostea | velecvetna zvezdica | dremulica | 6 |
| Stellaria media agg. | skupina navadne zvezdice | | 1 |
| Stellaria montana | kljukastosemenska zvezdica | ilirska zvezdica | 1 |
| Stellaria neglecta | prezrta zvezdica | | 10 |
| Stellaria nemorum | gozdna zvezdica | loška zvezdica | 1 |
| Stemmacantha rhapontica | rapontika | | 4 |
| Stemonitis axifera | pripognjena nitkarica | | 1 |
| Stemonitis fusca | valujoča nitkarica | | 1 |
| Stemonitis smithii | | | 1 |
| Stemonitopsis hyperopta var. hyperopta | | | 1 |
| Stemonitopsis typhina | | | 1 |
| Stenobothrus rubicundulus | rdeča regljalka | | 1 |
| Stenobothrus rubicundus | kraška regljalka | | 1 |
| Stenomax aeneus | | | 4 |
| Stenopterus rufus | | | 1 |
| Stereum | slojevke | | 2 |
| Stereum hirsutum | dlakava slojevka | | 1 |
| Stereum rugosum | grbančasta slojevka | | 1 |
| Stereum subtomentosum | žametasta slojevka | | 1 |
| Stethophyma grossum | | | 1 |
| Stictoleptura rubra | opečnordeči vitki kozliček | | 6 |
| Stipa eriocaulis | peresasta bodalica | | 14 |
| Strangalia maculata | pegasti vitki kozliček | | 1 |
| Strangalia melanura | | | 1 |
| Stratiotes aloides | vodna škarjica | | 42 |
| Streptopelia decaocto | turška grlica | laška grlica, mestna grlica, velika grlica, gugutka, smejačica | 5 |
| Streptopelia turtur | divja grlica | grlica, navadna grlica, grlica golob, ptutika, ptutujka | 2 |
| Strix aluco | lesna sova | navadna sova, rjava sova, rumena sova, siva sova, skalna sova, veliki gozdni čuk, vubuj | 19 |
| Strix uralensis | kozača | sova kozača, uralska sova, kozača, veliki skovik, kraguljeva sova | 4 |
| Strobilomyces strobilaceus | črni kuštravec | | 1 |
| Strobilurus esculentus | smrekova storževka | | 1 |
| Sturnus vulgaris | škorec | navadni škorec, pisani škorec, storlin | 9 |
| Subacronicta megacephala | | | 1 |
| Succinea putris | navadna jantarica | | 2 |
| Succisa pratensis | travniška izjevka | | 40 |
| Succisella inflexa | navadni objed | | 1 |
| Suillus | lupljivke | | 1 |
| Suillus granulatus | ovčarska lupljivka | | 2 |
| Suncus etruscus | etruščanska rovka | | 21 |
| Sus scrofa | divji prašič, divja svinja | | 13 |
| Sylvia atricapilla | črnoglavka | črnoglava penica, črnoglavna penica, črna penica | 1 |
| Sympecma fusca | prisojni zimnik | | 31 |
| Sympetrum | kamenjak | | 10 |
| Sympetrum depressiusculum | stasiti kamenjak | | 2 |
| Sympetrum flaveolum | rumeni kamenjak | | 1 |
| Sympetrum fonscolombii | malinovordeči kamenjak | | 14 |
| Sympetrum meridionale | sredozemski kamenjak | | 5 |
| Sympetrum pedemontanum | pasasti kamenjak | | 3 |
| Sympetrum sanguineum | krvavordeči kamenjak | | 71 |
| Sympetrum striolatum | progasti kamenjak | | 25 |
| Sympetrum vulgatum | navadni kamenjak | | 13 |
| Symphodus tinca | lep | | 1 |
| Symphyotrichum novi-belgii | virginijska nebina | | 8 |
| Symphyotrichum tradescantii | drobnocvetna nebina | | 4 |
| Symphyta | rastlinske ose | | 1 |
| Symphytum officinale | navadni gabez | | 3 |
| Symphytum officinale | navadni gabez | | 8 |
| Symphytum tuberosum | gomoljasti gabez | | 6 |
| Synanthedon theryi | | | 1 |
| Syndemis musculana | | | 1 |
| Synema globosum | | | 4 |
| Syngrapha interrogationis | vprašajasta zapisanka | | 2 |
| Tachina grossa | | | 1 |
| Tachinidae | muhe goseničarke | | 3 |
| Tachybaptus ruficollis | mali ponirek | mali pandirk, mali potapljavec, potapljišica, pičla | 4 |
| Tachysoniscus austriacus | | | 4 |
| Tadorna tadorna | duplinska kozarka | votlinska raca, morska raca, votlinska gos, duplinska gos | 4 |
| Talpa europaea | navadni krt | | 36 |
| Tamarix | tamariša | | 1 |
| Tamus communis | navadni bljušč | | 8 |
| Tanacetum corymbosum | češuljasti vratič | | 5 |
| Tanacetum vulgare | navadni vratič | | 7 |
| Tapinella panuoides | školjkasti podvihanec | | 1 |
| Taraxacum | regrat | | 5 |
| Taraxacum laevigatum | gladki regrat | | 2 |
| Taraxacum officinale | navadni regrat | | 10 |
| Taraxacum officinale agg. | skupina navadnega regrata | | 1 |
| Tarentola mauritanica | pozidni gekon | | 5 |
| Tarzetta cupularis | pecljata torilka | | 1 |
| Taxus baccata | tisa | | 6 |
| Tegenaria | hišni pajki | | 1 |
| Tegenaria ferruginea | | | 5 |
| Telekia speciosa | navadna ognjica | | 9 |
| Telescopus fallax | črnostrel | mačjeoka kača, črna krpa | 1 |
| Telestes souffia | blistavec | | 32 |
| Tenebrio | | | 1 |
| Tenthredinidae | listarice | | 3 |
| Tephroseris aurantiaca | oranžna sivica | | 3 |
| Tephroseris longifolia | obirska sivica | | 6 |
| Terellia longicauda | osatova koškova muha | | 1 |
| Testudines | želve | | 2 |
| Testudo graeca | mavrska kornjača | | 2 |
| Testudo hermanni | grška kornjača | | 10 |
| Testudo horsfieldii | ruska kornjača | | 7 |
| Tethea or | | | 4 |
| Tetragnatha | | | 1 |
| Tetrao urogallus | divji petelin | veliki divji petelin, petelin, velika kura, lesni petelin, horopka | 3 |
| Tettigonia | zelenka | | 1 |
| Tettigonia viridissima | drevesna zelenka | | 7 |
| Tettigoniidae | prave cvrčalke | | 1 |
| Teucrium chamaedrys | navadni vrednik | | 6 |
| Teucrium montanum | gorski vrednik | | 6 |
| Teucrium scorodonia | žajbljasti vrednik | | 3 |
| Thalictrum aquilegiifolium | vetrovka | | 6 |
| Thalictrum lucidum | ozkolistni talin | | 2 |
| Thalictrum minus | mali talin | | 1 |
| Thamnobryum alopecurum | | | 1 |
| Thanasimus formicarius | | | 1 |
| Thaumetopoea | | | 1 |
| Thaumetopoea pityocampa | pinijev sprevodni prelec | kraška sprevodnica | 34 |
| Thaumetopoea processionea | navadni sprevodni prelec | | 1 |
| Thecla betulae | lepi brezar | | 56 |
| Thelephora anthocephala | cvetoča roža | | 1 |
| Thelypteris palustris | močvirska krpača | | 8 |
| Theodoxus danubialis | donavski plavač | podonavski teodoksus, donavska nerita | 4 |
| Theodoxus prevostianus | topliški plavač | toplični teodoksus | 3 |
| Thera variata | | | 4 |
| Theria rupicapraria | | | 1 |
| Thesium alpinum | alpska lanika | | 1 |
| Thesium bavarum | bavarska lanika | | 2 |
| Thesium linophyllon | navadna lanika | | 1 |
| Thisanotia chrysonuchella | | | 1 |
| Thlaspi | mošnjak | | 1 |
| Thlaspi perfoliatum | prerasli mošnjak | | 3 |
| Thlaspi praecox | rani mošnjak | | 8 |
| Tholera decimalis | črtasta umazanka | | 3 |
| Thomisidae | rakovičarji | rakovičasti pajki | 3 |
| Thomisus onustus | | | 3 |
| Thuja | klek, tuja | | 1 |
| Thyatira batis | rožnata volnohrbtka | | 11 |
| Thymallus aeliani | soški lipan | | 4 |
| Thymallus thymallus | lipan | | 70 |
| Thymelicus | | | 3 |
| Thymelicus acteon | lunolisi debeloglavček | | 1 |
| Thymelicus lineola | kratkočrti debeloglavček | | 13 |
| Thymelicus sylvestris | dolgočrti debeloglavček | | 15 |
| Thymus | materina dušica | | 11 |
| Thymus pulegioides | polajeva materina dušica | | 2 |
| Thymus pulegioides agg. | skupina polajeve materine dušice | | 2 |
| Thyris fenestrella | okenčkar | | 8 |
| Tichodroma muraria | skalni plezalček | skalni plezalec, pečnik, zidna mavrica, mavrica, marva, mrtvaščica | 2 |
| Tilia | lipa | | 2 |
| Tiliacea aurago | zlata lipovka | | 1 |
| Tilia cordata | lipovec | | 6 |
| Tilia platyphyllos | lipa | navadna lipa | 9 |
| Tilia tomentosa | srebrna lipa | | 3 |
| Timandra | | | 1 |
| Timandra comae | | | 10 |
| Timarcha goettingensis | | | 1 |
| Timarcha tenebricosa | šapasti lepenjec | | 2 |
| Tinca tinca | linj | | 93 |
| Tipula | | | 1 |
| Tipula fascipennis | | | 1 |
| Titanethes | jamske mokrice | | 3 |
| Titanethes albus | jamska mokrica | jamski prašiček | 1 |
| Tofieldia calyculata | navadna žiljka | | 8 |
| Tortrix viridana | hrastov zavijač | | 3 |
| Trachea atriplicis | zelenkasta poraščenka | | 12 |
| Trachelipus arcuatus | | | 8 |
| Trachelipus rathkii | marogasti prašiček | | 3 |
| Trachelipus ratzeburgii | | | 8 |
| Trachemys scripta | okrasna gizdavka | popisana sklednica | 54 |
| Trachemys scripta elegans | rdečevratka | | 172 |
| Trachemys scripta scripta | rumenovratka | | 45 |
| Tracheophyta | cevnice | | 63 |
| Trachycarpus fortunei | visoka žumara | | 2 |
| Tragopogon | kozja brada | | 8 |
| Tragopogon pratensis | | | 1 |
| Tragopogon pratensis | travniška kozja brada | | 12 |
| Tragopogon pratensis subsp. orientalis | vzhodna kozja brada | | 7 |
| Trametes cinnabarina | | | 1 |
| Trametes gibbosa | grbasta ploskocevka | | 2 |
| Trametes hirsuta | kosmata ploskocevka | | 3 |
| Trametes versicolor | pisana ploskocevka | | 1 |
| Trapa natans | vodni orešek | | 54 |
| Traunsteinera globosa | navadna oblasta kukavica | | 22 |
| Tremella encephala | zvijugana drhtavka | | 1 |
| Tremella mesenterica | rumena drhtavka | | 4 |
| Trichaptum biforme | papirasta apnenka | | 2 |
| Trichia hispida | | | 1 |
| Trichiura crataegi | | | 2 |
| Trichius | | | 3 |
| Trichocolea tomentella | | | 1 |
| Trichodes apiarius | čebelji volk | cvetni hrošč | 5 |
| Tricholoma portentosum | zimska kolobarnica | | 1 |
| Trichoniscus | | | 1 |
| Trichoptera | mladoletnice | | 27 |
| Trichopteryx carpinata | | | 2 |
| Trifolium | detelja | | 2 |
| Trifolium alpestre | predalpska detelja | | 5 |
| Trifolium arvense | njivska detelja | | 3 |
| Trifolium aureum | zlata detelja | | 1 |
| Trifolium campestre | poljska detelja | | 7 |
| Trifolium dubium | mala detelja | | 3 |
| Trifolium fragiferum | jagodasta detelja | | 2 |
| Trifolium hybridum | hibridna detelja | | 3 |
| Trifolium incarnatum | inkarnatka | | 5 |
| Trifolium medium | srednja detelja | | 7 |
| Trifolium montanum | gorska detelja | | 18 |
| Trifolium ochroleucon | rumenkastobela detelja | | 2 |
| Trifolium pannonicum | panonska detelja | | 3 |
| Trifolium patens | razmaknjena detelja | | 3 |
| Trifolium pratense | črna detelja | | 7 |
| Trifolium repens | plazeča detelja | | 3 |
| Trifolium rubens | škrlatnordeča detelja | | 7 |
| Trifolium scabrum | hrapava detelja | | 1 |
| Tringa glareola | močvirski martinec | | 7 |
| Tringa nebularia | zelenonogi martinec | martinec, zelenonogasti martinec | 1 |
| Trinia glauca | sinjezelena trinija | | 2 |
| Triodia sylvina | | | 4 |
| Triphosa dubitata | jamski pedic | | 22 |
| Triphosa sabaudiata | | | 3 |
| Trisateles emortualis | olivna spremenljivka | | 1 |
| Trisetum flavescens | rumenkasti ovsenec | | 5 |
| Trithemis annulata | ciklamni telovnikar | | 1 |
| Triticum | pšenica | | 2 |
| Triturus | pupki | | 4 |
| Triturus carnifex | veliki pupek | | 2633 |
| Triturus carnifex complex (carnifex/dobrogicus) | | | 683 |
| Triturus dobrogicus | panonski pupek | | 40 |
| Triturus vulgaris | navadni pupek | mali pupek | 3 |
| Trochosa | | | 1 |
| Troglodytes troglodytes | stržek | palček, strešik, kraljiček, strež, rjavi stržek, strješek, pavčeč | 1 |
| Troglophilus | | | 11 |
| Troglophilus cavicola | | | 3 |
| Troglophilus neglectus | | | 8 |
| Trollius europaeus | navadna pogačica | | 15 |
| Tropinota hirta | kosmata minica | kosmati cvetožer | 3 |
| Tropinota squalida | | | 1 |
| Trypocopris vernalis | spomladni govnač | | 7 |
| Tubaria furfuracea | | | 1 |
| Tubifex | | | 3 |
| Turdus merula | kos | črni kos, črni drozg | 10 |
| Turdus philomelos | cikovt | drozg, cikavt, navadni drozg | 6 |
| Turdus pilaris | brinovka | brinjevka, smolnica, branjug, borovnjak, brinovi drozg, velika brinovka | 4 |
| Turdus viscivorus | carar | dreskač, drskač, veliki drozg, drozgač | 3 |
| Tussilago farfara | navadni lapuh | | 22 |
| Tylodina perversa | | | 1 |
| Typha | rogoz | | 29 |
| Typha angustifolia | ozkolistni rogoz | | 3 |
| Typha latifolia | širokolistni rogoz | | 107 |
| Typha laxmannii | laxmannov rogoz | | 2 |
| Tyria jacobaeae | grintova škrlatnica | cinobrasti medvedek | 8 |
| Tyta luctuosa | podnevna slakovka | | 9 |
| Tyto alba | pegasta sova | mrtvaška ptica, pegasta mrtvaščica | 1 |
| Tyto alba guttata | pegasta sova | | 1 |
| Ulmus | brest | | 8 |
| Ulmus glabra | goli brest | gorski brest | 1 |
| Ulmus laevis | dolgopecljati brest | | 2 |
| Ulmus minor | poljski brest | | 3 |
| Umbra krameri | velika senčica | | 32 |
| Unio | škržek | | 18 |
| Unio crassus | navadni škržek | potočni škržek | 271 |
| Unio elongatulus | podolgovati škržek | | 20 |
| Unionidae | | | 48 |
| Unio pictorum | slikarski škržek | | 82 |
| Upupa epops | smrdokavra | vdeb, vodeb, vdab, udeb, udot, udob, odab, bud, butej, mutec, hubkač, smrdajerica, smrdat, smrdela, čopasti odab, dap | 17 |
| Uresiphita gilvata | | | 3 |
| Ursus arctos | rjavi medved | medved | 18 |
| Urtica dioica | velika kopriva | | 13 |
| Ustilago maydis | koruzna snet | | 2 |
| Utricularia | mešinka | | 9 |
| Utricularia australis | južna mešinka | | 22 |
| Utricularia minor | mala mešinka | | 2 |
| Utricularia vulgaris agg. | skupina navadne mešinke | | 10 |
| Vaccinium myrtillus | borovnica | črnica | 11 |
| Vaccinium uliginosum | barjanska kopišnica | | 1 |
| Vaccinium vitis-idaea | brusnica | | 10 |
| Valeriana | špajka | | 7 |
| Valeriana collina | hribska špajka | | 1 |
| Valeriana dioica | dvodomna špajka | | 6 |
| Valeriana officinalis | zdravilna špajka | baldrijan | 5 |
| Valeriana officinalis agg. | skupina zdravilne špajke | | 4 |
| Valeriana tripteris | tripernata špajka | | 3 |
| Valerianella | motovilec | | 3 |
| Valerianella carinata | gredljati motovilec | | 2 |
| Valerianella locusta | navadni motovilec | | 2 |
| Valerianella rimosa | brazdasti motovilec | | 3 |
| Valeria oleagina | olivna lepotica | | 10 |
| Vanellus vanellus | priba | vivek, gavek, gavec, čibes, pegulica, pipulica | 27 |
| Vanessa atalanta | admiral | | 68 |
| Vanessa cardui | osatnik | | 27 |
| Venusia blomeri | | | 4 |
| Veratrum | čmerika | | 3 |
| Veratrum album | bela čmerika | | 15 |
| Veratrum album subsp. album | bela čmerika | | 6 |
| Veratrum album subsp. lobelianum | lobelova čmerika | | 4 |
| Veratrum nigrum | črna čmerika | | 5 |
| Verbascum | lučnik | | 12 |
| Verbascum austriacum | avstrijski lučnik | | 6 |
| Verbascum blattaria | grozdasti lučnik | | 5 |
| Verbascum densiflorum | velecvetni lučnik | | 4 |
| Verbascum phlomoides | navadni lučnik | | 1 |
| Verbascum phoeniceum | vijolični lučnik | | 6 |
| Verbena officinalis | navadni sporiš | | 3 |
| Veronica | jetičnik | | 1 |
| Veronica anagallis-aquatica | vodni jetičnik | | 10 |
| Veronica aphylla | brezlistni jetičnik | | 2 |
| Veronica arvensis | poljski jetičnik | | 7 |
| Veronica beccabunga | studenčni jetičnik | bobovnik | 8 |
| Veronica chamaedrys | vrednikov jetičnik | | 2 |
| Veronica fruticulosa | grmičasti jetičnik | | 3 |
| Veronica hederifolia | bršljanastolistni jetičnik | | 2 |
| Veronica jacquinii | jacquinov jetičnik | | 7 |
| Veronica maritima | dolgolistni jetičnik | | 3 |
| Veronica officinalis | zdravilni jetičnik | | 6 |
| Veronica persica | perzijski jetičnik | | 5 |
| Veronica scutellata | močvirski jetičnik | | 8 |
| Veronica serpyllifolia | timijanov jetičnik | | 7 |
| Veronica sublobata | plitvokrpi jetičnik | plitvokrpati jetičnik | 20 |
| Veronica teucrium | veliki jetičnik | | 2 |
| Veronica urticifolia | koprivolistni jetičnik | | 1 |
| Vespa crabro | sršen | | 20 |
| Vespertilio murinus | dvobarvni netopir | | 13 |
| Vespertilionidae | gladkonosi netopirji | | 2 |
| Vespidae | prave ose | družbene ose | 11 |
| Vespula vulgaris | navadna osa | | 2 |
| Viburnum lantana | dobrovita | | 12 |
| Viburnum opulus | brogovita | | 49 |
| Vicia | grašica | | 1 |
| Vicia angustifolia | ozkolistna grašica | | 7 |
| Vicia cracca | ptičja grašica | | 2 |
| Vicia dumetorum | hostna grašica | | 1 |
| Vicia grandiflora | velecvetna grašica | | 7 |
| Vicia hirsuta | dlakava grašica | | 6 |
| Vicia incana | siva grašica | | 3 |
| Vicia lathyroides | grahorasta grašica | | 2 |
| Vicia oroboides | širokolistna grašica | | 3 |
| Vicia sativa | navadna grašica | | 3 |
| Vicia sativa agg. | skupina navadne grašice | | 4 |
| Vicia sativa subsp. cordata | | | 1 |
| Vicia sepium | obplotna grašica | | 3 |
| Vicia sylvatica | gozdna grašica | | 2 |
| Vicia tenuifolia | drobnolistna grašica | | 2 |
| Vicia tetrasperma | štirisemenska grašica | | 3 |
| Vimba vimba | ogrica | | 22 |
| Vinca | zimzelen | | 1 |
| Vinca major | veliki zimzelen | | 3 |
| Vinca minor | navadni zimzelen | | 24 |
| Vincetoxicum hirundinaria | navadni kokoševec | | 13 |
| Viola | vijolica | | 20 |
| Viola alba | bela vijolica | | 1 |
| Viola alba subsp. scotophylla | | | 2 |
| Viola arvensis | njivska vijolica | | 11 |
| Viola biflora | dvocvetna vijolica | | 3 |
| Viola canina | pasja vijolica | | 2 |
| Viola hirta | srhkodlakava vijolica | | 2 |
| Viola mirabilis | navadna vijolica | neobičajna vijolica, nenavadna vijolica | 1 |
| Viola odorata | dišeča vijolica | | 1 |
| Viola riviniana | rivinova vijolica | velecvetna vijolica | 3 |
| Viola tricolor subsp. saxatilis | hay. | | 5 |
| Viola uliginosa | barska vijolica | barjanska vijolica | 2 |
| Viola zoysii | zoisova vijolica | | 3 |
| Vipera | gadi | | 1 |
| Vipera ammodytes | modras | | 84 |
| Vipera amodytes x Vipera berus | | | 8 |
| Vipera berus | navadni gad | | 69 |
| Vipera berus berus | | | 9 |
| Viscaria vulgaris | navadna smolnica | | 9 |
| Viscum abietis | jelova omela | | 1 |
| Viscum album | bela omela | | 13 |
| Viscum album | bela omela | | 1 |
| Viscum album agg. | skupina bele omele | | 2 |
| Vitis | vinska trta | | 18 |
| Vitis vinifera | vinska trta | | 1 |
| Viviparus | kalužnice | | 2 |
| Viviparus viviparus | živorodna kalužnica | | 1 |
| Volucella inanis | | | 1 |
| Volucella inflata | | | 2 |
| Volucella pellucens | | | 2 |
| Volucella zonaria | sršenjelika trepetavka | | 5 |
| Vulpes vulpes | lisica | | 21 |
| Vulpia | bingeljc | | 4 |
| Waldsteinia trifolia | trilistna valdštajnija | | 6 |
| Watsonalla binaria | | | 10 |
| Watsonalla cultraria | | | 1 |
| Woodsia ilvensis | dlakava vudsovka | | 2 |
| Xanthia | zlatica | | 1 |
| Xanthia ruticilla | | | 2 |
| Xanthium | bodič | | 1 |
| Xanthogramma | | | 2 |
| Xantho pilipes | | | 1 |
| Xantho poressa | | | 1 |
| Xanthorhoe biriviata | | | 1 |
| Xanthorhoe designata | | | 1 |
| Xanthorhoe ferrugata | | | 2 |
| Xanthorhoe fluctuata | | | 5 |
| Xanthorhoe montanata | | | 1 |
| Xanthorhoe quadrifasiata | | | 3 |
| Xanthorhoe spadicearia | | | 1 |
| Xanthoria parietina | rumenček | | 1 |
| Xestia c-nigrum | črnolisa zloščenka | črna c-sovka | 10 |
| Xestia ditrapezium | trapezasta zloščenka | | 1 |
| Xya pfaendleri | pritlikava krtovka | | 1 |
| Xylaria hypoxylon | vitka lesenjača | | 1 |
| Xylaria longipes | dolgobetna lesenjača | | 1 |
| Xylaria polymorpha | kopučasta lesenjača | | 1 |
| Xylena exsoleta | sivkasta trohljenka | dolgokrila sovka | 6 |
| Xylena vetusta | rjavkasta trohljenka | | 1 |
| Xylocopa | lesne čebele | | 7 |
| Xylodon radula | otočkasti strgalkar | | 1 |
| Xylodrepa quadrimaculata | | | 1 |
| Xylota segnis | | | 1 |
| Xysticus | bodičastolasi rakovičarji | | 6 |
| Yponomeuta | | | 7 |
| Yponomeuta cagnagella | trdoleskov zapredkar | | 20 |
| Yponomeuta evonymella | čremsin zapredkar | | 31 |
| Zamenis longissimus | navadni gož | | 160 |
| Zannichellia palustris | močvirska vodopivka | | 3 |
| Zerynthia polyxena | petelinček | | 118 |
| Zeuzera pyrina | jesenov zavrtač | modro sitce, kostanjev zavrtač | 6 |
| Zingel streber | upiravec | | 16 |
| Zingel zingel | čep | | 25 |
| Zonitidae | pasarji | | 4 |
| Zootoca vivipara | živorodna kuščarica | | 58 |
| Zoropsis spinimana | | | 2 |
| Zygaena | | | 51 |
| Zygaena carniolica | kranjski ovnič | | 25 |
| Zygaena filipendulae | | ivanjska ptičica | 53 |
| Zygaena lonicerae | | petopikasta ivanjčica | 7 |
| Zygaena loti | rmanov ovnič | | 15 |
| Zygaena osterodensis | | | 6 |
| Zygaena purpuralis | | | 19 |
| Zygaena transalpina | | | 7 |
| Zygaena viciae | | | 4 |
| Zygaenidae | ovniči | ivanjščice | 9 |
